妖書案
第一次妖書案
萬曆十八年（1590年），著名大儒呂坤擔任山西按察使，在職期間，他采輯了歷史上賢婦烈女的事跡，著成《閨範圖說》一書。宦官陳矩（後來執掌東廠，參與審理第二次“妖書案”）出宮時看到了這本書，買了一本帶回宮中。鄭貴妃看到之後，想藉此書來抬高自己的地位，於是命人增補了十二人，以東漢明德皇后開篇，鄭貴妃本人終篇，並親自加作了一篇序文。之後，鄭貴妃指使伯父鄭承恩及兄弟鄭國泰重新刊刻了新版的《閨範圖說》。
儘管第二版的《閨範圖說》與第一版有許多相同之處，但出書人的初衷卻有本質的區別，不幸的是逐漸有人將兩版書混為一談。
萬曆二十六年（1598年）五月，擔任刑部侍郎的呂坤上《天下安危疏》（《憂危疏》），請明神宗節省費用，停止橫徵暴斂，以安定天下。吏科給事中戴士衡藉此事大作文章，上疏彈劾呂坤，說他先寫了一本《閨範圖說》，然後又上《安危疏》，是“機深志險，包藏禍心”，“潛進《閨範圖說》，結納宮闈”，逢迎鄭貴妃。呂坤平白無故地蒙受了不白之冤，立即上疏為自己辯護，說：“先是，萬曆十八年臣為按察使時，刻《閨範》四冊，明女教也。後來翻刻漸多，流布漸廣，臣安敢逆知其傳之所必至哉？……伏乞皇上洞察緣因《閨範圖說》之刻果否由臣假託，仍乞敕下九卿科道將臣所刻《閨範》與（鄭）承恩所刻《閨範圖說》一一檢查，有無包藏禍心？”
呂坤確實比較冤枉，他原來的書被人改頭換面，本來就與他無關，而還說他自己偷偷送進宮裡，企圖“結納宮闈”，更是莫名其妙的罪名。因為整個事情牽涉到鄭貴妃，明神宗裝聾作啞，沒有理睬。
不料平地再起風雲，一個自稱“燕山朱東吉”的人專門為《閨範圖說》寫了一篇跋文，名字叫《憂危竑議》，以傳單的形式在京師廣為流傳。“朱東吉”的意思是朱家天子的東宮太子一定太吉。“憂危竑議”四字的意思是：在呂坤所上的《憂危疏》的基礎上竑大其說，因為《憂危疏》中沒有提到立太子的問題。文中採用問答體形式，專門議論歷代嫡庶廢立事件，影射“國本”問題，大概意思是說，《閨範圖說》中首載漢明德馬皇后，馬後由貴人進中宮，呂坤此意其實是想討好鄭貴妃，而鄭貴妃重刊此書，實質上是為自己的兒子奪取太子位埋下的伏筆。又說：呂坤疏言天下憂危，無事不言，惟獨不及立皇太子事，用意不言自明。又稱呂坤與外戚鄭承恩、戶部侍郎張養蒙，山西巡撫魏允貞等九人結黨，依附鄭貴妃。
此文（即所謂的“妖書”）一出，立即引起了軒然大波。人們不明所以，紛紛責怪書的原作者呂坤。呂坤憂懼不堪，借病致仕回家。
明神宗看到《憂危竑議》後，大為惱怒，可又不好大張旗鼓地追查作者。鄭貴妃伯父鄭承恩因為在《憂危竑議》中被指名道姓，也大為緊張，便懷疑《憂危竑議》為戴士衡和全椒知縣樊玉衡所寫。在戴士衡上疏之前，全椒知縣樊玉衡曾上疏請立皇長子為皇太子，並指斥鄭貴妃。
明神宗也不想把事情鬧大，便親下諭旨，說明《閨範》一書是他賜給鄭貴妃的，因為書中大略與《女鑒》一書主旨相仿佛，以備朝夕閱覽。又下令逮捕樊玉衡和戴士衡，經過嚴刑拷掠後，以“結黨造書，妄指宮禁，干擾大典，惑世誣人”的罪名分別謫戍廣東雷州和廉州。而呂坤因為已經患病致仕，置之不問。
呂坤之後再也沒有步入仕途，閉門著述講學，二十年後謝世。著名的《呻吟語》便是其作品。
戴士衡於萬曆四十五年（1617年）死於廉州。
明光宗即位後欲起用樊玉衡為南京刑部主事，但被樊玉衡推辭。
