那珂通世憾於“近人所著東洋史甚多,然皆詳中國而略塞外”,“欲考求亞細亞古今之大勢,終未能了如指掌”,當他讀到《東洋史要》,“喜此書之出於世”,認為該書“史料取材於東西,而博引旁搜,東洋五千年來治亂興亡之事變,約而能得其要。”王國維亦有同感,是書“簡而賅,博而要,以視集合無系統之事實者,尚高下得失,識者自能辨之。”在王國維眼裡,《東洋史要》至少是符合他所提出的東洋史標準的。1902年梁啓超亦說:“此書為最晚出之書,頗能包羅諸家之所長”,“繁簡得宜,論斷有識”。《東洋史要》並非專述中國史,而強調亞洲諸國之間的關係,“合東洋諸國為一歷史團體,於亞細亞東方民族之盛衰、邦國之興亡言之甚詳,而南方亞細亞、中央亞細亞與有關係者,亦略述之”,所以被視為“世界史教科善本”。
《東洋史要》出版後,在國內教育界有很好的評價。此書譯成中文之後,“盛行殆遍於東南諸省”。學部認為是書“以種族之大勢為綱,其敘事以國際之關係為鍵,條理分明,簡擇得要,可謂東洋史之善本。”陳慶年後來據桑原騭藏之《東洋史要》,改編成《中國歷史教科書》,在清末民初的中學歷史教育中具有廣泛的影響。《中國歷史教科書》最早刻本應是1903年武昌印本,僅改編至近古期元及明部分。編者言:“桑原騭藏之書,尤號佳構”,“今據以為本,更令事義少近周贍,依據或乖亦為匡救,與夫回易數字,加足片言,俾分布得所,彌縫無缺。”《中國歷史教科書》並不是簡單地節選自《東洋史要》,而是有所補正的,“事義較詳,改錯不少,於南朝周朗所謂書不煩行,習不縻力者,庶乎近之,因暫定為中史課本。”《東洋史要》被大多數學堂所採用,自編本國史教科書均受其影響,尤其在歷史分期方面,以至於後來傅斯年還對此深有不滿,“近年出版歷史教科書,概以桑原為準,未有變更其綱者。”從中可窺此書影響之一斑。