主要罪行
下表包括日本在東亞和東南亞等地的戰爭暴行。
| 事件 | 發生時間 | 發生地點 | 罪行 |
| 牡丹社事件 | 1874年 | 南台灣 | 此役為日本法西斯主義和軍國主義的開端，為明治維新後第一次對外戰爭。 日本當局以琉球漂民遭台灣原住民殺害為由，登入南台灣並殺害反抗的原住民，將原住民部落付之一炬。 清廷最後在美國李仙得的調停下同意向日本賠款，並派遣欽差大臣沈葆楨駐守台灣，建立億載金城等防務，清廷從“消極治台”變成“積極治台”。 |
| 旅順口慘案 | 1894年 | 奉天旅順 （今遼寧旅順） | 甲午戰爭期間日軍製造的旅順大屠殺，超過兩萬名中國民眾被多種殘酷手法殺害。 |
| 乙未戰爭 | 1895年 | 台灣 | 日軍對台展開登入作戰，對台灣抗日起義軍發動毀滅性打擊，但其中也有不少日軍死於疾病；其間有發生多起日軍將抗日起義軍所在的聚落展開大屠殺並將城鎮付之一炬的事件，如蕭壟慘案。 |
| 雲林大屠殺 | 1896年 | 台灣雲林 | 日軍第二旅團在六月以台中一團進攻雲林，雲林支廳長松村雄之進稱：“雲林轄下無良民”，把村莊皆稱做匪窖全加以焚毀，事件七天中，四處無人性的報復屠殺，婦女幼兒也在殘殺之列，共死三萬人，縱火民房4925戶。 |
| 阿公店事件 | 1898年11月25日 | 甲午戰爭後日軍首次在台灣發動的無差別屠殺慘案。 | |
| 西來庵事件 | 1915年 | 台灣台南 | 余清芳在台南縣玉井鄉的“西來庵”率眾反抗日本殖民政府，最後不敵日本優勢軍力，遭到報復性屠殺，部分起義軍遭到日軍俘虜並判處死刑與終身監禁，台灣人武裝抗日的階段告一段落。 |
| 濟南慘案 | 1928年 | 山東濟南 | 北伐戰爭期間，以保護山東日本僑民為由出兵山東濟南，殺害中國外交官蔡公時和數千軍民。 |
| 皇姑屯事件 | 1928年6月4日 | 瀋陽 | 日軍密謀除掉疑似背信忘義的奉系軍閥首腦張作霖，在瀋陽近郊的皇姑屯鐵軌附近埋設炸藥，張作霖遭到炸傷，送醫後傷重不治。 現今國際法中行刺他國元首者是違反國際法的，故戰後召開的遠東國際軍事法庭中將之定位為戰爭罪。 |
| 霧社事件 | 1930年10月27日 | 原住民賽德克族領袖莫那魯道率領部落勇士起義抗暴，突襲日本在霧社的國小運動會，擊殺若干日本軍警並奪取槍械。 最後台灣總督府下令全面進攻霧社，執行大規模掃蕩，並派遣飛機使用化武毒氣等手段進行鎮壓，嚴重違反1899年海牙公約、1907年第二次海牙公約等規範作戰手段.原住民死傷慘重。 抗日原住民殘部最後遭到其他與日本當局友好的敵對部落以“以番制番”戰略剿滅，莫那魯道自殺。 | |
| 平頂山慘案 | 1932年9月16日 | 日本守備隊和憲兵隊士兵200人在遼寧撫順平頂山村用6挺機槍集體屠殺村民3千多人，縱火焚毀全村八百多間房舍。 | |
| 731部隊 | 731部隊早在日本占領滿洲的時候就已經開始用戰俘和百姓做活人生化試驗，造成逾3000人死亡。 | ||
| 鎮江屠城慘案 | 1937年12月8日 | 江蘇鎮江被侵華日軍攻陷，日軍屠殺當地民眾上萬人，焚毀房舍16700多間，強姦當地婦女幾千人。 | |
| 南京大屠殺 | 1937年 | 侵華日軍占領南京，約30萬人被屠殺。 | |
| 三灶島萬人墳 | 1938年 | 日軍登入珠海三灶島，屠殺並俘虜數千名當地居民。 | |
| 重慶大轟炸 | 1938年2月18日 | 中國政府在“南京大屠殺”後，將首都遷到重慶，日軍展開對重慶的無差別空襲。 | |
