肇始
明史案浙江烏程（今吳興）南潯鎮富戶莊廷鑨，因病眼盲，想效仿歷史上同為盲人的左丘明，著寫一部史書。
但又匱於自己所知不多，便去買得前明天啟朝大學士朱國禎的明史遺稿，延攬江南一帶有志於纂修明史的才子吳炎、潘檉章等十六人加以編輯。書中仍奉尊明朝年號，不承認清朝的正統，還提到了明末建州女真的事，並增補明末崇禎一朝事，直呼努爾哈赤為“奴酋”、清兵為“建夷”，全都是清朝所忌諱的。該書定名為《明書》，書凡一百餘卷，作為自己的著作，並請李令皙作序，題茅元銘、吳之銘、吳之熔、李濤、茅次萊、吳楚、唐元樓、嚴雲起、蔣麟征、韋金佑、韋一圍、張篙、董二酉、吳炎、潘檉章、陸圻、查繼佐、范驤等十八人於其上，“卷端羅列諸名士，蓋欲藉以自重。故老相傳，二百餘人中，多半不與編纂之役。”又說明此書是根據朱氏（即朱國禎）的原稿增刪而成。
牽連
明史案書成不久，順治十二年（1655）莊廷鑨病死。其父莊允誠於順治十七年冬（1660）將書刻成，即行刊書
《明史輯略》（《明書輯略》）。順治十八年（1661）為歸安知縣吳之榮告發，湖州知府陳永命接受了莊允城數千金的賄賂，拒不審理。莊允城也不向吳之榮行賄。不料吳之榮敲詐不成，再度告發，事情越鬧越大，最後驚動朝廷中的輔政大臣鰲拜等人。當時康熙年幼尚未親政，鰲拜責令刑部滿官羅多等到湖州徹查，並嚴厲處置涉案的相關人士。吳之榮對南潯富人朱佑明懷恨在心，誣告“朱氏原稿”即朱佑明本人。莊允城被逮捕上京，後來不堪虐待死於獄中，莊廷鑨被掘墓開棺焚骨。康熙二年（1663）凡作序者、校閱者及刻書、賣書、藏書者均被處死，刻字工湯達甫、印刷工李祥甫，書店老闆王雲蛟、陸德儒慘遭屠戮。莊廷鑨之弟莊廷鉞也被凌遲處死，全族獲罪；李令皙及其子李礽燾等4人、朱佑明及其子朱念紹、朱彥紹、朱克紹和侄子朱繹先後被斬殺，妻子徐氏吞金自盡，李令皙的幼子十六歲，法司命他減供一歲，得免死充軍。少年不肯，最後一併處斬；董二酉當時已死，屍體被從棺材中挖出，肢解成36塊，子董與沂，也被誅殺。湖州府學教授趙君宋本是告發者之一，亦以“私藏逆書久不上繳”罪名被處斬。蘇州滸墅關主事李繼白因買書被殺。學政胡尚衡、松江提督梁化鳳、守道張武烈等人以重金行賄得免。范驤、查繼佐、陸圻三人告發有功，無罪開釋。（當世普遍認為是吳六奇所救，但當事人否認《查繼佐年譜》里，查繼佐自己否認有此事，說：“葛如，方布衣野走，世傳余有一飯之恩，懷之而思報。其實無是也。是則公在時已傳其事，故公為之辨。”。乾隆時詩論家吳騫在《拜經樓詩話》中也認為此傳聞事不可靠。）三人和告發者吳之榮各得到莊允城、朱佑明兩家一半財產，范陸二人拒而不受，只有査繼佐照收無誤——《費恭庵日記》記述：“余親見船舶慈感寺前，領來朱莊廚桌傢伙約十餘舟載去，轉禍為福，真回天手段也。”。
結案
明史案康熙二年（1663）五月二十六日莊廷鑨明史案正式結案
，此案先後因此獄牽連千餘人，
所有被羈押的犯人在杭州虎林軍營被集中宣判執行，囚犯集中在弼教坊廣場上等候發落。被殺者共七十餘人，其中莊廷鉞、李令皙、茅元銘、蔣麟征、張寯、韋元介、潘檉章、吳炎、吳之鎔、吳之銘等十四人凌遲處死；杭州將軍松奎，浙江巡撫朱昌祚以下所有官員，革職查辦，攛掇松奎收賄的程維藩被誅。歸安，烏程的兩名學官處斬。湖州原任知府陳永命於康熙元年（1662）罷官，至山東台兒莊，自縊於旅館。棺材被運回杭州，開棺磔屍。其弟江甯縣知縣陳永賴，也同時被斬。歸安縣學新任訓導王兆禎、推官李煥、湖州新任知府譚希閔（到任只半月）等人處絞。妻子被發配東北瀋陽附近的寧古塔者幾百人。《明史輯略》被銷毀，而案中査繼佐將《明史輯略》主體部分從新複製了一本，略有增刪，改名《罪惟錄》，放置於牆壁內側深藏，直到辛亥革命，清廷顛復後，始見於世，今藏於吳興劉氏嘉業堂。顧炎武在山西汾陽聞知慘事，悲憤萬狀，作《書潘吳二子事》及《祭吳潘二節士詩》。金庸《鹿鼎記》首篇即以莊廷鑨明史案開場。
