主要課程
細胞生物學、生物化學與分子生物學、現代生物學導論、遺傳學、組織胚胎學、生理學與解剖學、發育生物學、免疫生物學、生物信息學、基因工程原理與技術、組織工程與技術、基因組學、化工原理、發酵工程、細胞工程、酶工程、環境生物工程等。
人才培養模式
生物工程專業根據東南大學關於培養具有國際視野的“高層次、複合型、創新性、多樣化”的高素質創新人才的總體指導思想下，構建個性化生物工程優秀人才培養模式。在互動式教學模式、多層次雙語教學、“選單式”創新實驗課程、推行課程負責人制度、聘請國內知名教授和專家授課、舉辦高水平學術講座等多種教學模式的基礎上，因材施教，根據學生特長，採取以下措施保證個性化培養模式的全面施行：
1、 實施“雙導師”制度 為1~2年級學生配備學習型導師、3~4年級學生配備研究型導師，學習型導師主要負責學生生活和學習上的指導和關心；科研型導師負責學生創新型思維和科研素質的訓練。由青年教師組成學習型導師群、副教授以上專業教師組成研究型導師群，不管是學習型還是科研型導師都實行自由申請，雙向選擇，全程實施個性化、“一對一”培養模式。
2、 開展SRTP項目、制定優秀學生院內培養計畫：根據學生的興趣愛好和能力的差異，引導學生參加SRTP項目、課外研究項目，並為其配備科研指導老師。制定優秀學生培養計畫，吸納優秀學生直接進入教授的科研小組，參與課題申報、實驗設計、實驗研究、實驗匯報、論文寫作等各各環節，讓優秀學生提前步入科學研究的殿堂。
3、 實施優秀學生國內外交流培養計畫 我們已通過“優秀學生校際交流培養計畫”選派優秀學生到浙江大學等學校進行生物工程專業的交流培養，開拓了學生的視野、豐富了該專業的培養模式。今後我們將選派更多的優秀學生進行短期的交流培養；我們也將積極創造條件選派優秀學生到國外名牌學校進行交流訪問、拓寬學生的國際視野培養，同時準備接受國內外學生來我院交流學習。
4、 “產學研一體化”培養模式 教育的核心是服務於社會、學生的未來要面向社會。我們要在研究型和實用型兩類基地建設的基礎上，積極加強與基地的聯繫和合作，聘請基地研髮型人才擔任生物工程專業的兼職教師，加速我院科研成果的轉讓與實際套用、努力成為企業的研究基地，完善“產學研一體化”培養模式。
導師資源
謝維，教授，博導，基礎醫學院院長，教育部“長江學者獎勵計畫”特聘教授。主要從事與發育相關基因功能的研究。
陸祖宏，教授，博導，教育部分子與生物分子電子學重點實驗室主任，在分子電子學及生物晶片方面取得了突出的成就。
張建瓊，教授，博導，基礎醫學院副院長，江蘇省發育生物學學會秘書長。主要從事免疫學方面的研究。
趙春傑，教授。973首席科學家，主要從事神經發育方面的研究。
毛曉華，教授。主要從事粘細菌發育相關基因的研究 。
竇俊，教授，病原生物學和免疫學系主任 ，主要從事免疫學方面的研究。
方明，教授，遺傳及發育學系副主任。主要從事與發育相關基因功能的研究。
王大勇，教授。主要從事線蟲發育相關基因的研究。
樊紅，教授。遺傳及發育學系副主任。主要從事遺傳學方面的研究。
曾水林，教授。基礎醫學院常務副院長，主要從事人體解剖、神經發育方面的研究。
孫嘯，教授，博導，生物科學與醫學工程系副主任。主要從事生物信息學、醫學信息處理、生物計算等方面的研究和套用工作。
王立新，教授，院長助理，主要從事免疫學方面的研究。
實習集錦
生物工程專業是一門由生物學、微生物學、生物化學、工程學和計算機科學等相互交叉結合而成長起來的新興複合學科。具有良好的實踐能力和科研能力是生物工程專業人才培養的重點。實踐教學的目的在於通過實地考察和實踐創新活動，使學生拓寬視野，鞏固和運用所學理論知識，提高綜合分析問題和解決問題的實際能力；增強勞動觀念，激勵學生敬業、創新和創業精神；積極探索實踐教學與“產學研”相結合的新途徑、新方法，為培養具有創新精神和國際競爭力的高層次優秀人才奠定良好的基礎。
為了適應社會對生物工程人才培養的需要，我們積極整合資源，從“研究型”和“套用型”兩個方面推進實習基地的建設，建立一種學校、企業、學生“三贏”合作模式，使實習基地得以穩定、可持續的發展。學生可根據自身定位和就業取向，自主選擇到科研單位或是到企業進行實習，為進一步深造或工作打下堅實基礎。
部分實習基地
| 基地名稱 | 基地類型 | |
| 1 | 江蘇金絲利藥業有限公司 | 套用型和研究型 |
| 2 | 江蘇淮安麥德森化學有限公司 | 套用型和研究型 |
| 3 | 南京凱基科技發展有限公司 | 套用型和研究型 |
| 4 | 南京工業大學國家生化工程技術研究中心 | 套用型 |
| 5 | 江蘇恆順集團有限公司 | 套用型 |
| 6 | 南京大學醫藥生物技術國家重點實驗室 | 研究型 |
| 7 | 東南大學發育與疾病相關基因教育部重點實驗室 | 研究型 |
