主要職責
（一）落實國家環境保護基本制度。貫徹執行國家環境保護政策、規劃，擬訂並組織實施兵團環境保護政策、規劃，組織制定兵團環境標準和技術規範；組織編制環境功能區劃；組織擬訂重要飲用水水源地、重點區域、流域、地下水污染防治規劃並監督實施。
（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。組織協調重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調重大突發環境事件的應急、預警工作；協調解決有關跨區域環境污染糾紛。
（三）承擔落實國家和兵團減排目標的責任。執行國家主要污染物排放總量控制和排污許可證制度，按照國家減排目標制定兵團總量控制計畫並組織實施，督查、督辦、核查各師市污染物減排任務完成情況；實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。
（四）負責提出兵團環境保護領域固定資產投資規模和方向、國家和兵團財政性資金安排的意見；參與指導和推動循環經濟和環保產業發展。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受兵團委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價；對兵團涉及環境保護的法規、條例草案提出有關環境保護方面的意見；按照國家和兵團規定審批項目環境影響評價檔案。
（六）負責環境污染防治的監督管理。研究擬訂水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理細則並組織實施；負責水污染排放許可證審批和發放工作；會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作；組織指導城鎮（團場）和連隊的環境綜合整治工作。
（七）指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；向兵團提出新建兵團級自然保護區審批建議；指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作；協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作；協調指導連隊環境保護；監督生物技術環境安全；組織協調生物多樣性保護。
（八）負責環境監測和信息發布。制定環境監測制度和規範，組織實施環境質量監測和污染源監督性監測；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警；組織建設和管理兵團環境監測網和環境信息網；建立和實行環境質量公告制度，負責發布兵團環境綜合性報告和重大環境信息。
（九）開展環境保護科技工作。組織環境保護科學研究和技術示範；開展環境保護國際合作交流。
（十）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。制定並組織實施環境保護宣傳教育規劃，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十一）負責兵團駐烏各單位環境保護工作。
（十二）負責局屬事業單位的管理工作。
（十三）承辦兵團交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室（規劃財務處）。
負責環境保護規劃、財務綜合管理工作；組織編制環境保護規劃、綜合性環境功能區劃並監督執行；組織審核城市總體規劃和其它部門規劃中的環境保護內容；負責基礎能力建設，組織實施兵團環境監管能力建設和環境信息網路能力建設工作；協調有關中央、兵團財政專項資金的申報審批工作；組織編制項目申報指南；審查、指導和監督管理項目資金使用情況，並組織績效考評。負責局機關黨務、政務、紀檢工作的綜合協調和督查督辦；負責文電、會務、保密、機要、檔案等機關日常工作；承擔機關和局屬事業單位的人事管理和隊伍建設等工作。
（二）環境管理處（環境影響評價處）。