| 潘家戴莊慘案 | 1942年12月5日 | 侵華日軍在河北灤縣潘家戴莊屠殺無辜百姓1280多人，焚毀民舍1000多間。 | |
| 廠窖慘案 | 1943年5月 | 湖南境內，畑俊六指揮手下屠殺3萬餘中國人，強姦當地婦女兩千多人。 | |
| 平陽慘案 | 1943年秋 | 侵華日軍4萬餘人在河北阜平縣平陽村一帶進行“掃蕩”的87天中，用刀砍、活埋等手段殘殺無辜村民700多人，甚至吃被殺者的人心、人肉。 | |
| 浙江大掃蕩 | 戰爭後期 | 為報復浙江民眾保護空襲東京後迫降在浙江的美軍飛行員，屠殺25萬浙江百姓。 | |
| 肅清大屠殺 | 1942年2月15日 | 日軍占領新加坡和馬來西亞後，開始有計畫地屠殺當地華人華僑。 | |
| 巴丹死亡行軍 | 麥克阿瑟在菲律賓的駐軍不敵日本後，呂宋島上的美軍皆淪為戰俘，日軍強迫美軍戰俘長途跋涉，並不給他們飲水與飲食，美軍戰俘在途中死亡慘重。 | ||
| 馬尼拉大屠殺 | 麥克阿瑟在雷伊泰灣海戰中戰勝日本並奪回菲律賓，大勢已去的日軍在撤出呂宋島時實施焦土政策，在馬尼拉一帶進行無差別殺戮。 | ||
| 516部隊 | |||
| 100部隊 | |||
| 泰緬鐵路 | 日軍“馬來之虎”山下奉文的部隊擊潰英軍後，下令英軍戰俘為日軍修築鐵路。 之後有被拍成一部稱做《桂河大橋》的電影。 | ||
| 台灣戰俘營 | 金瓜石戰俘營及其他台灣戰俘營，虐打迫害戰俘 | ||
| 拉包爾戰俘營 | 虐打迫害戰俘 | ||
| 山打根死亡行軍 | 1942年新加坡戰役後 | 約有2500名在新加坡及馬來亞被俘的英國、澳洲及紐西蘭聯軍士兵（以澳洲士兵為主）被日軍送往北婆羅洲山打根集中營。1945年3月至6月期間，日軍強迫當時僅存的1900戰俘以行軍方式穿越熱帶雨林，遷往260公里外的內陸城市拉瑙，約有1400人死於途中。最後，抵達目的地的剩餘戰俘又在日軍投降前被集體殺害。 |
二戰之前
旅順大屠殺1868年明治維新後，日本迅速發展成為亞洲的軍事強權，並採取對外侵略政策。日本歷史上第一次重要的對外戰爭是發生在1894年的中日甲午戰爭，在軍事上發展迅速的日本，擊敗了中國的北洋水師，清政府被迫割讓台灣、澎湖與遼東半島（後以三千萬兩白銀贖回），並且賠巨款兩億兩白銀。
1904年到1905年，日本與俄國因在滿洲（中國東北）的利益而爆發戰爭，日本最終獲勝。這是亞洲軍事強權首次擊敗一個歐洲大國。雖然當時的清政府宣布中立，但實際上兩國戰場卻在中國國境內，日、俄兩國都在戰爭時期肆意殺害被己方單方面認為是間諜的中國公民，激起了當時中國民眾的強烈憤怒，魯迅更指出他本人是由於看到日軍殘殺中國公民時國人的麻木感而棄醫從文。1910年，日本又正式吞併了朝鮮。
1927年，田中義一出任日本首相，並且主持了“東方會議”，目的在於討論軍事行動事宜。1929年，著名的《田中奏摺》被披露，在這份呈天皇的秘密奏章中，田中認為日本如要稱霸世界，必須先征服中國，還具體規劃了侵華的基本戰略。果然在1931年9月18日，日本強占了中國東北三省（滿洲），實現了入侵的第一個步驟。該奏摺被披露後引發當時社會各階層的強烈反應。雖然田中奏摺在戰後沒有繳獲日文原件，但毋庸置疑的是此後不到十年的時間裡日本就開始實施與所披露奏摺內容幾乎完全一致的“征服中國”的侵略計畫。
日本無限制對外擴張激起了被侵略國家人民的強烈抵抗。中日《馬關條約》簽訂後，台灣紳士丘逢甲就上書朝廷表示不滿，台北民眾鳴鑼罷市，最後自組軍隊，成立“台灣民主國”，進行反抗。日本最後派出軍隊，用武力強行占領了台灣。
