宋孝宗即位後，也想整頓朝綱，抗擊金兵，收復大宋疆土，因此一度出現了較好的局面。他即位後不久就下詔書，要大臣們對朝廷政治提意見。曾任泉州同安（今福建廈門東北）主簿的朱熹立即寫了奏章。在奏章中他指出，與金人“不作戰不能復仇，不守住國土不能確保勝利”；甚至提出，和議有百害而無一利。他還勸孝宗要“正心誠意”，多學知識，管好國家。
朱熹是南宋時著名的哲學家、教育家，徽州婺源（今屬江西）人，公元1148年（宋高宗紹興十八年）的進士。朱熹從小就很聰明，有悟性。在他剛學說話的年齡，有一天，他父親朱鬆手指著天空教他說：“天。”朱熹仰頭看看天，眨巴著眼睛竟問他父親道：“天的上面是什麼東西呀？”朱松又驚又喜，於是便教他讀書。朱熹學習很努力，熟讀經史，受到老師的讚賞，稱他是一個不可多得的人才。
公元1163年，朱熹被朝廷授予武學博士一職，兩年後到臨安上任。但那時宋軍在符離（今江蘇宿州東北）大敗，宋金簽訂了“隆興和議”；而宋孝宗依仗為抗金“長城”的大臣張浚，也病死了，朝中主和派又占了上風。主張抗金的朱熹受不了這樣的環境，不多久便辭職回家。十多年後，他已經四十九歲時，才又到南康軍（治所在今江西星子）主持政務。
任職期間，朱熹修復了廬山五老峰下的白鹿洞書院，並親自為學生講課。那時，他的學說正是發展成熟時期，影響很大，因此吸引了各地的讀書人，他們紛紛來到白鹿洞書院求學。白鹿洞書院一時間也聲名遠揚，成了和石鼓、應天、嶽麓齊名的宋代“四大書院”。
朱熹在學術上最大的成就，是發展了北宋哲學家程顥（hào）、程頤兄弟關於“理氣”的學說，集理學之大成，建立了一個完整的理學體系。
自從漢武帝推行“罷黜百家，獨尊儒術”以後，儒家學說便成了中國古代思想文化的主流。為了適應各個不同時期封建統治的需要，儒家所提倡的學說又有所不同。宋代的儒學著重闡釋天道義理，所以叫理學，也稱道學。它是新儒學，是儒學發展史上最大的學派和思想體系。
理學的先驅是北宋早期的哲學家周敦頤，奠基者是程顥、程頤。兄弟倆都是周敦頤的學生，世稱二程。他們長期在原籍洛陽講學，建立了以“天理”為核心的唯心主義理學體系。他們以“理”為最高範疇，主張“天下只有一個理”，認為“天理”是獨立存在的精神實體，產生萬物，主宰萬物，“順之者昌，逆之則難”；他們還提出了“存天理，滅人慾”這一著名的理學原則。當時曾有人問：如果寡婦家庭貧窮，能不能改嫁？他們回答說：“餓死事極小，失節事極大。”
朱熹是二程的四傳弟子，他繼承並發揚了二程的學說，他們的學說被世人稱為“程朱理學”。朱熹繼承並發展了二程的“理”、“氣”學說，主張理、氣相依而不能相離，“天地之間，有理有氣。”理是生物的根本，氣是生物的形態。但“理在先，氣在後”，“理生氣”，“有理便有氣，流行發育萬物。”這就是朱熹理學的哲學本體論。
朱熹的理學也具有辯證法思想，他提出“凡事無不相反以相成”，天下事物都是“一分為二”的，都有相對應或對立的一面。這些對應、對立的方面是相互轉化、相互聯繫的。朱熹還繼承了二程的主張，堅持“天理”和“人慾”的對立，提倡“存天理，滅人慾”，把人的自我完善放在最重要的地位。
公元1190年，宋光宗即位，朱熹被授以漳州（在今福建）知府一職。三年後，他又調到潭州（今湖南長沙）當知府。在潭州，他又重建了四大書院之一的嶽麓書院，引來眾多的學子前來求學。公元1195年，宋寧宗即位，朱熹被宰相趙汝愚推薦為煥章閣侍講。但趙汝愚是太宗趙匡義的後代，寧宗是太祖的後人，因此他不久就引起了寧宗的猜忌，被貶為福州知府。朱熹等人也受到株連，他不僅被罷官，連他的理學也被定為是“偽學”，他的學生被稱為“偽黨”。這就是歷史上的“慶元黨禁”。
公元1200年，七十一歲的朱熹因病去世。他去世後，黨禁漸漸放鬆，他的學說也漸漸受到重視。到元代時，科舉考試要採用他的《四書集注》；而明清兩代則把他的學說提到儒學正宗的地位，成為中國封建社會後期的統治思想。日本在江戶時代，也流行他的“朱子學”，可見，他的學說的影響是巨大而深遠的。
朱熹的重要著作有《四書集注》、《詩集傳》、《楚辭集注》、《易本義》、《通鑑綱目》等，後人偏有《朱子語類》和《朱子大全》。
