戰爭起因
儘管永曆皇帝和晉王李定國為了使孫可望回心轉意做了不少工作，卻沒有收到任何效果。對於孫可望來說，“識迷途其未遠，覺今是而昨非”的可能性幾乎不存在。首先，在西南的南明軍隊中他的兵力最強，不僅貴州全省處於他的控制之下，在雲南留守的將領中也有不少效忠於他。其次，他以國主的名義總攬了永曆朝廷的政務，已習慣於君臨一切。何況，他思想深處還存在著一種自己本應位登九五的思想，因為他是張獻忠這位大西皇帝的當然繼承人，在1647年進入雲南後以四將軍之首得到張獻忠御營提督王尚禮和艾能奇部將馮雙禮的支持登上了“盟主”的地位；聯明抗清後利用永曆帝的招牌收編南明殘兵潰將進一步提高了自己的聲望。在當了幾年實際的執政者之後，這時卻要交出權力，聽命於李定國、劉文秀擁戴的永曆皇帝，而且他自知由於過去的所作所為，永曆帝、李定國乃至於劉文秀對他都存在程度不同的隔閡。在反覆權衡得失之後，孫可望終於在一小撮親信的策劃下，決心訴諸武力，消滅昆明的異己勢力。諂附可望的文臣方於宣為他出謀畫策說：“今皇上在滇，定國輔之，人心漸屬於彼。臣意請國主早正大號，封拜文武世爵，則人心自定矣。”孫可望果然在1657年（永曆十一年）二月，“封馬進忠嘉定王、馮雙禮興安王、張虎東昌侯，余大封有差”。雖然他沒有先正“大號”，但封王之舉已表明他鼓舞諸將打下昆明，為推翻永曆朝廷，自己正式登基作準備了。
戰爭準備
公開舉兵之前，雙方都作了集結兵力的部署。李定國舊屬龍驤營總兵祁三升駐紮在四川，孫可望為了抓到這支軍隊，令三升率部赴貴州遵義鎮守。李定國也下令調三升赴滇。祁三升對部將說：“國主、西府，舊主義均。今西府尊永曆為民主，名正言順，我等亦有所依，當遵西府之調為正。”諸將都表示贊同，於是祁三升拒絕接受孫可望使者傳達的命令，率部向雲南進發。可望大怒，派兵追擊，三升且戰且走，輜重丟失殆盡，終於在1656年十月到達昆明。永曆帝深表嘉許，封為鹹寧伯。孫可望還派程萬里赴昆明，要求把秦王舊標人馬遣還貴州。永曆帝當即同意，提供夫役送出。
平心而論，永曆帝和李定國等人對孫可望做到了仁至義盡。孫可望的眷屬原住昆明，如果羈留作人質，孫可望不免有所顧忌。李定國以禮送往貴陽以後，孫可望沒有內顧之憂，悍然決定進兵雲南。當時他掌握的軍隊大約有二十萬人，李定國、劉文秀部下只有三四萬人，何況在雲南還有鎮守昆明的王尚禮、楚雄守將王自奇等人是孫可望的親信。孫可望認為穩操勝券了，他甚至命人“預製扭鎖三百副，曰：破滇之日用以囚永曆並定國、文秀諸文武解黔耳”。
曲靖戰場
1657年（永曆十一年）八月初一日，孫可望在貴陽誓師，親自統率十四萬兵馬向雲南進發，以白文選為征逆招討大將軍，留馮雙禮留鎮貴陽。八月十八日，孫可望兵渡盤江，雲南大震。李定國同劉文秀商議後，決定二人親統主力阻擊可望軍入滇。永曆帝下詔“特加晉王得專征伐，賜尚方劍，便宜行事，掛招討印；蜀王作副招討”，負全權指揮之責。為防止王尚禮在昆明發動內變，除了把他部下的兵馬分撥各營隨同出征，還留下定國中軍護衛靳統武會同黔國公沐天波暗中防範。在這以前，王自奇因醉後誤殺李定國營將，耽心定國興師問罪，在七月間即率所部渡瀾滄江西奔永昌府（今保山），由於地處僻遠，訊息不靈，無法同孫可望配合行動。