背景起因
大海人皇子的崛起
天智天皇在663年（天智天皇2年）企圖復興百濟，向朝鮮半島出兵，與大唐、新羅聯軍交戰（白村江之戰），倭軍大敗，百濟復興戰爭以慘敗告終。中大兄皇子因為失敗的責任問題，在國內政治中處境困難。這時，大海人皇子明顯在政治上開始發揮作用。如664年（天智天皇3年）2月，大海人皇子代表朝廷發布“增換冠位階名及氏上、民部、家部”等重要法令， 實際上行使“大臣”的職權。658年（齊明天皇4年）左大臣巨勢德太死後，左大臣一直沒有補任。大海人皇子成為實權者。668年（天智天皇7年），在中大兄皇子正式即位的同時，大海人皇子被立為東宮（大海人皇子和天智天皇之間的關係，在中臣鐮足死後，不斷地有所變化。這大概是因為晚年的天智天皇，日漸失去了當年納賢愛才的品德所致。）
皇位繼承之爭
壬申之亂是飛鳥時代經常發生的皇位繼承紛爭中的一例。當時，以引進大唐律令制為目標的天智天皇，想一改倭國在同母兄弟間兄終弟及的皇位繼承傳統慣例，代之以像大唐那樣的嫡子相繼制，即傳位於大友皇子（弘文天皇），引發了大海人皇子的強烈不滿。再加上大海人皇子是有能力、有聲威的政治家，凝聚了一股由其支持其即位的勢力。這些勢力是大海人皇子的根基，前述的改革中各階層的不滿情緒構成了民意基礎，天智天皇以後的皇位繼承之爭成為壬申之亂爆發的契機。
政策之爭
白村江之戰，倭軍慘敗。為此，天智天皇在玄界灘、瀨戶內海沿岸修築國防施設，同時將百濟難民遷往東國，將都城從奈良盆地的飛鳥，遷往了琵琶湖南岸的近江宮。另外在國內進行急進的政治改革。但是這些舉動給豪族和民眾增加了新的負擔，產生了很多不滿。向近江宮遷都之際，經常發生火災，豪族、民眾對遷都表示不滿的意緒開始顯現。還有，天智朝的改革忽視地方豪族（特別是東國）的利益，地方豪族之間，忿忿不平。
情爭
此外，天智天皇和大海人皇子之間還有一段愛情的糾葛。
額田王是當時極負盛名的女歌人。她的和歌歌風秀麗，情感動人。據《日本書紀》記載，她最初嫁給了大海人皇子。但後來卻進了天智天皇的後宮，成為天智天皇的妃子。可是，大海人皇子不能忘情。668年（天智天皇7年），天智天皇遊獵於蒲生野。額田王和大海人皇子都伴駕同行。大海人皇子對他的愛人擺袖傳情，而額田王怕人看見不便，為了制止他，吟了一首詩：“馳騁茜紫野，往來圍禁場；豈不虞人睹，君袖乃爾揚。”
大海人皇子作詩答道：“紫茜同妹艷，能不鍾我心。奈何他人婦，思慕難自禁。”
這兩首歌都收在《萬葉集》中，記錄了天智天皇、額田王、大海人皇子一段著名的愛情“公案”。大海人皇子不能容忍自己的愛人作“他人婦”。天智天皇也不會容忍自己的妃子懷念舊男人。
大友皇子有不利因素
大友皇子不僅儀表非凡，而且博學多聞，才思敏捷，長於漢詩，深得父皇寵愛。很自然地，天智天皇想把皇位傳給自己的兒子。但是，大友皇子有十分不利的彔樺。艽一，他的母親出身卑賤，是地方豪族的女兒，在宮中的身份不過是一個“采女”，。在當時十分強調天皇血統高貴的情況下，出身卑賤者是做不了天皇的。第二，大友皇子缺乏治政的閱歷。這一點大友皇子自己也承認不諱。《懷風藻》記載了大友皇子的詩句：“逍德承天訓，鹽梅寄真宰，羞無監撫術，安能臨四海” 。
叛亂經過
壬申之亂戰況圖671年11月26日（天智天皇10年10月17日），天智天皇宣布了新的任命：大友皇子為太政大臣（太政大臣一職在日本歷史上首次出現），蘇我赤兄為左大臣，中臣金為右大臣，蘇我果安、巨勢人，紀大人為御史大夫。這樣，上有天皇為最高首腦，下有太政大臣輔佐政務，身為東宮的大海人皇子，便無事可幹了。這樣的人事安排，明白表示天皇要重新考慮皇位繼承問題。
