背景
生態破壞
歷史記載，自明嘉靖始，明朝與蒙古邊境之間常有變亂，致使許多漢人被俘或逃往蒙古草原，大面積的牧場被開墾為農田，改變了牧場的生態環境。其中，原本生活在草原上的老鼠生存空間被壓縮，人與鼠接觸的機會大大增加。
氣候異常
同時，明朝末年恰又是旱災頻發的年代，萬曆期間曾有過三次大旱且均引發瘟疫；崇禎十四年，再遭大旱且歷時4年。旱災肆虐，逃荒保命的不只是難民，老鼠也需到處尋找食物，較大數量的老鼠進入人類的居住地也就順理成章了。鼠疫桿菌通過暫存在它們身上的跳蚤將病毒傳染給了難民，而難民的遷徙流動又使病毒延伸到更大的地域。華北地區作為明末農民戰爭後期的主戰場，天災人禍並至，明末大瘟疫正是在這樣的背景下開始醞釀。
1618年，萬曆46年，廣東下起了大雪，這標誌著“小冰河時期”的開始，從這時開始中國遭到了持續乾旱和低溫的侵襲，到1638年，崇禎11年，漕河乾枯，1640年，崇禎13年，黃河乾枯了，而長江和淮河竟然已經全部封凍。朝末年中國內地大部分地區進入小冰河時期，全國性的旱災蝗災和鼠疫長年反覆上演。對於一個龐大的農業國家根本無力抗拒這種打擊。伴隨著自然災害而來的是內部的暴動，東北和西南地區發生的叛亂。
崇禎10年-14年，中國華北地區連續4年大旱。崇禎14年，在山西北部一個春季乾旱荒野上的午後，一隻因為體內鼠疫菌正在大量繁殖，而堵塞消化道無法吸血的跳蚤，跳上一隻灰老鼠身上拚命的叮咬它，這時大量的鼠疫菌進入被叮咬的灰老鼠體內。於是鼠疫菌在這個身材比跳蚤大無數倍的新家更加快速的繁衍，十多個小時以後，灰老鼠開始出現高熱症狀，它的內臟開始潰爛出血。在灰老鼠死時，它體內的大量鼠疫菌開始轉移到附屬檔案的其他老鼠身上，隨後從一個老鼠家庭向另外的老鼠家庭傳染。
常年乾旱食物減少，老鼠們身體虛弱，免疫力下降，很快整個地區，都布滿了鼠疫菌。乾旱缺水也導致了鼠疫菌以更快的速度繁殖。
很快成群結隊的帶菌老鼠由於高熱導致身體炎熱難忍，它們到處尋找水源拚命的喝水。於是為了尋找水源，老鼠們集體出發，開始了向四面八方搬家的歷程，在這個旅程中更多被感染的老鼠加入了搬家大軍。
崇禎14年夏天，中國內地突然出現大群大群的老鼠互相咬著對方的尾巴成群結隊渡過江河險阻，進入安徽，河南，河北等諸省。
50%的崇禎年份都是大旱，大旱造成糧食大幅度減產，國民體質嚴重下降，衛生條件極度惡化。在這一年崇禎14年，中國內地還是普遍大旱，在河北春季幾乎無雨，老鼠大軍找不到水喝繼續向更南的南方進軍。
同時饑荒中慌不擇食的人們開始偷吃老鼠藏在洞裡的食物，吃成片死在路邊的老鼠，橫掃全國的鼠疫大爆發終於開始了。於是在中國的史書上留下了，崇禎14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，歲大凶。廣平府大飢疫，人相食。京師大疫，天津大疫。河南全省大疫，開封府陽武縣死者十九，滅絕者無數。榮陽，民死不隔戶，三月路無人行。
山東青州，濟南，德州，泰安相繼發生大疫。安徽大疫，青蠅大如棗，鳳陽府，安慶府，廬州府相繼被鼠疫攻陷，死者最多的地方死亡人口達到90%，於是廬州府，就是現在的合肥一帶，民有絕戶，繁華大街如同靜夜，無人行走。
流民因素
氣候變化還會導致瘟疫的流行。由於大規模的流民出現，瘟疫在明代後期也日益猖獗。據《明史》記載，從1408年到1643年，發生大瘟疫19次，其中1641年流行的一次瘟疫遍及河北、山東、江蘇、浙江等。當時著名醫學家吳有性在《瘟疫論·原序》就著重指出：“崇禎辛已（1641年），疫氣流行，山東、浙省、南北兩直，感者尤多。至五六月益甚，或至闔門傳染。”
