過程
織田信長在前一年奉將軍足利義昭上洛時,擊破三好三人眾的軍勢,掃蕩他們在山城國、河內國的領地,不忿的三好家勢力遂趁織田信長離開京都回歸岐阜城時,揪合齋藤龍興及其舊部,對居住在本圀寺的足利義昭發動攻擊。
當時,留駐在本圀寺的織田家臣明智光秀迅速組織抵抗,並且派出使者向四方友軍求援,在他麾下的山縣源內、宇野彌七奮戰下數度擋住三好軍先鋒藥師寺貞春的攻擊,但在反覆交戰之際,寺門已被燒毀,三好軍幾近攻入寺內,據信長公記所載,儘管局面相當混亂,織田軍還曾利用弓箭或洋槍,一次射倒敵軍三十人,戰鬥過程十分激烈。
而三好義繼、細川藤孝、池田勝正、荒木村重、伊丹親興等織田方援軍迅速雲集,從後方進迫桂川河畔的三好軍本陣,擊敗三好軍且使其退卻。
戰後,明智光秀派出的軍使也進入岐阜城通報織田信長,信長領大軍兼程而行把本來需耗3日的行程縮短至2日,火速進入京都,除了獎賞此戰有功人士,也感覺本圀寺守備力不足,而著手另行建造二條城給將軍足利義昭居住。