負責兵團大氣、水、土壤環境保護的監督管理，組織協調跨師域污染防治工作，建立對大氣、水、土壤環境質量改善目標落實情況考核制度。擬訂和監督實施全區重點流域、地下水污染防治規劃計畫；建立和組織實施跨師市、團（鎮）界水體斷面水質考核制度；監督管理飲用水源地環境保護工作；負責水固定源管理相關工作；負責規模化畜禽養殖污染防治。負責兵團大氣、噪聲、光、惡臭、機動車、化石能源等污染防治的監督管理；擬訂兵團大氣污染防治規劃，指導編制城市大氣環境質量限期達標和改善規劃；組織擬訂重點師域大氣污染防治聯防聯控實施方案、重污染天氣應對政策措施並監督實施。負責兵團土壤、固體廢物、化學品及重金屬等污染防治的監督管理；組織實施危險廢物經營許可；監督管理土壤環境保護、農膜污染防治工作。參與有關專項資金項目立項、申報、審查等工作，負責項目實施過程中的業務指導和監督，開展項目涉及的環境保護政策成效評估；組織審核大氣、水、土壤等治理項目實施方案，參與項目的實施、管理、竣工驗收和績效考評具體工作。負責排污許可的綜合協調，組織實施排污許可證審批和發放工作；承擔大氣、水、土壤污染物排污許可、總量控制、排污權交易工作。負責建設項目（核與輻射建設項目除外）環境影響評價綜合管理工作；負責對重大發展規劃、重大經濟開發計畫和重要產業、重點區域進行環境影響評價；負責審查重點開發建設區區域規劃、行業規劃環境影響評價；負責涉核與輻射以外的建設項目環境影響檔案的審批，並負責其竣工環境保護驗收；協助管理環境影響評價機構資質；參與“三同時”監督檢查工作；組織指導環境監理工作；負責環境影響後評價工作。
（三）環境監測處（科技標準處）。
負責環境監測管理和環境質量、生態狀況等環境信息發布；歸口組織開展環境監測站點規劃布局和選點；組織實施環境質量監測、土壤監測、生態監測、噪聲等物理監測、污染源監督性監測、環境應急和預警監測。承擔排污申報登記和污染源普查工作；負責組織重點污染源線上監測設施運行的監督管理；負責建立和實行環境質量公告制度，組織編制並發布兵團環境狀況公報；組織建設管理兵團環境監測網；負責擬定重點污染源線上監測項目實施方案，提出資金安排建議，並負責項目的實施、管理、竣工驗收和績效考評。負責環保科技標準綜合管理工作；負責管理環境標誌認證工作；組織開展清潔生產強制性審核；參與指導和推動循環經濟、環保產業發展、綠色消費等相關工作。
（四）自然生態保護處。（宣傳教育處）。
負責生態保護綜合管理工作；組織開展兵團生態狀況評估，擬定生態保護區劃、規劃和生態環境功能區劃，劃定兵團生態保護紅線；組織實施兵團生態補償脫貧專項行動；指導、協調和監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護工作，協調編制自然保護區建設規劃，組織向兵團提出新建、調整兵團級自然保護區審批建議；組織協調和監督濕地環境保護、荒漠化防治、生物多樣性保護、生物遺傳資源和生物技術環境安全工作；監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；牽頭負責連隊環境保護和農村環境綜合治理工作；監督、協調有機食品發展工作；指導生態農業建設，參與有關部門農業面源污染防治工作；負責組織指導生態文明建設示範區創建工作；負責整合環境保護模範城市、城市環境綜合整治定量考核與生態文明建設示範區創建；負責擬定生態文明建設示範區、生態修復等項目擬訂規劃、實施方案、管理辦法，提出資金的安排建議，並負責項目實施、管理、竣工驗收和績效評估考評；參與有關專項資金項目立項、申報、審查等工作，負責項目實施過程中的業務指導和監督，及環境保護政策成效評估。
（五）環境監察處（兵團環境保護督察辦公室、應急辦、政策法規處）。
負責對師市黨政履行環境保護職責情況進行常態化督察，實現對各師市全天侯、全覆蓋的日常監察。承擔兵團環境保護督察工作領導小組辦公室日常工作。組織協調環境保護督察工作;統一歸口管理涉及兵團的有關事項。負責統一歸口管理涉及企業的處罰等工作；負責重大環境問題的統籌協調和監督執法檢查；組織協調重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理；組織擬定突發環境事件應急預案，指導協調重大突發環境事件的應急、預警工作；負責兵團環境應急指揮部辦公室的日常工作；組織開展環境執法稽查和排污收費稽查；負責編制兵團環境監察能力建設規劃，指導全兵團環境監察隊伍建設和業務工作；組織兵團審批的建設項目“三同時”監督檢查工作；參與擬定工業企業主要污染物治理項目實施方案及資金安排建議，並參與項目的實施、管理、竣工驗收和績效考評。組織環境保護行政複議、行政賠償和應訴等工作；指導和監督兵團環境保護依法行政和行政執法責任制工作；負責局機關行政許可事項的清理和確認工作；負責局機關、委託執法單位執法人員執法證的審核上報和備案工作；負責提案議案辦理工作。