妖書案與國本之爭
第一次妖書案由於明神宗故意輕描淡寫地處理，所以並未引起政壇的震動。至於誰是《憂危竑議》的真正作者，始終沒有人知道。而六年後的第二次“妖書案”就非同一般了，其曲折離奇之處，令人匪夷所思。
在正式講第二次“妖書案”前，先繼續講“國本之爭”。明神宗遲遲不立長子朱常洛為太子，自然是想立鄭貴妃之子朱常洵。但封建皇朝對嫡長制看得很重，太子必須立嫡（皇后所生之子稱嫡），無嫡立長，在皇帝無子的情況下，可以兄終弟及。
當時明神宗皇后還在世，為了能夠名正言順地立鄭貴妃之子朱常洵為太子，唯一的辦法就是等到原配皇后死了，扶鄭貴妃為皇后，這樣朱常洵的身份就變成了“嫡子”，名份超越了朱常洛的“長子”。基於這樣的考慮，明神宗在立太子的問題上採取了“拖”的態度，一直要拖到鄭貴妃當皇后為止。為了鄭貴妃，明神宗幾乎得罪了所有的人，但他卻不敢在敗壞祖制這條路上走得太遠。然而，天不遂人願，偏偏明神宗皇后遲遲不死，不僅如此，還對王恭妃所生的皇長子朱常洛十分愛護。
明神宗一拖再拖，大臣們自然不同意，上疏者前赴後繼，但都沒有起到任何效果。到了萬曆二十九年，明神宗到慈聖太后那裡問安，這位老太后不滿意地問明神宗為什麼遲遲不立太子。可能是老太后威風猶在的緣故，也可能明神宗對太后的問題事先沒有準備，驚惶之下竟然說了一句關鍵的錯話：“他（指兒子朱常洛）是都人（明朝皇宮內稱呼宮人為都人）之子。”意思是說朱常洛出身卑賤。但明神宗顯然是鬼迷心竅，他忘記了他母親也是都人出身。當慈聖太后怒氣沖沖地指著他說 “你也是都人的兒子”時，明神宗這才醒悟過來，然後驚恐地“伏地不敢起”了。
這件事後，轉眼到了八月，內閣大學士沈一貫上了一疏，竟然立竿見影地收到了奇效。奏疏中用“多子多孫”勸明神宗早立太子，終於打動了皇帝，下詔即日舉行冊立太子禮。這太子的人選，自然是指長子朱常洛。
朝野上下，聞訊而歡聲雷動。但鄭貴妃卻坐不住了，為此跟明神宗大鬧了一場，明神宗又開始動搖，以“典禮未備”為由，要改期冊立太子。在關鍵時刻，沈一貫起了相當關鍵的作用，他將明神宗的手詔封還，堅決不同意改期。在這樣的情況下，明神宗總算下了決心，於十月十五正式冊立皇長子常洛為太子，朱常洵被封為福王。這位福王，就是後來在明末被農民起義軍殺死的那位。
朱常洛雖然當上了太子，但其實日子並不好過。明神宗不大喜歡他，鄭貴妃也對太子位虎視眈眈，隨時想“易儲”。
第二次妖書案
萬曆三十一年（1603年）十一月十一日清早，內閣大學士朱賡在家門口發現了一份題為《續憂危竑議》的揭帖，指責鄭貴妃意圖廢太子，冊立自己的兒子為太子。不僅朱賡收到了這份傳單似的東西，之前一夜，已經在京師廣為散布，上至宮門，下至街巷，到處都有。《續憂危竑議》假託“鄭福成”為問答。所謂“鄭福成”，意即鄭貴妃之子福王朱常洵當成。書中說：皇上立皇長子為皇太子實出於不得已，他日必當更易；用朱賡為內閣大臣，是因“賡”與“更”同音，寓更易之意。此書大概只有三百來字，但內容卻如同重磅炸彈，在京城中掀起了軒然大波。時人以此書“詞極詭妄”，故皆稱其為“妖書”。
明神宗得知後，大為震怒，下令東廠、錦衣衛以及五城巡捕衙門立即搜捕，“務得造書主名”，第二次“妖書案”由此而起。
