封后與第一次被廢
孟氏出身世家，是曾任宋朝眉州防禦使、馬軍都虞候、贈太尉孟元的孫女。宋哲宗幼年即帝位，後來逐漸長大，祖母太皇太后高氏替哲宗選了世家之女百餘人入宮，孟氏是其中之一，當年孟氏才16歲。元祐七年（1092年），太皇太后高氏諭宰執：“孟氏子能執婦禮，宜正位中宮。”遂將孟氏封后。
但好景不常，哲宗寵愛的是婕妤劉氏。紹聖三年（1096年），孟氏所生之女福慶公主重病，藥石罔效，孟氏之姐持道家治病符水入宮醫治。由於符水之事向為宮中禁忌，孟氏大驚失色，命將符水藏之，等到哲宗到時，再一一說明原委，本來哲宗也認為是人之常情，並不怪罪。不料於公主病逝後，孟氏養母燕夫人等人為孟氏及公主祈福，此事正落人口實，哲宗聽說後也開始懷疑起來，命人調查此案。皇城司遂逮捕了皇后左右侍女及宦官數十人，並將這些人刑求逼供，史載“搒掠備至，肢體毀折，至有斷舌者”，在酷刑之下，孟氏的罪名被羅織出來，其後位於是被廢，出居瑤華宮，號“華陽教主”、“玉清妙靜仙師”，法名“沖真”。
由於當時北宋新舊黨爭正烈，孟氏是支持舊黨的太皇太后高氏與向太后所立，太皇太后高氏去世後不久，哲宗親政，欲極力擺脫這位祖母的陰影，改而支持新黨，提拔新黨的章惇做宰相，章惇也支持哲宗寵愛的劉婕妤，有廢孟氏後位之圖，遂釀成了這件冤獄。
復位與第二次被廢
元符三年（1100年），哲宗病逝，端王趙佶繼位，是為徽宗。舊黨在向太后的支持下重新抬頭，孟氏時來運轉，遂被復位，因其封后於元祐年間，故被稱為元祐皇后。
不料，次年（1101年）向太后病逝，其後於崇寧元年（1102年）又發生元祐黨人事件，徽宗重新任用新黨蔡京等人，貶摘舊黨（元祐黨人），孟氏再受牽連，二度被廢，重回瑤華宮，加賜“希微元通知和妙靜仙師”之號，就這樣過了20多年。
靖康之禍與再復位
欽宗靖康初年，孟氏先因瑤華宮失火，移居延寧宮，後延寧宮又失火，出宮居住相國寺前之私宅。
靖康二年（1127年），金人攻陷汴京（今中國河南省開封市），徽、欽二帝被擄，史稱“靖康之禍”。當時六宮有位號者都隨徽、欽二帝北遷，只有孟氏因被廢而幸運地留下。由於宋皇室唯一的漏網之魚－康王趙構遠在濟州（今中國山東省巨野縣），於是被金人立為楚帝的張邦昌接受呂好問建議，迎接孟氏入居延福宮，上尊號為“宋太后”，接受百官朝拜，但有人以這是張邦昌依宋太祖趙匡胤篡後周以後，尊后周的符太后為周太后，並迎入西宮居住的往例，認為張邦昌仍有代宋自立的野心。後來大臣胡舜陟、馬伸又上書，政事應取得太后之命令才能決定，張邦昌不得已，乃恢復孟氏元祐皇后的尊號，並請其垂簾聽政。
稍後，趙構於南京應天府（今中國河南省商丘市）即帝位，是為高宗，元祐皇后撤簾不再聽政，並被尊為 元祐太后。不久，因“元”字犯其祖父孟元的名諱，再改為 隆祐太后。
南渡以後
由於汴京已不可守，孟氏遂隨高宗南渡至杭州。建炎三年（1129年）苗劉兵變，高宗被迫退位，由年僅3歲的皇太子趙旉繼位，因亂軍所逼，孟氏再度垂簾聽政。孟氏曲加慰撫苗傅等人，並召韓世忠之妻梁紅玉，勉令韓世忠速來勤王。後來，亂事平定，再度撤簾。
當初汴京城破，宋皇室幾乎全數被俘北遷，孟氏與高宗是極少數倖免者，在紹興十二年（1142年）高宗生母韋太后自金國放歸以前，孟氏一直是當時宋室母儀之代表。高宗南渡不久，金人復南侵，於是高宗乘船入海，孟氏則是向江西逃亡，金人一再追擊，孟氏隨行兵眾潰散，甚至到了要以農人抬轎的窘境。高宗知道孟氏處境後即謂“朕初不識太后，自迎至南京（應天府），愛朕不啻己出。今在數千里外，兵馬驚擾，當亟奉迎，以愜朕朝夕慕念之意。”因此派人迎至高宗行宮所在。
孟氏性情恭謹，沒有什麼不好的事見聞於朝廷。又喜歡飲酒，高宗認為越酒不好喝，命人另外再買甜酒，孟氏就差人去付帳，不曾強取而不付酒錢。在宮中曾覺頭暈目眩，有宮人自稱會用符水治病，孟氏想起了年輕時的遭遇，馬上命令將這個宮人趕出宮外。
紹興元年（1131年春）孟氏患風疾死於越州行宮，謚 昭慈獻烈皇后，葬會稽縣上皇村，後又歸葬於宋六陵。紹興三年（1133年）改謚 昭慈聖獻皇后。