九月十五日，雙方軍隊相遇於雲南曲靖交水，分別距離十里下營。孫可望軍十餘萬人列營三十六座；李定國、劉文秀軍約三萬人布列三營，士卒見可望兵多勢眾，頗有懼色。十八日，孫可望召見張勝，說：“爾可率領武大定、馬寶選鐵騎七千，連夜走小路至雲南（即昆明）城下暗襲之。城中有王尚禮、龔彝等為內應。爾一入城，則定國、文秀等知家口已失，不戰而走矣。孫可望自以為計畫周全，萬無一失，卻沒有料到他的這次出兵討伐永曆帝和李定國、劉文秀師出無名，部下將領內心裡都不以為然。原大西軍系統的將領白文選等人與李定國、劉文秀長期同甘共苦，不願自相火併；而由南明軍隊改編的舊將馬進忠、馬惟興、馬寶等人又心向永曆。於是，作為前線總指揮的白文選私下同馬惟興、馬寶約定陣前反戈，文選還以視察前線為名親自馳入定國、文秀營中通報訊息，說：“此時宜速出兵交戰，馬寶、馬惟興及諸要緊將領已俱有約，稍遲則事機必露，斷不可為矣。”定國、文秀對白文選的來意還存有戒心，猶豫不決。文選急切地說：“若再遲，則我輩死無地矣。有一字誑皇上、負國家，當死萬箭之下，我當先赴陣前，汝等整兵速進。”說完，上馬飛馳而去。這就是三年以後彭而述路過該地時賦詩所云：“道旁遺老為我說：是日東南風正急，秦軍大衂寶刀折。秦王帳下曹無傷，夜半曾將軍情泄。”奉命領軍偷襲昆明的馬寶也寫了密信差心腹人送入李定國營說：“張勝等已領精兵七千往襲雲南，雲南若破，則事不可為。必須明日決戰，遲則無及矣。”
孫可望與李定國、劉文秀原先約定二十一日會戰，他的意圖是推遲交鋒日期，使張勝、馬寶軍有更充裕的時間奔襲昆明。李定國聽了白文選的意見，又在十八日晚上讀到馬寶的來信，當機立斷傳令各營次日出戰。十九日天還沒有亮，定國、文秀兵馬開營出戰；可望也揮軍迎敵，雙方交戰於交水三岔口。對陣之初，文秀驍將崇信伯李本高馬蹶被殺，前鋒失利。孫可望立於高阜觀戰，見已挫定國銳氣，即命諸營乘勝前進。白文選知道形勢危急，親率五千鐵騎沖入馬惟興營中，二軍聯合抄出可望陣後，連破數營，定國、文秀趁勢揮軍進擊，可望軍大亂，將士大呼：“迎晉王！迎晉王！”十幾萬大軍頃刻瓦解。孫可望見形勢陡變，在少數兵馬保護下，倉皇東竄。過安順時，馬進忠不僅“閉門不納”，還派出一支軍隊追擊，“使疾走，無得集眾”，孫可望匆忙逃往貴陽。
昆明戰場
交水之戰結束後定國同文秀商量說：“今張勝往襲雲南府（即昆明），王自奇又據永昌，我當回救；汝可同文選急追可望，必擒之而後已。”二人分工後，定國即帥師回援。張勝、馬寶、武大定所統七千精騎取小路經五日夜急行軍已進抵昆明城下，馬寶惟恐城內疏於防備，故意沿途焚燒房屋，使偷襲變成了明攻。城內王尚禮等聽說可望之兵已近，正準備上城接應，卻被永曆帝召入宮內，由沐天波、靳統武率親軍看守，動彈不得。這時，交水大捷的露布已星馳送到昆明，永曆帝命人把捷報大張於金馬、碧雞坊下，安定民心。張勝帶兵至昆明城下準備攻城，忽然看見定國、文秀報捷露布，知道可望大軍已敗，原先約好充當內應的王尚禮又音息全無，城上防守嚴密，被迫退軍，在地名渾水塘處碰上定國回援之師，張勝欲奪路而逃，揮軍死戰，定國軍因交水大戰之後急救根本，路遠兵疲，幾有不支之勢。馬寶為扭轉戰局，在張勝陣後連放大炮，擁兵殺來，與定國軍前後夾攻。張勝大吃一驚，說：“馬寶亦反矣！”收拾殘兵敗卒突陣而逃。第二天，過霑益州，駐守該地的總兵李承爵原系他的部將，率兵來迎。張勝喘息方定，正向李承爵敘說戰敗原因，忽然左右衝出數人，出其不意把張勝擒縛。張勝斥責李承爵道：“汝為部將，何敢叛我？”承爵回答道：“汝敢叛天子，吾何有於汝乎！”張勝被解至昆明處斬。