過程
西北爆發
這場“古今方書所無”的怪異瘟疫在這一年遍傳北京城內外，患者會忽然在身體肢節間突生一個“小瘰”，接著“飲食不進，目眩作熱”，還會嘔吐出“如西瓜敗肉”的東西。一人感染，全家都會傳染，甚至有的“闔門皆歿”，全家死絕。親戚更是不敢上門慰問弔唁，因為只要一進病家門口，必會感染，等到他回去時，又把瘟疫帶回了自己家中，瘟疫死亡如此之巨，以至於帝都的九座城門“日出萬棺”。但這還不是這場瘟疫最恐怖之處。死亡在一瞬間發生，甚至來不及診斷和治療，這才是這種瘟疫最可怕的地方。
明萬曆年間，政府的賦役越來 越重。隨之全國各地幾乎連年遭災。先秦晉，後河洛，繼之齊、魯、 吳越、荊楚、三輔，並出現全國性的大旱災。萬曆、崇禎年間，旱災變得越來越頻繁，大旱之年的比率也在增加。最後波及華北數省的大鼠疫終於在山西爆發。 萬曆八年（1580年），"大同瘟疫 大作，十室九病，傳染者接踵而亡，數 口之家，一染此疫，十有一二甚至闔 門不起者"。同年，在太原府（治今太 原）的太谷縣、忻州、苛嵐州及保德 州都有大疫的記載。次年，疫情傳至 遼州（治今左權），再傳至潞安府（治 今長治），疫情進一步擴大。
山西鼠疫也向周邊省份傳播。崇禎七八年間興縣人民因避疫而逃之一空，有可能將鼠疫傳播到相鄰的地區。從興縣過黃河，就是陝西的延安府和榆林府，崇禎九年至十六年，榆林府和延安府屬縣相繼發生大疫，如崇禎十年“大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
崇禎十七年（1644年）秋天，鼠疫南傳至潞安府，“病者先於腋下股間生核，或吐淡血即死，不受藥餌。雖親友不敢問吊，有闔門死絕無人收葬者”。
迅速蔓延
崇禎十三年（1640年），順德府、河間府和大名府均有大疫，並且是烈性傳染病的流行，“瘟疫傳染，人死八九”。
崇禎十四年（1641年），疫情進一步發展。在大名府，“春無雨，蝗蝻食麥盡，瘟疫大行，人死十之五六，歲大凶”。死亡人口的比率相當高。廣平、順德、真定等府，類似的記載相當多。左懋第督催漕運，道中馳疏言：“臣自靜海抵臨清，見人民飢死者三，疫死者三，為盜者四。米石銀二十四兩，人死取以食。惟聖明垂念。” 這時華北各省又疫疾大起，朝發夕死。“至一夜之內，百姓驚逃，城為之空”。
崇禎十四年（1641年）七月，疫疾從河北地區傳染至北京，病名叫“疙瘩病”，“夏秋大疫，人偶生一贅肉隆起，數刻立死，謂之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春間又有嘔血者，或一家數人並死。” “疙瘩”是對腺鼠疫患者的淋巴結腫大的稱呼。
崇禎十五年，天津開始爆發大鼠疫，有朝染夕死者，日每不下數百人。排門逐戶，無一保全。崇禎16年，疫情還在進一步加劇，北京及其附近地區大疫。病者吐血如西瓜水立死。死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。
