主要職責：
1．統籌管理各類高等教育。研究各類高等教育改革與建設的巨觀社會背景與發展趨勢，制定相關方針、政策、法規和檔案，推動各類高等教育的改革與建設。促進各類高等學校與社會、教學與科研、社會實踐的結合。推動高等教育的國際交流與合作。
2．統籌規劃、指導各類高等學校和辦學機構的人才培養工作，組織制定本科專業目錄、人才培養基本要求等指導性檔案。指導高等教育自學考試、社會力量舉辦高等學校等有關工作。
3．規劃、指導高等學校的教學改革，組織實施重大教學改革項目。規劃、指導高等學校師資（含實驗室人員、教學管理人員）的短期培訓工作。組織高等教育有關專家組織，並指導其開展工作。
4．制定各類高等教育教學評估工作的方針、政策和檔案，統籌規劃各類高等教育評估工作，組織並指導高等學校的教育質量與教學工作的評估工作。組織開展全國性高等教育教學有關成果的獎勵和表彰工作。
5．制定各類高等學校圖書館工作及實驗室建設的有關方針、政策和法規。指導各類高等學校的教材建設工作。
6．配合部內有關司局進行高等教育的體制改革和結構布局調整等全局性工作。
7．巨觀指導國務院其他部委教育管理機構和各省、自治區、直轄市教育行政部門的人才培養工作。
8．提供各類高等教育教學的信息服務。
處室主要職責：
一、辦公室
1．綜合、協調司內的行政事務工作。
2．負責各類檔案的運轉和管理。
3．協助管理司內人事、外事、人員培訓等工作。
4．具體組織開展司內文體活動及青、工、婦活動。
5．管理司內行政經費和後勤事務工作。
二、綜合處
1．統籌高等教育改革與發展戰略、方針、政策和有關教學檔案的研究、擬訂工作。
2．統籌、協調本科專業目錄修訂、教學管理幹部和師資短期培訓、重大教學改革立項等司內有關綜合業務工作。
3．負責高等學校專業設定管理和第二學士學位管理工作。
4．統籌協調與部內有關司局，與其他部委和地方教育行政部門的有關業務工作。
5．統籌協調對外宣傳和信息服務工作。
三、高等教育評估處 (教育部高等教育評估辦公室）
1．研究、擬訂高等教育評估的方針、政策、法規和檔案，推動高等教育質量巨觀調控體系和評估制度的建立和完善。
2．統籌規劃與協調各類高等教育的評估工作。
3．統籌規劃、協調和組織各類高等學校教育教學工作的評估工作，組織評估結論的審核工作。
4．組織有關評估專家組織，指導評估專家組織和中介機構開展工作。
5．管理高等教育評估的信息工作，分析研究評估信息，開展對外信息服務。
6．規劃組織高等教育評估研究和學術交流。
7．統籌組織全國高等學校國家級教育教學成果的獎勵和表彰工作。
四、教學條件處
1．組織擬訂高等教育指導性教材建設規劃和高等學校圖書館工作的有關政策、法規。
2．組織開展高等教育教材和高等學校圖書館建設信息服務。
3．組織、協調高等學校文獻信息、教學資源的最佳化配置及共建、共享工作。
4．運用教學條件評估、重大課題立項、重點經費補助、評獎等手段，推動和加強教材和圖書館建設。
5．組織有關專家組織，並指導其開展工作。指導圖書館人員的短期培訓工作。
五、遠程與繼續教育處
1．統籌規劃、巨觀指導函授、夜大學、廣播電視大學和現代遠程教育人才培養等方面的工作。
2．研究、擬訂遠程教育的工作方針、政策、法規和指導性教學檔案。
3．統籌管理、指導社會力量舉辦高等教育機構的工作，指導高等教育自學考試的人才培養工作。
4．運用教育研究重大項目立項、教材和課程建設、教學實驗與試點、教學評估等方式，推進遠程高等教育的教學基本建設和教學改革，提高人才培養質量。指導高等學校成人教育管理幹部和遠程教育教師培訓工作。指導遠程教育、繼續教育專家組織的活動。
5．巨觀指導大學後非學歷繼續教育工作。參與研究並指導、管理對海外舉辦的遠程教育和繼續教育工作。
