概述
總部組織由5個部門構成。總本部和計畫部是管理部門，即後方支援部門。實施部門有3個，即圖像部、電波部和分析部。2000年度新增設緊急動態部。
職能
電波部設10個課，是情報本部最大的一個部門。其收集的通信情報是情報本部的核心業務；分析部的主要職能是把駐外防衛官員發回的報告、美國等盟國提供的情報和由合作者收集的情報匯總起來進行評估；緊急動態部專門負責迅速收集和處理可疑船隻入侵日本領海的情報。
情報總部在組織上是參謀長聯席會議的下屬機構，由事務次官、防衛局長、幕僚長聯席會議主席、陸海空幕僚長組成的“防衛情報委員會”領導。
情報分布
日本的6個情報研究機構包括內閣情報調查室、公安調查廳、警察廳外事課、外務省國際情報局、防衛廳調查課、日本貿易振興會。
內閣情報調查室負責諜報、電子和人物的情報和公開的情報蒐集，24小時運作，向首相及官房長官提供訊息。公安調查廳屬法務省，主要是對付國內的左右翼極端分子和早期的共產黨活動，也監視駐日本外交人員。警察廳外事課對付外國的間諜活動及恐怖分子，並配備反恐怖特種部隊。外務省國際情報局配備了高科技的電子數碼機及完善的保密設施。防衛廳調查課負責蒐集鄰國的軍事戰略情報。日本貿易振興會負責對外情況調查，日本政府對外貸款、對外援助的意見書，基本都由其提出。該會同時蒐集各國的政治、經濟、貿易情報。