崇禎十六年（1643年）夏秋間發生的腺鼠疫至崇禎十七年（1644年）春天轉化為肺鼠疫。崇禎十六年京師大瘟疫，疫情很嚴重，夏燮《明通鑑》記載：“京師大疫，死者無算。”染病死亡之多，無法計數。《崇禎實錄》又記載：“京師大疫，死亡日以萬計。”儘管缺乏準確的統計數據，但上述官方記載說明：當時的大瘟疫，勢態極其嚴重，北京城死亡人數之多，竟達無人收屍的境地——“死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收殮者”。北京城中的人口死亡率大約為40%甚至更多。 北京郊區的疫情也很嚴重。在通州，“崇禎十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋傳染，有闔家喪亡竟無收斂者”。昌平州的記載中稱為“疙疽病”，而且“見則死，至有滅門者”。河間府景縣“崇禎十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
這場鼠疫，發生在北京城破前一年的二月到九月到崇禎十六年四月時，北京每天死人上萬，以至於城門都被運出的棺材堵塞。沿街的小戶居民，十之五六死去，死在門口的最多，街頭連玩耍的孩子都沒有了。有一個統計數字，這場大疫奪走20萬北京人的性命，而北京城當時的人口，估計在80 萬到100 萬，也就是說，每四到五個北京人中，就死掉一人。“堪稱是一場超級大瘟疫”，不但是士兵、小販、僱工大批倒斃，北京城連叫花子都找不到了。
崇禎十六年（1643年）八月，天津爆發肺鼠疫：“上天降災，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），傳染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下數百人，甚有全家全亡不留一人者，排門逐戶，無一保全。”
崇禎十七年（1644年），天津督理軍務駱養性說，“昨年京師瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。”
波及江南
江南在崇禎十三年（1640年）遭大水，崇禎十四年（1641年）有旱蝗並災，崇禎十五年持續發生旱災和流行大疫。地方社會處在了十分脆弱的狀態，盜匪與流民並起，各地民變不斷爆發。
結果
妥善治理
10月初的北京，一座恐怖的絕望之城，來了一個擔任後補縣佐虛職的福建人，他發現了鼠疫的治療辦法。他使用刺血法給病人治病，每天來看病排隊的患者多達萬人。到崇禎16年的冬季，大雪紛揚，北京的老鼠差不多死光了，人口也死的差不多了，導致人口密度大幅度下降，再加上這位福建人的治療。北京的鼠疫病情逐步得到扭轉。但彼時的北京城裡，人鬼摻處，薄暮人屏不行。時人稱因北京死人太多，鬼魂白天就在城中遊蕩，夜裡更是群鬼夜號，處處鬼影。
自毀長城
崇禎17年4月，北京這座被鼠疫折磨了超過1年的帝國京城早已元氣大傷。京軍三大營的軍隊因為鼠疫死亡過多，正所謂“大疫軍死者眾”，而京軍的2.7萬匹戰馬，也只有1千匹可以騎乘，京軍已徹底失去野戰能力。北京內外城牆15.4萬個垛口，只能由5萬名羸弱士兵據守，這些大疫之下，僥倖存活下來的士兵們“衣裝狼狽，等於乞兒”。士兵們全都身體虛弱的坐在地上休息，以致鞭子的抽打都不能讓他們站起來。
4月16日，李自成的50萬農民軍開到北京城外，雖然在崇禎14年大疫以前，李自成曾經屢次被明軍打的滿中國的跑，但是現在已經今非昔比。雙方經過了2天不算激烈的戰鬥，李自成的大軍就攻陷了這座陰氣森森的“鬼城”。沖入城裡的李自成大軍到處搜刮金銀婦女。那位治療鼠疫，拯救了北京全城市民生命的福建人也被李自成的士兵殺死。