六、高職與高專教育處
1．巨觀規劃、指導高等職業教育、高等專科教育的人才培養工作。巨觀指導高等專科學校、高等職業技術學院和獨立設定的成人高等學校工作。
2．組織研究、擬訂高等職業教育、高等專科教育人才培養工作的基本方針、政策、 法規和指導性教學檔案，推動學校與社會、教學和社會實踐的結合。
3．規劃、指導高等職業教育、高等專科教育的教材、實踐基地、教師與教學管理人員培訓、教學基本建設工作。組織並指導有關高等職業教育、高等專科教育專家組織的工作。參與有關高等職業教育的國內外援助與合作項目工作。
4.運用教學改革與教育研究重大項目立項、開展教學改革實驗與試點、教學評估與檢查等方式推動高等職業教育、高等專科教育的改革。
5.指導各省、自治區、直轄市和其他部委對高等職業教育、高等專科教育的管理工作。
七、文科教育處
1．統籌管理高等文科教育。研究、擬訂文科教育人才培養工作的基本戰略、方針及政策。
2．擬訂文科學科專業人才培養工作的指導性檔案，巨觀指導有關高等學校文科專業的教育教學工作。
3．指導和推動外語專業和公共外語教學改革與建設。
4．指導高等學校加強文化素質教育和文科學科專業的教材建設工作。
5．運用教學評估、基礎學科人才培養基地和大學生文化素質教育基地建設、教學改革重大項目立項等手段，推動文科教育人才培養工作。
6．組織並指導文科各學科教學指導委員會開展工作。指導或組織短期師資培訓工作。
八、財經政法與管理教育處
1．統籌管理經濟學、法學和管理學類專業的教育教學工作。研究、擬訂經濟學、法學和管理學類人才培養工作的發展戰略、方針和政策。促進經濟學、法學、管理學學科專業與社會的密切聯繫。
2．擬訂經濟學、法學和管理學類本科專業人才培養工作的指導性教學檔案。
3．運用教學評估、教學改革立項、基地建設等手段，推動經濟學、法學和管理學科類專業人才培養工作。
4．組織開展經濟學、法學和管理學的教育教學研究。指導或組織短期師資培訓工作。
5．指導有關教學指導委員會及有關專家組織開展工作。
九、理工科教育處
1．統籌管理理工科類高等教育，指導理工科高等學校的人才培養工作。
2．組織研究、擬訂理工科高等教育人才培養工作的基本方針、發展戰略、政策和指導性教學檔案；指導各類理工科教育教學工作，協調理工科教育與社會的聯繫、推動教學與科研生產的結合。
3．推動高等理工科學校教學基本建設和教學改革，監督與檢查教育質量。
4．規劃並指導、組織有關的高等教育教學研究工作。
5．組織並指導理工科類各有關專家組織開展工作。
十、農林醫藥教育處
1．統籌管理農林醫藥高等教育。研究高等農林醫藥教育改革、發展的巨觀社會背景與發展趨勢，擬訂農林醫藥高等教育人才培養的發展方針、戰略、規劃、政策。
2．組織研究、擬訂農林醫藥高等教育人才培養工作的指導性教學檔案和質量標準，指導農林醫藥高校的人才培養工作，推動學校與社會、教學與科研生產的結合。
3．運用教學評估與教學檢查、重大項目立項、開展教學改革實驗、組織教學管理幹部和教師培訓等手段，推動學校教學基本建設和教學改革，保證人才培養質量、提高辦學效益。
4．組織有關高等農林醫藥教育教學的科學研究工作；協調、指導有關高等農林醫藥教育管理部門業務工作；組織、協調有關專家組織，並指導其開展工作。
5．提供高等農林醫藥教學信息服務。
十一、實驗室處
1. 巨觀指導各類高等學校教學類實驗室工作。
2. 擬定高等學校教學類實驗室工作的方針政策和指導性檔案。
3. 負責各類高等學校實驗室信息統計。
4. 指導高等學校實驗室建設、儀器設備配置、實驗教學、實驗隊伍建設和培訓。
5. 組織推動高等學校實驗室信息化建設和儀器設備資源共享。
6. 指導實驗教學指導委員會和有關專家組織的工作。