《續憂危竑議》中，指名道姓地攻擊了內閣大學士朱賡和首輔沈一貫，說二人是鄭貴妃的幫凶。這二人大驚失色，除了立即上疏為自己辯護外，為了避嫌，不得不帶罪在家。沈一貫老謀深算，為了化被動為主動，便指使給事中錢夢皋上疏，誣陷禮部右侍郎郭正域和另外一名內閣大學士沈鯉與“妖書案”有關。之所以要誣陷沈鯉，除了因為沈鯉與沈一貫一直不和外，還因為當時內閣只有三人——首輔沈一貫、次輔朱賡，以及沈鯉，沈一貫和朱賡均被“妖書”點名，只有沈鯉一個人榜上無名，獨自主持內閣工作，自然，人們會理所當然地懷疑他。而誣陷郭正域，一是因為郭正域之前與沈一貫因為 楚太子獄一事鬧得很不愉快，二是同知胡化上書告發訓導阮明卿“造作妖書”，而阮明卿就是給事中錢夢皋的女婿。錢夢皋為了替女婿脫罪，需要找個替罪羊。郭正域不但是沈鯉的門生，而且是胡化的同鄉，加上當時已經被罷官，即將離開京師，很有“發泄私憤”的“嫌疑”。
總而言之，沈一貫和錢夢皋聯合起來誣陷沈鯉和郭正域，不過是挾嫌報復，但卻由此引發一場大獄。
郭正域正要離開京師時被捕。巡城御史康丕揚在搜查沈鯉住宅時，又牽扯出名僧達觀（即著名的紫柏大師）、醫生沈令譽和琴士鍾澄。康丕揚上疏指出“妖書案”和“楚太子案”兩案同源。達觀大師紫柏真可因當時要求朝廷停止徵收礦稅，不停奔走在京師各界，而遭到當權者忌恨，因此亦被趁機牽連。達觀和沈令譽都受到了嚴刑拷打，達觀更是被拷打而誣以罪，自獄中歸後，沐浴端坐圓寂，而另一位醫師沈令譽亦被處以酷刑。但二人都未能如沈一貫所願，牽扯出郭正域等人。
這裡好重點講一下東廠、錦衣衛和三法司（刑部、都察院、大理寺）的會審。為了讓沈令譽服罪，事先做了不少布置。沈令譽奶媽的女兒只有十歲，也被叫到大堂作證。東廠提督陳矩（之前帶呂坤《閨範圖說》入宮的那位）問那小女孩：看到印刷妖書的印版有幾塊。那小女孩說：滿滿一屋子。陳矩聽了忍不住大笑。《續憂危竑議》只有短短三百來字，頂多也就兩張紙，哪來的一屋子印版。沈令譽的冤屈顯而易見，由此對郭正域和沈鯉的誣陷自然也不能成立。
這個時候，有些人紛紛出來檢舉揭發，錦衣衛都督王之禎等四人揭發同僚周嘉慶與妖書有關，但不久就查明純屬誣告。案情越來越複雜。原告胡化承認自己誣告阮明卿寫妖書。史載：“數日間，鋃鐺旁午，都城人人自危！”參與審訊的官員得到沈一貫暗示，想逼迫之前誣陷錢夢皋女婿阮明卿的胡化承認郭正域是妖書的主謀。胡化卻不肯附和，說：“（阮）明卿，我仇也，故訐之。（郭）正域舉進士二十年不通問，何由同作妖書？”
因為郭正域曾經當過太子朱常洛的講官（老師），朱常洛聽說此事後，對近侍說：“何為欲殺我好講官？”這話相當有深意，諸人聞之皆懼。為了營救老師，朱常洛還特意派人帶話給東廠提督陳矩，讓他手下留情。陳矩為人精明，儘管太子地位不穩，但也決不會輕易開罪太子。加上沒有任何證據證明郭正域跟“妖書案”有關，顯而易見地是場大冤獄。後來正是由於陳矩的鼎力相助，郭正域才免遭陷害。
針對郭正域的審訊一連進行了五天，始終不能定案。明神宗震怒，下詔責問會審眾官，眾官惶惶不安。東廠、錦衣衛，包括京營巡捕，壓力都相當大，京師人人自危，如此一來，必須要儘快找到一隻替罪羊。
妖書案與皦生光
萬曆三十一年（1603年）十一月二十一日，妖書發現後十日，東廠捕獲了一名形跡可疑的男子皦生彩，皦生彩揭發兄長皦生光與“妖書案”有關。