43天后，八旗軍聯合吳三桂的關寧軍大破主要由饑民組成的沒有多少戰鬥力的李自成部隊。一般傳說李自成大軍是在北京感染了鼠疫才失敗的，其實不然。因為在李自成進入北京的時候，鼠疫已經得到了控制。其原因很簡單，李自成的部隊根本就打不過明軍的關寧軍，在鼠疫大爆發以前，關寧軍就經常在關內殺得高迎祥，李自成等各路反軍到處抱頭鼠竄。所以山海關之戰李自成大敗，隨後1萬已經投降清朝的關寧軍，又在永平，盧溝橋，保定，慶都，真定等地連續大破李自成。
明清易代
鼠疫的流行與旱災、蝗災及戰亂的接踵而至，明王朝抵不住清兵南下，也就在情理之中。9月19日，清世祖福臨，也就是順治皇帝進入北京，清朝建立。令人驚奇的是，席捲肆虐全國的乾旱和鼠疫鼠疫在清順治元年後就消散得無影無蹤。華北各地風調雨順，社會經濟開始復甦。
明末大鼠疫的發生，直接造成了明朝華北和江南人口銳減，稅銀和糧食收入銳減，軍隊非戰鬥損失巨大，人民體質虛弱。讓僅有10萬披甲的滿清就征服了中國關內地區。
“東死鼠、西死鼠，人見死鼠如見虎”，一隻來自山西北部荒涼山野的染病老鼠，如同穿越心臟的致命一劍殺死了龐大的明帝國，也徹底殺死了中國歷史的進程。1910年10月接替了明帝國位置的清王朝的最後一個冬季，異常寒冷。就在這個冬天，一場百年不遇的大鼠疫襲擊了東北。第2年，清朝滅亡。所以，我們不要褻瀆那些萌萌的老鼠，也許這次親密接觸將改變未來的歷史。
軼事
一個化名為“花村看行侍者”的明代遺民是這場1643年京師大瘟疫的親歷者，在他的回憶錄《花村談往》中，他一口氣舉出了幾個聳人聽聞的突然死亡的個案。
一名官員前一刻還和同僚喝茶打恭時，後一刻就“不起而殞”了；兩個人一前一後騎馬聊天，後面的人剛敘話幾句問前面那個人，卻發現這人已經“殞於馬鞍，手猶揚鞭奮起”；最令人骨栗的恐怕是兩個小偷的詭異之死：一家富人在瘟疫中全家死絕，於是這兩名小偷打算發一筆橫財，這二人約定一個在屋檐上接應，一個下到房中將偷來的東西遞上來，結果下面的人遞著包就突然猝死，而上面的人在接的時候也染上瘟疫斃命，死的時候，這兩個小偷手裡還攥著偷來的包袱。
有的新婚之家，新婚夫妻一起死在婚禮上，有人騎馬而行，正在說話，後面的人已經死去。
有一個叫吳彥升的官員，剛準備去溫州赴任，他的一個僕人死了。他命另一僕人去棺材店買棺材，久久不見回來，原來竟然死在棺材店裡。有一對新婚夫婦，婚禮之後，夫婦坐於帳中很久沒有出來，打開帳子一看，夫婦兩人死於床的兩頭。只有鼠疫才能有如此烈性威力。
影響
明末的大鼠疫深刻地改變了社會秩序、人口結構、政治格局和人文環境。
人口銳減
據史學家不完全統計，明朝末年關內各省全部人口大約是1億人口，萬曆和崇禎年間兩次鼠疫大流行中，華北陝、晉、冀3省死亡人數至少在千萬人以上。北京人有四分之一被鼠疫奪去生命，20萬人命赴黃泉。 時人記載崇禎16年“疙瘩病”“羊毛瘟”盛行，呼病即亡，不留片刻，八九兩月，死者數百萬。 而據曹樹基估計，明末的崇禎年間，死於鼠疫流行核心區即山西、直隸、河南三省北部的疫死人口，要占到這三個省總人口的三分之一。而根據外國學者估算，明末經過持續的乾旱，蝗蟲，鼠疫，天花和饑荒造成全國損失了40%的人口，整個國家元氣大傷。就是到1651年，清朝順治8年，全國也僅有1036萬壯年男丁，全部人口在6000萬左右。
4-8月滴雨不下，飛蝗遮天，鼠疫大軍攻入江蘇，浙江，嘉興府桐鄉縣居民90%被感染鼠疫，蛆蟲從房子裡一直爬到街道上。鄰近的湖州府則損失了30%的人口，民眾無病而口中吐血而死，民多投河自殺，哭聲震天。
