明太祖
翰林編修高啟賦詩作《題宮女圖》詩：“小犬隔花空吠影，夜深宮禁有誰來？”朱元璋以為是諷刺他，記恨在心。退休後長住蘇州，洪武六年（1373年）蘇州知府魏觀案發：魏觀將府衙修建在張士誠宮殿的遺址上，被御史張度污為“興滅王之基，開敗國之河”；魏被斫殺，高啟曾為魏觀撰寫〈郡治上樑文〉，其中“龍盤虎踞”等句觸怒朱元璋，一併被腰斬於南京，截為八段。高啟事件是明初文人不依附朝廷必須付出的代價，可以說是朱元璋殺雞儆猴的犧牲品。御史張尚禮作詩：“夢中正得君王寵，卻被黃鸝叫一聲！”下獄死。
僉事陳養浩作詩：“城南有安婦，夜夜哭征夫”，被投入水中溺死。
兗州知府盧熊把“兗”錯寫成“袞”，被明太祖視為不敬，斬。
中書詹希原給太學寫匾額，“門”字少最後一勾，被視為阻礙納賢，斬。
僧人一初作詩：“見說炎州進翠衣，羅網一日遍東西”“新筑西園小草堂，熱時無處可乘涼”被懷疑抨擊明太祖刑法太苛，斬。
僧人來復作詩：“金盤蘇合來殊域，...自慚無德頌陶唐”，“殊”字被視為“歹朱”並罵太祖“無德”，斬。
朱元璋私游一寺，見壁上有詩“畢竟有收還有散，放寬些子也何妨？”大怒，將全寺僧人都殺了。
浙江府學教授林元亮作《謝增俸表》中有“作則垂憲”，“則”與“賊”同，被視為罵太祖起兵當過賊，斬。
北平府學訓導趙伯寧作《長壽表》中有“垂子孫而作則”，斬。
福州府學訓導林伯璟作《賀冬表》中有“儀則天下”，斬。
桂林府學訓導蔣質作《正旦賀表》中有“建中作則”，斬。
常州府學訓導蔣鎮作《正旦賀表》中有“睿性生智”，“生”與“僧”同，被視為罵太祖當過和尚，斬。
澧州學正孟清作《賀冬表》中有“聖德作則”，斬。
陳州府學訓導周冕作《萬壽表》中有“壽域千秋”，斬。（《朝野異聞錄》）
懷慶府學訓導呂睿作《謝賜馬表》中有“遙瞻帝扉”，被視為“帝非”，斬。
祥符縣教諭賈翥作《正旦賀表》中有“取法象魏”，斬。
台州訓導林雲作《謝東宮賜宴箋》中有“體乾法坤，藻飾太平”，“法坤”與“發髡”同，“藻飾”與“早失”同，斬。
德安府學訓導吳憲作《賀立太孫表》中有“天下有道”，“道”與“盜”同，斬。
處州府學教授蘇伯衡，作表箋誤，下吏死。（《明史-蘇伯衡傳》卷285）
杭州教授徐一夔賀表中有“光天之下，天生聖人，為世作則”，太祖大怒，斬。
狀元張信訓導王子，引用杜甫詩“舍下荀穿壁”出題，被認為譏諷天朝，腰斬。（《皇明記略》）
不但大臣因文字橫遭不測，就連藩國朝鮮也不能逃脫，朝鮮國王李成旦進表箋，有犯上字樣，明太祖當即下令將進貢物品全部打回，還要朝鮮交出撰寫此文的鄭總。朝鮮恐懼，將鄭總押送至南京，太祖下令，發配雲南，仍令遼東都司不許高麗人通界，也不許商客貿易。（《國初事跡》）
更奇怪的是，朱元璋連死人孟子也不放過。明太祖曾說“使此老在今日寧得免耶！”（全祖望《鮚埼亭集》卷35）洪武二年下令將孟子牌位撤出孔廟，後來因為文星暗了，朱元璋做賊心虛，才恢復孟子牌位。但是朱元璋實行八股取士，孟子的“對君不遜”難以讓他容忍，洪武二十七年，朱元璋下令刪節《孟子》，書中被認為言論荒謬的共85章，一律刪去，占了全書的三分之一，刪定後定名為《孟子節文》，被刪的主要是以下幾類：
一 不許說統治者及其官僚走狗的壞話--“庖有肥肉，廄有肥馬，民有飢色，野有餓莩，此率獸而食人也。獸相食，且人惡之。為民父母，行政不免於率獸而食人。”（梁惠王上）
二 不許說統治者要負轉移風氣之責--“君仁莫不仁，君義莫不義。一正君而國定矣。（離婁下）
三 不許說統治者應該實行仁政--“得百里之地而君之，皆能以朝諸侯有天下。行一不義、殺一不辜而得天下，皆不為也。”（公孫丑上）
四 不許說反對徵兵徵稅和發動戰爭的話--“有布縷之徵，粟米之徵，力役之徵。君子用其一，緩其二。用其二而民有殍，用其三而父子離。”“古之為關也，將以御暴。今之為關也，將以為暴。”（盡心下）“爭地以戰，殺人盈野；爭城以戰，殺人盈城。此所謂率土地而食人肉，罪不容於死。”（離婁上）
五 不許說人民可以反抗暴君、可以對暴君進行報復的話--“賊仁者謂之賊，賊義者謂之殘，殘賊之人謂之一夫。聞誅一夫紂矣，未聞弒君也。”(梁惠王下) “君之視臣如手足；則臣視君如腹心；君之視臣如犬馬，則臣視君如國人；君之視臣如土芥，則臣視君如寇讎。”（離婁下）
