1999年以來，堅持為人民民眾健康服務和為經濟建設服務指導方針，紮實有效地開展了衛生防疫工作，取得了顯著成績。
一、疾病控制工作水平不斷提高 疾病控制工作認真貫徹執行《傳染病防治法》，以確保不發生重大疫病流行為目標，加強了02號病、肝炎、流行性出血熱、狂犬病和結核病等重點傳染病及地方病的防治工作。
二、衛生監督和公共衛生質量有了較大改善 衛生執法工作以食品衛生和職業病防治工作為龍頭，廣泛開展了食品衛生、公共場所衛生和職業病防治知識的宣傳普及，加大了監督監測力度，規範了市場經營秩序，淨化了食品市場，提高了衛生整體質量。
三、衛生防疫綜台服務能力逐步增強 2002年衛生防疫站完成了人事分配製度改革，科室由原來18個調整為15個，人員崗位從122人縮減為110人， 中層幹部職位從20個調整為17個。投資8萬元，購置了監督執法車輛；投資3.5萬元購置了微機、攝像機；投資200萬元，建設3000平方米職工宿舍樓。 1999年投資30萬元購買了500毫安電視顯影X光機， 投資600萬元，建成了 4500平方米檢驗辦公大樓，大大改善了辦公條件，在全省處於一流水平。
按照衛生部對縣級衛生防疫站等級評審的要求，1997年曲阜市衛生防疫站在曲阜南新區舞雩台路中段征地7.98畝，建設防疫站門診檢驗辦公大樓。該項目由山東省建築設計院設計，曲阜市建築公司承建，總投資600萬元。 大樓共六層，分為主樓和群樓，主樓高27米，長45米，框架結構，建築面積4500平方米， 於1999年10月竣工， 在全省縣級衛生防疫站中處於一流水平。
