人員編制
機構規格為正處級事業單位，具有獨立法人資格，實行所長負責制，預算形式為財政全額撥款，獨立核算體制。2005年12月，經上級批准，杭州市衛生局衛生監督所實行依照公務員管理。全所現有職工57人，其中本科及以上學歷54人，大專學歷3人；中共黨員40人。
內設機構
全所下設一辦七科，分別為辦公室、法制稽查科、許可審查科、食品安全標準備案科、公共場所衛生監督科、醫療衛生和計畫生育監督科、放射衛生監督科、學校與愛國衛生監督科。主要職能為：辦公室負責黨、政事務、綜合協調、人事及財務管理、行政後勤、圖書檔案、文秘、工作計畫總結、衛生監督信息、區域網路及信息網路管理等；法制稽查科負責衛生法律事務、案件質量、科研及監督員管理、繼續教育，受理投訴並負責分辦、督辦、反饋；許可審查科負責各類衛生許可證、衛生批准證書、執業許可證等許可項目和建設項目預防性衛生監督工作的管理；食品安全標準備案科承擔全市食品安全企業標準備案工作，組織開展國家食品安全標準跟蹤評價，開展國家食品安全標準宣貫工作；公共場所衛生監督科負責公共場所、控煙、集中式供水（涉水產品）衛生監督執法；醫療衛生和計畫生育監督科負責醫政、傳染病防治、消毒產品、母嬰保健、采（供）血等衛生監督執法工作，並組織實施計畫生育技術服務機構、非法終止妊娠、非法胎兒性別鑑定等計畫生育監督執法工作；放射衛生監督科負責放射防護衛生監督執法工作；學校與愛國衛生監督科負責學校衛生、愛國衛生監督執法工作。