皦生光本是順天府生員（明朝的生員不僅是官學生，還是一種“科名”），生性狡詐，專門以“刊刻打詐”為生。明人馮夢龍在《智囊全集》中記載了一則他的故事：有一鄉紳為巴結朝中權貴，到處訪求玉杯，想送給權貴做為壽禮，也曾託過皦生光。三天后，皦生光拿著一對玉杯求售，說這對玉杯來自官府，價值百金，現在只要五十金就行。縉紳很高興的買下。沒過幾天，忽然卒吏匆忙的押著兩個吵鬧不休的人前來，再仔細瞧，原來是皦生光和一名宦官，皦生光皺著眉頭說，前次賣給縉紳的玉杯本是皇宮中寶物，被宦官偷出變賣，當前事機敗露，只有物歸原處，雙方才能平安無事。縉紳大為窘困，玉杯已送權貴無法索回，只好請皦生光想辦法，皦生光面帶為難色，過了許久才答應幫忙，他建議縉紳出錢賄賂宦官、衙門官員，或者能得以倖免。縉紳不得已，只有答應，於是拿出近千兩銀子。日後雖明知皦生光藉機詐財，但也無可奈何。
不僅如此，皦生光還膽大包天地借“國本之爭”訛詐過鄭貴妃的兄弟鄭國泰。當時有個叫包繼志的富商為了附庸風雅，曾經委託皦生光代纂詩集。皦生光故意在詩集中放了一首五律，其中有“鄭主乘黃屋”一句，暗示鄭貴妃為自己的兒子奪取皇位。包繼志根本不懂，便刊刻了詩集。皦生光立即托人訛詐包繼志，說他詩集中有悖逆語。包繼志情知上當，卻也無可奈何，只好出錢了事。皦生光又拿著詩集去訛詐鄭國泰，鄭國泰膽小，加上朝野上下輿論都對鄭貴妃不利，只好出錢了事。
皦生彩揭發聲名不佳的兄長後，皦生光之前的事跡全部曝光，錦衣衛如獲至寶，立即逮捕了皦生光，將其屈打成招。
事情到了這個地步，本來就可以結案了，主審的刑部尚書蕭大亨為了討好沈一貫，想把“妖書案”往郭正域身上引。但皦生光卻表現出最後的骨氣，在酷刑下始終沒有牽連他人。他的妻妾和年僅十歲的兒子都受到了拷打，卻都沒有按蕭大亨的意思招供。
儘管所有人都明白“妖書案”其實與皦生光無關，就連急於結案的沈一貫、朱賡都不相信妖書出自皦生光，他們認為《續憂危竑議》一文論述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能為，皦生光這樣的落魄秀才絕對沒有這樣的能耐。但急於平息事端的明神宗還是匆匆結案，皦生光被凌遲處死，家屬發配邊疆充軍。
皦生光死後，離奇的第二次“妖書案”就此不了了之，“妖書”的真正作者始終沒有人知道。妖書案之後，楚王朱華奎以助工為由，向朝廷貢獻萬兩白銀。運送途中，在漢陽被不滿朝廷處理方式的楚國宗室朱蘊鈐糾集數百人劫走。地方通判等官當場拘捕了帶頭行劫的宗犯32名，送往獄中。繼而楚王宗族群起鬧事，突入府院，想要奪回銀兩和被捕的宗人。副使周應治（鄞縣人，任廣東參政時在惠州建“天泉書院”，見葉夢熊《天泉書院記》）等無法約束，甚至被毆，只得匿身民間。兵部尚書、右副都御史、湖廣巡撫趙可懷，本熟悉楚藩情況，因之前辦理“偽楚王”案中順沈一貫意，宗藩恨趙可懷不公，趙可懷提訊要犯時，被朱蘊鈐和朱蘊訇掙斷刑枷，當場打死。萬曆三十三年四月，朱蘊鈐與朱蘊訇解送湖廣承天府處死，朱華堆等三人自殺，朱華焦、朱蘊鍅等被幽禁，史稱“ 劫槓案”。
妖書作者之謎
妖書案匆匆結案之後朝野開始流傳“妖書”其實出於武英殿中書舍人趙士楨之手。
趙士楨是明朝歷史上傑出的火器專家，一生研製改進了多種火器。因其在政治上不得志，名字未能如宋應星、徐光啟那樣彪炳史冊。
