人物履歷
1988年本科畢業於南京中醫學院中醫系，2005年博士畢業於南京中醫藥大學中西醫結合心血管專業。
2006年03月—2007年03月在北京大學（BJMBA）中國經濟研究中心研修衛生事業醫院管理；
2009年10月—12月在法國國立行政學院研修高級經濟管理；
2013年06月赴美國哈佛大學參加中美衛生事業管理高級研修班；
2012年07月——2019年3月 任南京中醫藥大學副校長、南京中醫藥大學附屬醫院（江蘇省中醫院）院長。
2019年3月，南京中醫藥大學副校長。
任免信息
2018年10月19日，南京中醫藥大學在行政樓416會議室召開幹部大會，宣布省委關於校領導班子調整的決定：方祝元任副校長。
2019年3月24日，江蘇省人民政府決定免去方祝元同志的南京中醫藥大學附屬醫院（江蘇省中醫院）院長職務。
研究成就
從事中醫臨床和教學工作20餘年，運用中醫、中西醫結合方法治療高血壓病、冠心病、心力衰竭、心律失常、病毒性心肌炎等心血管系統疾病，特別是對高血壓早期腎損害等相關靶器官損害的中醫藥干預有深入的研究。
培養博士及碩士研究生20餘名，發表學術論文35篇，主編、參編專著8部。先後主持國家自然科學基金、江蘇省科技廳重點專項及廳局級等科研課題10餘項，獲江蘇省中醫藥科技進步獎、南京市科技進步獎各一項。獲江蘇省食品藥品監督管理局院內新藥製劑證書2項。
發表論文
1、冠心病痰瘀證患者載脂蛋白E基因測序檢測分布。中國中西醫結合雜誌，2011，31（9）：1201。
2、代謝組學與中醫證的相關性。現代中西醫結合雜誌，2009，18（8）：938。
3、中藥干預對糖尿病合併高血壓患者脂毒性和動脈粥樣硬化的影響 南京中醫藥大學學報，2008年第24卷第1期。
4、不同證型高脂血症患者血脂康調脂療效差異及與載脂蛋白E基因多態性的相關性研究，江蘇省中醫藥 2009年第41卷第6期。
5、中醫藥治療高血壓病當注重“治病求本” 江蘇中醫藥，2007年第39卷第10期。
6、病毒性心肌炎中醫證型、療效相關性研究，江蘇中醫藥，2005年第26卷第12期。
7、85例病毒性心肌炎患者臨床證型及處方用藥分析，江蘇中醫藥 2006年第27卷第12期 主編專著：心腦血管疾病的中醫診治(主編)，人民衛生出版社，2001年常見病毒病的中醫診治 (副主編)，人民衛生出版社，1998年 難治性心腦血管病辨治與驗案(副主編) 科學技術文獻出版社，2011年。
科研課題
1、潛陽育陰方調控腎臟花生四烯酸代謝網路及前列素功能紊亂治療高血壓腎損傷的機制研究——國家自然科學基金課題
2、複方一把針膠囊新藥的研製——江蘇省科技廳重點專項、省中醫藥管理局領軍人才項目
3、病毒性心肌炎與Hcy的關係及中藥干預的臨床研究——江蘇省科技廳
4、高血壓病中醫證型現代科學內涵的代謝組學研究——江蘇省六大人才高峰項目
5、降壓益腎顆粒對高血壓腎損害相關指標及超聲都卜勒腎血流的影響——江蘇省中醫藥管理局 管
