林祖密，名資鏗，字季商，祖籍五寨埔坪。其先祖林石，於清乾隆十九年（1754）移居台灣彰化，乾隆二十七年再遷阿罩霧莊（今台中霧峰）。其祖父林文察，官至福建陸路提督，贈太子少保，父林朝棟，因抗擊侵台法軍、開拓台灣有功，欽加二品頂戴，賜穿黃馬卦，統領全台營務，母楊水萍，也因率六千鄉丁助夫擊破入侵大屯山區的法軍，封一品夫人。
祖密童年隨父于軍旅。光緒二十一年（1895），清政府簽訂喪權辱國的《馬關條約》，割讓台灣給日本。時朝棟率部守台中，因條約已簽訂，抗日無望，憤而舉家內渡，時祖密18歲。不久，他奉父命回台管理家產。光緒三十年，朝棟逝世，祖密乘奔喪之機，全家遷回鼓浪嶼。為此，他置在台家產於不顧，向日本駐廈領事館提出退出日籍，恢復中國籍。日本政府沒收或低價收購其在台產業的9/10以上，他毫無反悔。
光緒三十三年，漳州地區水災嚴重，祖密慷慨解囊，捐資5萬銀元購糧賑民；民國2年，他又在南靖縣徑口置田900多畝，辦墾牧公司；又耗資6萬元，創辦郭坑後港林場；投資7萬元開辦漳平梅花坑煤礦；為繁榮經濟和便利煤炭外運，組建華豐疏河公司，疏浚北溪河道，鋪設程溪至漳州的輕便鐵路，為興辦此項事業，前後歷時兩年，耗資20萬元。
民國4年，時值民國初創，政局動盪，國事紛紜。孫中山先生久聞祖密志向不凡，在閩台深孚眾望，遂派秘書徐瑞霖前往聯絡。祖密欣然首肯，參加中華革命黨。同年底，袁世凱企圖竊國稱帝，祖密極為憤慨，他召集漳、泉革命黨人於鼓浪嶼寓所，組織秘密機構，積極進行反袁鬥爭。民國5年，他收編閩南靖國、護法兩派隊伍，並捐獻數十萬銀元為軍餉，建立起一支革命軍，參加討袁護法戰爭。民國7年1月，孫中山先生委任他為陸軍閩南軍司令。他受任後即部署趙光、王榮光分別在德化、永春兩縣起義，繼而轉戰閩中，收復莆田、仙遊、永安、大田等7縣，沉重打擊北洋軍閥李厚基部，使粵軍司令陳炯明得以進軍汀漳。鑒於當時閩南軍缺乏軍事骨幹，祖密又於漳州文昌創辦“隨營軍校”（即陸軍學校，創辦時間比黃埔軍校早5年）。民國8年，孫中山賞識祖密的忠誠和才幹，調他任粵軍第二預備隊司令，後任汕頭警備司令。民國10年又調其任大元帥府參軍兼侍從武官。同年，孫中山率軍入桂，調其為大本營參議及廣九鐵路監督。民國11年6月，陳炯明叛變，祖密被其拘禁。祖密獲救回閩後，時值北代軍入閩，林森任省長，林敦請祖密任福建水利局長。翌年2月，軍閥孫傳芳部入閩，林森出走，祖密去職返鼓浪嶼。時值閩南匪患嚴重，新加坡華僑林少穎募集30萬元，組建“護法建國軍”，推祖密為高級參議。
民國14年8月20日，駐漳的北洋軍閥李厚基舊部師長張毅，探知祖密前往華豐疏河公司，指令其部營長張溪泉將祖密逮捕，並於同月24日將其殺害於和尚山附近的店仔圩。祖密就義時年僅48歲。