趙士楨的一生頗富傳奇色彩。他早年是太學生，在京師遊學。他能寫一手好字，書法號稱“骨騰肉飛，聲施當世”，時人爭相買他所題的詩扇。有個宦官也十分喜歡趙士楨的書法，買了一把詩扇帶入宮中，結果被明神宗看見，大為賞識，趙士楨平步青雲，以布衣身份被召入朝，任鴻臚寺主簿。鴻臚寺有點類似於國賓館，日常職責是凡外國或少數民族的皇帝、使者，到京師朝見皇帝或進貢，按等級供給飲食及招待。
趙士楨為人慷慨有膽略，交遊頗廣。萬曆五年（1577年）張居正喪父，因貪戀權位不肯回家奔喪，發生了震驚朝野的“奪情”事件，五名大臣因此被廷杖。趙士楨不畏乾連，予以調護，詞翰聲譽甚盛，號稱“他途入仕”名士。不過，他因“生平甚好口訐，與公卿亦抗不為禮”，加上又因為製造火器得罪了不少人，一生並不得志，當了十八年鴻臚寺主簿才升為武英殿中書舍人，還經常受到懷疑、誹謗。皦生光被殺後，京中盛傳妖書“是東嘉趙士楨所作也”。趙士楨為此而身心勞瘁，據說他已經精神錯亂，甚至多次夢見皦生光索命，終於一病不起，抑鬱病亡。
但趙士楨是妖書作者始終只是傳說，並沒有證據，真正的作者到底是誰，始終無人知曉。“妖書案”雖平，但其影響所及，卻已遠逾宮廷，遍及朝野，險惡的宮廷鬥爭也並未就此平息。
妖書案後接著又發生了著名的“明末三案”，事實上都是晚明黨爭的延續。
梃擊案
在中國歷代皇朝的禮制中，皇帝立皇后所生之嫡長子為太子，而 皇后無所出時，則以年長者為太子。雖然明朝數代皇帝經過特別情況而被立為帝(明成祖起兵篡奪侄兒惠帝的帝位，明代宗景泰帝因明英宗被俘而被大臣擁立，明世宗因明武宗無子而入繼大統。)，但明朝亦仍然依襲這套禮制。
明神宗萬曆帝在位期間，由於王皇后無子，故朝臣主張立年長子為太子，皇長子朱常洛，萬曆十年出生，是神宗宮女所出。皇三子福王朱常洵，萬曆十四年出生，是神宗寵愛的鄭貴妃之子，神宗希望福王為太子，鄭貴妃亦不斷向神宗進言。但朝臣堅持立朱常洛為皇太子，而皇太后李氏，皇后王氏也支持立朱常洛。
最初神宗不斷拖延，弄至皇長子十歲時，因為儲位未定，不能就學讀書。神宗雖然處分一些支持皇長子的大臣，但東林黨也支持皇長子，使支持皇長子為太子的聲勢更大。萬曆二十九年，皇長子朱常洛二十歲，神宗在無法拖延下終於策立常洛為皇太子，常洵為福王，封地為洛陽。
國本之爭，演變成皇帝與士紳大臣的勢力之爭。結果，鄭貴妃忍無可忍，終於爆發明朝立國以來最嚴重宮廷仇殺事件——梃擊案。
爆發
萬曆四十三年（1615年）五月，有一男子張差，手持木棍，闖進太子朱常洛居住的慈慶宮，擊傷守門太監，太子內侍韓本用聞訊趕到，在前殿逮捕張差。
轉折
經過御史劉廷元審訊，張差是薊州井兒峪人，語言顛三倒四，常提到“吃齋討封”等語。刑部提牢主王之寀認為事有蹊蹺，覺得張差決不像瘋癲之人，用飯菜引誘他：“實招與飯，不招當飢死。”張差低頭，又說：“不敢說。”王之寀命眾人迴避，親自審問。
原來張差靠砍柴與打獵為生，在一個月前，張差在濟州賣完貨後，賭錢輸了，結果遇上一位太監，太監說可以帶他賺錢，張差隨這位太監入京，見到另外一位老太監，老太監供與酒肉。幾天後，老太監帶他進紫禁城。老太監交木棒給張差，又給酒張差飲。帶他到慈慶宮，著他進宮後見人即打，尤其見到穿黃袍者(是太子朱常洛)。這是奸人，要把他打死。老太監言明，如打死穿黃袍者，重重有賞，如被人捉住，他會救張差。