六 不許說人民應該豐衣足食的話--“是故明君制民之產，必使仰足以事父母，俯足以畜妻子，樂歲終身飽，凶年免於死亡。然後驅而之善，故民之從之也輕。今也制民之產，仰不足以事父母，俯不足以畜妻子，樂歲終身苦，凶年不免於死亡。此惟救死而恐不贍，奚暇治禮義哉？”（梁惠王上）
七 不許說人民應該有地位有權利的話--“民為貴，社稷次之，君為輕”（盡心下）
明成祖朱棣全面繼承了他父親文字獄的暴政，殺了方孝孺後，立即下令“藏方孝孺詩文者，罪至死”，方孝孺的門人不得已，將方的詩文改名為《侯城集》，才得以行於後世。永樂三年十一月，庶吉士章朴家藏方孝孺詩文，被斬。（《明通鑑》卷十四）
其他跟方孝孺有關的文字也不行，比如方孝孺的老師宋濂（《元史》的作者）詩集中有“送方生還寧海”，全部被刪節塗墨。還有練子寧的《金川玉屑集》也在查禁之列，還有建文帝的殉難諸臣的詩文一律被禁止發行，一切有關建文帝的文字都不許露面，還鼓勵告密，如永樂九年，黃巖縣告發有人持建文時士人包彝古所進楚王書，下法司嚴懲。（《明通鑑》卷十六）
除了跟建文有關的之外，明成祖還禁燒一大批戲曲，永樂元年七月，刑科給事中曹潤上奏社會上有褻瀆帝王的雜劇流行，明成祖下令五日內統統燒毀，“敢有收藏者，全家殺了”（顧起元《國初榜文》）
還有因出題獲罪的，永樂七年，翰林侍講鄒緝、左春坊左司直郎徐善述，御史彈劾他們偏題，鄒緝等被下獄。（《含山堂別集-科試考》）
還有因進書獲罪的，永樂二年，饒州士人朱季友獻書，明成祖看後大怒，說“此儒之賊也”，將其打了一通板子，家中藏書全部被焚。（楊士奇《三朝聖諭錄》）
明英宗正統十四年，都御史張楷除夕作詩：“斯民何苦際斯時”“四山峰火照人紅”“亂離何處覽屠蘇”等，流傳京城，人多傳誦，禮科給事中王詔上書彈劾，張楷坐罪免職。（《明英宗實錄》）
明代宗景泰七年，太常寺少卿兼翰林侍讀劉儼、左春坊左中允兼翰林編修黃諫，主持順天府試，因出題犯宣宗諱，被彈劾。（《含山堂別集-科試考》）
明憲宗成化二年五月，無錫處士陳公懋刪改朱子四書集注進呈，命毀之，交有司治罪。（《皇明憲章類編》）
明武宗浙江僉事韓邦奇因為看到宦官掠奪富陽茶魚，為害一方，作歌哀之，被當地的鎮守太監王堂認為誹謗聖上，下詔獄，罷黜為民。（《明史-韓邦奇傳》卷201）
明世宗
河南巡撫胡贊宗因為寫迎駕詩中“穆王八駿”誣為誹謗，被革職，杖四十。（《明史-劉刃傳》卷202）南京工部尚書吳廷舉因為引用白居易、張永詩句“朝廷雇我做閒臣”“江南閒煞老尚書”，嘉靖帝大怒，將其革職。（《明史-吳廷舉傳》卷201）
嘉靖十六年，應天府試，考生答卷多譏諷時事，考官評語失書名。嘉靖帝大怒，將考官江汝璧、歐陽衢下詔獄，罷黜為民，府尹孫懋下南京法司。（《明史-吳悌傳》卷283）
廣東所進試錄文體有錯，帝、聖字樣不行抬頭，學正王本才，布政使陸傑、按察使蔣淦等，下法司逮問，嘉靖帝嚴禁士子敢有肆為怪誕，不尊舊制者，一律罷黜。（《含山堂別集-科試考》）
山東所進鄉試小錄有防虜御邊內容，嘉靖帝認為內含譏諷，將考官教授周礦、李弘等多人廷杖八十，罷黜為民，其中監臨官御史葉經死於杖下。（《含山堂別集-科試考》）
吏部尚書李默因部試出題有用漢唐譏諷當朝，嘉靖帝大怒，下錦衣衛鎮撫司拷問，死於獄中。（《皇明馭倭錄》）
嘉靖三十三年正月，六科給事中、張思靜各杖四十，原因是元旦賀表中萬壽字未抬。（《明通鑑》卷六十）
顏鈞，是明代的進步思想家，受業於王守仁。明朝政府認為他的思想詭怪狂妄，下南京獄，幾乎被殺，多虧門徒羅汝芳“破產救之”，被充軍。
梁汝元也是明代的進步思想家，受業于山農。他曾在家族內試行一種空想社會主義，影響頗大，四方之士紛紛效仿，最後被下令逮捕，死於獄中。（《明儒學案：泰州學案》）
明神宗
著名的進步思想家李贄，對儒學思想進行了犀利的抨擊，在他的著作《藏書》、《焚書》中抨擊孔子，流傳極廣，得到很多人的支持和歡迎，萬曆三十年，禮科給事中張問達上奏，對李贄進行誣衊，將其下獄，死於獄中，年76歲。他的書多次被焚毀，天啟五年又焚毀一次，但是仍然通行不衰。（《明神宗實錄》卷369）萬曆七年，右春坊右中允兼翰林編修高啟愚主持應天鄉試，曾出題“舜亦以命禹”。萬曆十二年，御史彈劾他意在阿附已故宰相張居正，勸進受禪，大不敬，高啟愚於是被削職遣回原籍。（《含山堂別集-科試考》）