這年8月，天智天皇開始臥病，病情逐漸惡化。天智天皇曾召大海人皇子到病榻前說：“我已經不行了，把皇位讓給你。”大海人皇子自幼追隨兄長天智天皇左右，深知自大化改新以來，天智天皇在“古人大兄皇子之亂”（645年）、“蘇我石川麻呂事件”（649年）、“有間皇子之變”（658年）等事件中排斥異己的手段，大海人皇子推舉大友皇子為皇太子，自己則申請出家，退回吉野宮（今奈良縣吉野），靜觀時局，以圖再起。
672年1月10日（天智天皇10年12月3日），天智天皇在近江宮去世，享年46歲。大友皇子繼承大統，此時還未滿24歲。（大友皇子是否繼位其實是個眾說紛紜的問題，《日本書紀》並無此記載。但是平安時代以後的文獻，如《扶桑略記》中做繼位之說。到明治三年，明治政府根據《大日本史》，追謚大友皇子為第三十九代天皇“弘文天皇”）。
同年陰曆5月，舍人朴井雄啟告急，大友皇子以修築山陵為名，有美濃、尾張募征壯丁，於京畿招兵買馬，武裝待發。又據大友皇子妃十市皇女向其父大海人告密，近江朝廷策謀進犯吉野。
同年陰曆6月，大海人先發制人，先遣村國男依、和餌部君乎、身毛廣等急赴美濃，聯繫各國郡司。繼而，大海人皇子率部眾二十餘人開始離開吉野，經由伊賀、伊勢，逃往美濃。在美濃，聽從於大海人皇子指示的多品治已經興兵，封鎖了不破要隘。動員了東海道、東山道兩道諸國的兵馬不滿朝廷者紛紛來歸，隊伍迅速擴充至數萬人。進入美濃後，聚集了東國來的兵馬的大海人皇子在7月2日（8月3日）兵分兩路，進攻大和國、近江國兩方。
近江朝廷的大友皇子一方，向東國和吉備國（當時的日本國名，後來被分為了備前、備中、備後、美作四國）、筑紫（九州）派出使者，要求進行兵力動員。向東國派出的使者被大海人皇子一方的部隊所阻，吉備和筑紫的兵力沒能動員起來。大友皇子一方只有集中附近幾國的兵力。
大海人皇子離開大和國（吉野宮屬於大和國，大和國大致相當於現代的奈良縣）之後，近江朝廷在倭京（飛鳥時代的古都）聚集了兵馬，大海人皇子一方的大伴吹負舉兵後，奪取這支兵馬的指揮權。大伴吹負與從西、北兩個方向殺來的近江朝廷軍隊展開激戰。近江朝廷一方占了優勢，大伴吹負不敵，數度敗走。大伴吹負不斷收攏敗軍。不久，由紀阿閉麻呂指揮的來自美濃的援軍到達，大伴吹負才擺脫窘境。
近江朝廷的軍隊也殺向美濃，但由於指揮混亂，滯軍不前。大海人皇子一方的村國男依等率軍直進，大海人皇子的側翼部隊在7月7日（8月8日）於息長的橫河與近江朝廷的軍隊開戰，連戰連勝。7月22日（8月23日）的瀨田橋之戰（滋賀縣大津市唐橋町），近江朝廷軍大敗。第二日的7月23日（8月24日），大友皇子自殺，壬申之亂結束。
後續事件
673年（天武天皇2年）陰曆2月，大海人皇子建造了飛鳥淨御原宮，正式即位。
以大友皇子與大海人皇子皇位之爭而爆發的“壬申之亂”，實質是地方豪族利用民眾反對近江朝廷門閥貴族統治，具有政變色彩的武裝衝突。大海人以生命為賭注，平定“壬申之亂”，實質是地方豪族對近江朝廷的勝利，或可說是激進派鬥爭的勝利。大海人在軍事上和政治上，正是藉助於不滿朝廷的東國地方豪族的支持而取勝的。
近江朝廷被消滅，天武天皇再次把都城遷往飛鳥（奈良縣高市郡明日香村）。之後，天武天皇論功行賞，為了恢復秩序回復而設立新的制度，即服制改革、八色之姓、冠位制度改革等。天武天皇比起天智天皇，在中央集權方面，更進了一步。