張差的供言，結果供出是鄭貴妃手下太監龐保、劉成指使。
結局
朝臣有人懷疑是鄭貴妃想要謀害太子，王志、何士晉、張問達奏疏譴責外戚鄭國泰“專擅”；鄭貴妃則惶惶不可終日，向皇上哭訴，神宗朱翊鈞要她去向太子表明心跡。結果皇帝和太子不願深究，最後以瘋癲奸徒罪將張差處以凌遲。張差臨死前曾說：“同謀做事，事敗，獨推我死，而多官竟付之不問。”（據《先撥志始》）。不久刑部、都察院、大理寺三法司前後五次會審龐保、劉成兩人，由於人證消失，龐、劉二犯有恃無恐，矢口否認涉案。六月一日，明神宗密令太監將龐保、劉成處死，全案遂無從查起。
紅丸案
病急亂投醫
本來泰昌帝以為新君繼位，會有一番作為，不想登基大典後僅十天，也就是八月初十日，泰昌帝就一病不起。第二天的萬壽節，也取消了慶典。
內閣首輔方從哲是以禮部尚書兼東閣大學士的資格入閣的，他在萬曆朝擔任了七年首輔，很能處理君臣間的關係。萬曆皇帝對於方從哲替他草詔的各項諭旨，幾乎沒有受到過駁斥，那是由於方從哲設法結交了萬曆最寵愛的妃子鄭貴妃的緣故。
方從哲剛來到朝房，內廷就送來了一道緊急公函。原來是泰昌帝有病亂投醫，昨天竟擅自斥退太醫院醫官，而請內侍崔文升給他看病。崔文升開了一個方子，皇帝吃後大瀉不止，一夜之間如廁三四十次，現已昏迷不醒，急請內閣處置。
當方從哲帶著閣臣們趕到太和門時，內廷已經亂成了一團，皇帝昏迷不醒，太醫們束手無策。
天近中午了，幾位御醫才從宮中出來。領班的御醫已經七十多歲了，平日與方從哲交往很深，一見面就壓低了聲音說：“上頭的病不妙。”方從哲有些疑惑：“剛剛四十出頭，怎會病成這個樣子。”老太醫搖了搖頭：“冰凍三尺，非一日之寒。皇上精損過重，所以太醫們一向使用固精建中之類的藥物。這類藥物本是慢工，豈能神仙一把抓？皇上埋怨服之無效，而濫用瀉藥，以致我們數月調治之功毀於一旦。”方從哲脫口問道：“莫非不好辦了?”老太醫嘆了口氣說：“如果不再亂用庸醫，只以充血生精之藥調理，還是有望的，只怕……”方從哲趕緊說：“我當進宮勸諫，請皇上按太醫院的醫案調養。”
送走老太醫，已經過了午時，方從哲匆匆用了一點午餐，正準備寫勸諫皇帝相信太醫院的札子，卻聽到太和門裡一迭聲的傳呼：“皇上急召首輔入宮。”
方從哲又火速進了乾清宮。泰昌帝伸出有些顫抖的手握住方從哲，說：“朕這幾日頭目眩暈，身體軟弱，不能臨朝，一切大事都煩先生操勞了。”方從哲趕緊道：“萬歲天恩浩蕩，從哲敢不竭盡全力報效國家？”泰昌帝說：“朝中政事先生可代朕朱批，太子生性懦弱，也望先生扶持，後宮妻妾尚未來得及冊封，先生可依舊例擬定名分。”這幾句話無疑是交代後事了，方從哲忙安慰說：“萬歲春秋正富，偶染小疾，原無大礙，望安心調養，千萬不要誤信流言，作踐龍體。”泰昌帝搖了搖頭突然問道：“壽宮可曾齊備？”方從哲感到十分為難，思索了一陣才說：“萬歲放心，大行皇帝已安葬完畢，天壽山地宮於前天開始復土……”沒等他說完，泰昌帝打斷說：“朕問的是朕之壽宮。”方從哲慌忙顫聲勸道：“太醫院御醫已稟報，萬歲目前不過是體質虛弱而已，哪裡會有天崩地裂的事？”泰昌帝厭煩地說：“太醫院一幫庸醫，朕信不過。”方從哲說道：“萬歲若信不過太醫院，臣當傳檄天下，廣召名醫。”