末路降清
九月下旬，孫可望奔回貴陽，命留守大將馮雙禮帶兵把守威清要路，並同他約定如果劉文秀追兵到來即連放三聲號炮報信。馮雙禮已經知道孫可望兵敗如山倒，出師時貔貅十萬，返回貴陽只剩隨從十五六騎，因此他決定改弦易轍，不僅不幫助孫可望穩定貴州局勢，反而在文秀追兵尚未到達之時就下令連放三炮。可望聽見號炮，以為追兵已到，連忙帶著妻兒和隨從出城東奔。一路上經過新添衛、偏橋、鎮遠、平溪、沅州，“各守將俱閉營不納”①，“所至城門晝閉，呼之再三，僅垂大筥盛壺飡餉可望；且有不應者”。曾經不可一世的“國主”孫可望眾叛親離，成了喪家之犬。在走投無路的情況下，孫可望決定投降清朝。他對寥寥可數的隨從人員說：“今為李定國辱孤至此，孤不惜此數莖頭毛，行當投清師以報不世之仇耳。”行至湖南靖州，其中書舍人吳逢聖任靖州道，率所部迎接。可望曰：“一路人心俱變，惟有投清朝可免。”於是遣楊惺先、鄭國先往寶慶（今邵陽）向清方接洽投降。三日後，白文選所統追兵迫近，可望乃與吳逢聖、程萬里等連夜奔至武岡界上，又遭到南明鎮守武岡總兵楊武截殺，幾乎脫不了身。
九月三十日，孫可望派人火急送往清湖南當局一封信，說：“李定國、劉文秀等大逆不道，荼毒生靈。可旺興師問罪，反為所誘。乞代奏大清皇帝陛下，發鐵騎一萬，願獻滇、黔、蜀以歸一統，更報不世之仇。”④清湖廣巡撫張長庚接信後向朝廷報告：“大逆孫可旺虎踞滇、黔，鴟張區宇，年來費餉勤師，用張征討。今天殄窮凶，自戕潰敗，俯乞皈化，是不勞撻伐而南疆邊土共戴皇上如天之福矣。”清湖廣當局得知可望處境危急，為了撈到這張王牌，派湖廣中路總兵李茹春、左路總兵王平帶領軍隊接應，擊退楊武所統攔截之兵，孫可望和妻、子、隨從人員才得以在寶慶府南面花橋地方進入清方管轄區，十一月十五日到達寶慶。同一天，孫可望派人送信給清五省經略洪承疇，再次表示：“自行開誠，願附大清朝，獻滇、黔、蜀之土地，歲納貢賦，祈職（洪承疇揭帖中自稱）轉奏大清皇帝陛下，請兵報仇，以復滇雲，擒渠獲醜，蕩平叛逆，歸版章於一統。”據洪承疇報告，孫可望“所帶偽官丁、婦女共約四百餘名口，騎馬亦約四百餘匹”。
戰爭影響
孫可望的叛變，是南明政權內部又一次大動盪。孫可望投降清朝固然對永曆朝廷造成一些不利影響，但是，交水之戰和隨後的掃除親孫勢力，以大西軍為主體的雲、貴、川和湖廣、廣西的南明軍隊並沒有多大損失。平定內亂後，以昆明和貴陽為中心的兩個隱隱相對的實力集團得到了統一，這未嘗不是好事。如果李定國能夠同劉文秀等齊心協力，以永曆帝為號召，聯絡鄭成功、夔東十三家等各種復明力量，抗清形勢必尚可觀。
但是從後來的情況來看，李定國與劉文秀的矛盾隔閡越來越深，不久劉文秀失勢病逝，其部下對李定國越來越不滿，李定國最後舉措多有失當，直至滅亡。
李定國支持的永曆朝廷的覆亡固然有多種原因，但清廷利用孫可望原來的地位和關係竭力進行瓦解，無疑加速了這一過程。