災荒、疫病、戰爭，1640年代的中國，這幾種因素相互影響，相互作用，使得神州大地生靈塗炭，山河破碎。據學者統計，明清易代之際，因非正常死亡，中國的人口減少了約四五千萬。
明朝滅亡
對於大明王朝滅亡的原因，史學界一直存在爭議。一般認為是李自成推翻的，滿清人在後面撬牆腳。也有的認為是大明朝廷內部出了問題。壞在宦官和政治腐敗上。這些觀點可以說“是”，也可以說“不是”。如果跳出史學，從流行病學的角度分析，問題便很簡單了——鼠疫，是鼠疫直接導致天下大亂。崇禎年間的大鼠疫，間接造成了北京的淪陷與明朝的滅亡。
明末爆發的“疙瘩瘟”，就是所謂的“鼠疫”，因為從發病到死亡既烈且急，所以有時也被稱為“電擊性鼠疫”。鼠疫分為“腺鼠疫”和“肺鼠疫”兩種，前者死亡率達50%-90%，而後者死亡率幾乎高達100%。非常不幸的是，崇禎十六年的京師大瘟疫，很可能是這兩種鼠疫同時肆虐的結果，所以死亡率才如此之高。較之關內闖獻作亂，關外滿清南下，這場鼠疫大爆發才是名副其實從內部斷送帝國國祚罪魁禍首。
據台灣著名明史專家邱仲麟的估算，自鼠疫始至李自成攻破北京，約20萬北京人殞命，占當時北京總人口的1/5到1/4。在這樣的情況下，駐守京師的明朝軍隊自然無法倖免。據歷史記載，當時駐守京師的軍隊有10萬人，大疫過後，僅餘5萬多人。加之，明末軍隊腐敗嚴重，軍心本就渙散，經此大疫，更是潰不成軍。李自成率軍攻打北京城時，當時的守城將官不得不低聲下氣求人守城，仍“逾五六日尚未集”，最後連三四千宮中的太監都上了城牆。1644年3月，大順農民軍兵臨城下，此時，北京內城上平均五個城垛才有一個士兵，瘟疫中的守城明軍“鳩形鵠面，充數而已”。這樣軍隊，抵擋不住李自成的精銳之師。疫病肆虐的北京城，是大明朝最後的仰仗，崇禎帝可能從未料想京師會如此快速淪陷，自己連從容出逃的時間都沒有，最後不得不自縊於煤山槐樹之下。也許，連闖王李自成也沒有想到可以如此輕易地拿下北京城。
縱橫帝國內部的鼠疫，也間接摧毀了帝國的邊防系統，比如明軍最精銳部隊雲集的九邊重鎮中的大同，山西，薊州、宣府等鎮在明末改朝換代的巨大社會變革中，根本就沒有發揮出作用。大疫，南北數千里，北至塞外，南逾黃河，十室鮮美一脫者。縱橫帝國內部的鼠疫，也間接摧毀了帝國的邊防系統，比如明軍最精銳部隊雲集的九邊重鎮中的大同，山西，薊州、宣府等鎮在明末改朝換代的巨大社會變革中，根本就沒有發揮出作用。在跟著闖王有飯吃口號下，遠近災民紛紛加入李自成的隊伍，應之者如流水，日夜不絕，一呼百萬，而其勢燎原不可撲。
廷現在需要關外明軍儘快擊敗包圍錦州的八旗軍，隨後調入關內平亂。於是皇帝連續發布密令要前線明軍儘快出戰，速戰速決。最後在崇禎14年的秋季，冒然出擊的明軍戰敗，多年累積的全部精華喪盡。最後皇帝催促陝西大帥孫傳庭立刻出戰剿滅李自成。這時的孫傳庭處於苦於鼠疫橫行，人死過半，根本無法徵收稅糧，軍隊缺乏口糧的困境。最後孫傳庭帶領餓七扭八歪的大軍穿過潼關戰敗身亡。《明史》雲“傳庭死而明亡矣”。這北京大疫之下，僥倖存活下來的士兵們“衣裝狼狽，等於乞兒”。士兵們全都身體虛弱的坐在地上休息，以致鞭子的抽打都不能讓他們站起來。以至於李自成輕易的就奪取了北京城。
瓦解軍隊
明末農民起義軍領袖李自成最後失敗的真正原因一直是個歷史之謎。百餘年來，專家們對此有多種解釋，有的說他敗於不得人心，有的說他敗於驕傲自滿，有的說他敗於腐敗，也有人指出，李自成的百萬大軍亡於鼠疫。
藝術作品
電影，《大明劫》。