聽到廣召名醫幾個字，泰昌帝就問：“聽說鴻臚寺有官員來進藥，如今為何還不送來？”方從哲說：“鴻臚寺丞李可灼曾上本說他有仙方可治萬歲病症，但臣與內閣諸臣計議，以為不可輕信，所以已將李可灼斥退了。”泰昌帝面露嗔色：“太醫無用，仙方又不可信，難道叫朕束手待斃？”方從哲嚇得連連叩頭說：“微臣怎敢?只是李可灼之言實不可信，皇上三思。”泰昌帝揮了一下手說：“你傳旨下去，朕要試試這個仙方。”
方從哲知道，從萬曆帝的爺爺嘉靖帝起，就信奉道教，求煉長生不老的仙丹，這股風氣由來已久。看來泰昌帝也迷信“仙方”，只好推託道：“待臣與六部九卿商議後，再來稟明皇上。”泰昌帝揮了揮手，示意方從哲不要再說。方從哲匆匆退了出去。
接連三天，後宮裡不斷來人催問：“李可灼的仙丹是否送來了。”方從哲只是推託，到了第三天下午，皇帝的親隨太監來到體仁閣，說皇上降旨，著李可灼速帶仙丹進宮。方從哲無奈，只得與閣臣韓火廣議定，由他二人陪同鴻臚寺丞李可灼帶所進之藥進宮見機行事。
迴光返照
鴻臚寺丞李可灼是個五十開外的老人，他舉止飄逸，確有點道骨仙風。所進的“仙丹”盛在一個十分古樸的錦匣內。據李可灼講：此仙丹乃是他年輕時在峨眉山採藥時得遇一位仙長所贈，所用藥料均采自神府仙境，能治百病。
泰昌帝顯得比前幾天更消瘦了，體質虛弱。但他的神志十分清楚，見方從哲進來就問：“仙丹可曾帶來？”方從哲跪著奏道：“李可灼已攜仙藥進宮，究竟能否治病，臣尚不敢妄言，請皇上明斷。”這時，李可灼也捧著“仙丹”跪在後面。泰昌帝示意把藥呈上來。李可灼見周圍大臣有疑慮神色，先自服一丸，大臣們方才放心。而泰昌帝一見仙藥，於是命人取水來，急匆匆地把藥吞下去了。
過了會兒，泰昌帝睜開雙眼，坐了起來，好像一下子健康了許多，臉上露出了笑容，連夸：“果然是仙藥，仙藥!”又稱讚道：“李可灼是個大忠臣。”說罷探出身來叫道：“李可灼!”李可灼伏地輕應：“微臣在。”泰昌帝說：“朕服仙丹果然奏效，請你明天再進一丸來，大概就可痊癒了。”李可灼答道：“臣家中尚有一丸仙丹，但仙長曾指點過，需在第一丸後三天再進第二丸，臣當於三天后再獻靈藥。”泰昌帝說：“朕病好後，一定給你加官晉爵。”
自吃了李可灼的“仙丹”後，泰昌帝的病好似一下子被驅走了一半。兩天來，他除了時常坐在龍案前養神外，居然還有兩次走出了殿門。
三天前在皇上的催逼下，方從哲引李可灼進宮獻藥，雖然當時就收到了效果，但憑他多年的閱歷，總覺得這似乎是心理作用所致，並不一定是藥的神效。回到府中後，就有幾位心腹幕僚前來打聽情況，他們都勸方從哲不要再引李可灼進宮。尤其是太醫院的幾位太醫異口同聲否定“仙丹”的作用，他們表示，如果首輔再引人送什麼“仙丹”，他們就集體辭職了。
第三天一早，泰昌帝就派人催仙藥，並發下聖諭，如果內閣阻攔進藥，就以抗旨欺君論處。他才無可奈何地將李可灼召到內閣，再三叮問，李可灼力保仙丹有神效，方從哲這才拉上韓火廣一同陪李可灼進宮。
李可灼看泰昌帝服罷藥，跪請他上床休息，泰昌帝卻不在乎地擺了擺手說：“用不著，朕今天精神很好，李愛卿獻藥有功，來日定當封賞。”
一命歸天
本來已經康復了的泰昌帝，服了一粒並非御醫進呈的紅丸，在夜裡猝然死 去。方從哲已預料到明早就會有無數指劾他的奏本飛進來，弄不好很可能被扣上一頂“弒君”的帽子。按明朝舊例，皇帝駕崩，遺詔需由內閣首輔代擬。方從哲想來想去，覺得只有利用擬遺詔的機會，申明服用紅丸是皇帝自己的意見，把責任一股腦推到大行皇帝身上才算上策。