在朝鮮，反日情緒同樣高漲。1905年朝鮮淪為日本的保護國，次年日本就在朝鮮設“總監府”，伊藤博文任首任統監，結果全朝鮮都爆發了激烈的抗日運動。1907年，高宗皇帝派人秘密參加海牙世界和平會議，請求西方國家幫助朝鮮恢復獨立，但結果卻是皇帝被日本逼迫退位、以及日本更高壓的統治。1909年3月26日，韓國人安重根在哈爾濱火車站暗殺了伊藤博文，不久朝鮮親日派總理李完用也被刺受傷。1911年3月1日爆發了三一運動，漢城市民和學生在塔洞公園宣讀了《獨立宣言》及舉行了示威遊行，遭到日本方面的武力鎮壓、柳寬順等人被殺，而整個事件的餘波一直到1920年才完全平息下來。三十年代起，李紅光、崔庸健、金日成等共產黨人又組織了抗日游擊隊，在中國東北和朝鮮邊境地區活動，試圖用武力抗擊日本。此外還有祖國光復會、祖國解放團等多個抗日團體，在上海又設立了大韓民國臨時政府。
二戰中
東北抗日活動
九一八事變後，中國東北三省被日本侵占。中國民間組成了很多個抗日武裝，主要的包括了義勇軍、救國軍、自衛軍等，現在統稱為“東北抗日義勇軍”，總共達到了30多萬人，根據當時美國媒體的報導，“滿洲事實上沒有不被襲擊的地方，城市和鐵路，竟找不出一處來”。這些武裝力量在1933年遭到日軍重創，但是此後在東北依然有小股抗日的游擊隊力量，其中以中國共產黨領導的東北人民革命軍為主。
此外，很多朝鮮人從被日本占領的朝鮮半島逃亡到中國東北，並在那裡組織或參加了各種抗日活動，比較著名的有在哈爾濱刺殺伊藤博文等事件。
日軍大屠殺
南京大屠殺中日甲午戰爭期間，日軍攻陷旅順，對市內居民連續四天進行殺戮，老弱婦孺無一倖免。屠殺過後全市僅剩三十六人生還，他們生還的原因是要處理屍體，估計超過兩萬人遇害。南京大屠殺是中國近代史上的一件慘劇，發生在1937年12月。時為中國抗日戰爭，當時的日本陸軍在圍攻當時中國首都南京數個月之後終於攻破，日軍在城內大量屠殺中國平民約三十萬。南京大屠殺事件在當年日本本土的報紙有報導，當中包括兩位軍官在城內進行的殺人比賽遊戲，這些第一手的戰爭記錄現時還存放於世界各地的圖書館內。南京大屠殺之前，日軍在上海、蘇州、嘉興、杭州、紹興、無錫、常州等地進行了一系列的屠殺平民活動。因此，有後世日本歷史學家曾經懷疑中國方面所聲稱的三十萬被殺平民，實際上包括了這批在南京以外被殺的華東人口。然而，中國歷史學家反稱，若連華東地區被殺人口也計算在內的話，總數可能會高達一百萬人。南京大屠殺之外，日軍還曾在中國其他地方進行多次規模或大或小的屠殺。在中國許多縣市的歷史上，都有二戰期間遭日軍屠殺的記錄。比較著名的有撫順平頂山屠殺等。日本在中國北方實施了“三光政策”，實際是對中國部分地區的農民的人口滅絕政策。
重慶大轟炸
重慶大轟炸中國政府於1938年底西遷陪都四川重慶之後，倚靠四川以及長江中游的資源與天險優勢與日軍進行僵持；為了有效打擊重慶政府的作戰意志，因此日軍選擇對當時中國政府首都重慶進行戰略轟炸意圖逼迫中國政府投降，但是在科技條件無法配合下日軍的戰略轟炸成效有限，重慶的主要設施也未因此受到致命毀損，只是很多民居因被炸毀，有不少無辜市民也因走避不及而斃命。據不完全統計，在1938年至1943年間約1萬餘重慶居民死於轟炸。
二戰結束後
二戰結束後，日本政府曾多次發言道歉，但其誠意一直受中國和韓國等國的質疑。另外1978年東條英機等被遠東國際軍事法庭審判的14名甲級戰犯被放到靖國神社中合祀 。日本首相和其他政府首腦不顧曾受日本軍國主義侵略的東亞鄰國的感情，多次參拜了靖國神社。加上現在日本試圖成為聯合國安全理事會的常任理事國成員，不少民眾擔心日本會藉機進行軍事擴張。