果不出方從哲所料，泰昌帝的暴卒 引起了整個朝廷的注意，要追查皇帝死因的奏摺兩天之內就達數百件。其中有的奏本已經公開指出，給泰昌帝服瀉藥的內侍崔文升，最初曾在鄭貴妃屬下任職，後來才由鄭貴妃轉薦給泰昌帝。崔文升竟敢用瀉藥摧殘先皇，其背後必有人指使。
於是方從哲迫不及待地徵得了閣臣同意，頒布了由他親筆起草的遺詔。遺詔中以大行皇帝的口吻誇獎李可灼，並詔賜銀幣。遺詔一下，群情鼎沸，朝臣們都知道遺詔出自首輔之手，無形中更把方從哲與紅丸案緊密聯繫在一起了。
十月中旬，追查“紅丸案”的呼聲達到最高潮，禮部尚書孫慎行和左都御史鄒元標上了兩道令人矚目的奏疏，孫慎行指出：“從哲縱無弒君之心，卻有弒君之罪。欲辭弒之名，難免弒之實。”這給追查“紅丸案”元兇定了基調。
方從哲思來想去，他寫了一道很長的奏本，一面仔細為自己辯解，一面十分誠懇地提出了退隱的要求。方從哲奏本遞上去不到十天，天啟皇帝的批准諭旨就下來了。十一月初，這位執政八年的老臣，離開了京城。
泰昌帝的猝逝，使得御史鄭宗周、南京太常寺少卿曹珍等指此一事件與多年前的“梃擊案”出於同一“奸謀”，即有人必置光宗其人於死地；刑部主事王之采更直指光宗之死與鄭氏、光宗寵妃李氏等陰謀奪權有關。
移宮案
明萬曆四十八年（1620年）七月，明神宗萬曆帝朱翊鈞駕崩，明光宗泰昌帝朱常洛即位。
挾持太子
泰昌帝即位後，其子朱由校與李選侍一起遷住乾清宮。一月後，泰昌帝駕崩，李選侍控制了乾清宮，與太監李進忠（魏忠賢）密謀挾持朱由校，欲爭當皇太后以把持朝政，此舉引起朝臣的極力反對。
泰昌帝駕崩當日，楊漣、劉一燝等朝臣即直奔乾清宮，要求哭臨泰昌帝，請見皇長子朱由校，商談即位之事，但受到李選侍的阻攔。在大臣們的力爭下，李選侍方準朱由校與大臣們見面。楊漣、劉一燝等見到朱由校即叩首山呼萬歲，並保護朱由校離開乾清宮，到文華殿接受群臣的禮拜，決定以本月六日（1620年九月初六）舉行登基大典。為了朱由校的安全，諸大臣暫將他安排在太子宮居住，由太監王安負責保護。李選侍挾持朱由校的目的落空，又提出凡大臣章奏，先交由她過目，然後再交朱由校，朝臣們強烈反對。朝臣們要求李選侍移出乾清宮 ，遷居噦鸞宮，遭李選侍拒絕。李選侍又要求先封自己為皇太后，然後令朱由校即位，亦遭大臣們的拒絕，矛盾日漸激化。
移出乾清宮
朱由校御乾清宮登基大典日期迫近。至初五日，李選侍尚未有移宮之意，並傳聞還要繼續延期移出乾清宮。內閣諸大臣站在乾清宮門外，迫促李選侍移出。朱由校的東宮伴讀太監王安在乾清宮內力驅，李選侍萬般無奈，懷抱所生八公主，倉促離開乾清宮，移居仁壽宮內的噦鸞宮。九月六日，朱由校御奉天門，即皇帝位，改明年（1621）為天啟元年，史稱天啟帝。至此，李選侍爭當皇太后、把持朝政的企圖終成畫餅。
李選侍雖已“移宮”，但鬥爭並未結束。“移宮”數日，噦鸞宮失火，經奮力搶救，才將李選侍母女救出。反對移宮的官員散發謠言：選侍投繯，其女投井，並說“皇八妹入井誰憐，未亡人雉經莫訴”，指責朱由校違背孝悌之道。朱由校在楊漣等人的支持下批駁了這些謠傳，指出“朕令停選侍封號，以慰聖母在天之靈。厚養選侍及皇八妹，以遵皇考之意。爾諸臣可以仰體朕心矣”。至此，“移宮”風波才算暫告結束。
