政府採購項目結算的基本程式
(1)由中標供應商提出結算申請，經由採購人同意後，連同政府採購項目檢測機構證明、驗收結算書、接受履行報告、質量驗收報告、契約約定的付款條件所要求的全部檔案副本等有關檔案一併報送政府採購管理機構備案。(2)政府採購管理機構對採購人報送的撥款申請書及有關檔案進行審核。審核無誤後應當按照契約約定的金額和政府採購(付款)進度，經由政府採購資金專戶直接向中標供應商付款。
(3)單位申報採購計畫，政府採購管理部門審批後，採購單位(以下簡稱單位)需要辦理下列資金結算手續：①按照批覆的採購金額，單位經辦人員到政府採購中心(以下簡稱採購中心)開具收款收據，經單位採購人員和負責人簽署意見後，由單位財務經辦員辦理付款手續。②單位財務經辦員填制結報單，附採購中心開出的收款收據，到會計結算中心辦理資金結算手續。③會計結算中心審核以後，開出“內部存款結算單”，將資金從單位轉移到採購中心，採購中心與單位各執一聯，據以登記銀行存款輔助賬。④採購貨物經單位驗收後，採購中心開出政府採購付款通知單，會計結算中心據以付款。⑤政府採購中心將採購貨物發票交單位，單位採購人員和負責人簽字後，由單位經辦員填制結報單，報送會計結算中心，沖銷原預付款，同時記入經費支出、固定資產和固定基金賬，採購資金結算業務結束。
加強政府採購結算工作的要求
(1)明確和最佳化採購資金監管體系，實現不相容崗位相互分離，並強化印鑑分設制度。其具體做法為：在政府集中採購機構和採購中心分別制定採購資金監管、審核、預算把關與審查(稽核)等相關崗位職責，在政府採購監督管理部門和政府有關行政主管機關制定嚴密的採購資金撥付和審核制度上力求更完善的機制，並可實施由紀檢、監察、審計、財政等組成的委派監督(監察)採購資金支付跟蹤問效工作機制，以確保政府採購資金支付環節的不相容職務的徹底分離。(2)進一步強化採購資金監管財務審核制和“一把手”負責制，即所有的政府採購項目資金付款必須先經過內部財務主管審核、總會計和中心主任審核無誤後方可辦理付款手續。
(3)建立月末或季末採購資金集中審查核對制度，要求採購監管部門、採購人、採購代理機構在月末或季末將採購已支付款項與採購實際中標、成交簽訂採購契約應付款項進行一一對照，絕不允許多付、超付、扣付供應商採購資金的現象出現。
(4)堅持每月月底對採購預算的執行情況、資金撥付情況和採購年度計畫執行情況進行檢查，並寫出採購資金支出分析，對發現的不規範行為應進行及時通報批評並責令其整改。
(5)精細化採購資金支出監管責任制，按照採購資金支出管理的規定和要求，抓好對採購資金使用和撥付等各個環節許可權與職責的監督管理，做到各個環節之間信息共享、分權制衡，形成採購資金的環式監控與監督體系。
(6)進一步細化採購資金支出的細節化管理層次，加大採購資金支出規範化約束力度，不斷提高具體經辦採購資金付出人員各方面的素質，從而增強對採購資金撥付時的控管能力，強化實際簽訂採購契約與應付採購項目款項的核對工作，力求各方利益和合法權益不受損害並能得到有效保護。
政府採購結算存在的問題及改進措施
政府採購是財政支出改革的重要舉措之一，是供需雙方合法利益的有效保證手段。政府採購機構是合法的組織者，要按照《政府採購法》的要求規範實施採購行為，滿足採購人的合理需求，同時也要保證供應商的合法利益不受侵害。然而，由於資金審核制度和政府採購專款專用管理制度方面仍存在缺陷，導致採購中心對資金管理無能為力，有些採購中心沒有政府採購資金的管理權，涉及預算單位採購項目時，先由各分管的財政主管部門審定該項目的可行性，決定其是否可以納入計畫內款項，審定以後，再由採購監管部門負責採購人申報的採購項目資金情況審核，賬戶上有資金即予以下達採購計畫，而不管其是否被挪用，這些問題的存在使得政府採購面臨尷尬局面。(一)專款專用實施困難的主要原因
政府採購當事人都知道及時付款的重要性，它是政府採購形象樹立的基礎性保障，是法律得以正常實施的重要保證。目前絕大部分採購中心在契約款項的支付方面是成功的，有許多經驗可以吸取，但依然有少數地方在資金支付問題上存在薄弱環節，究其原因主要體現在以下幾個方面：
(1)財政資金緊張，政府採購預算不能執行。有些經濟欠發達地區的財政收入極其有限，部分地區為了搞政績工程，不惜大興土木，留下許多政府債務。新的工程還要上馬，老債尚未償還，惡性循環的態勢越來越嚴重。這些投資項目絕大部分是經過政府採購或者工程招標投標的，於是矛盾集中反映在政府採購層面上，財政部門不能解決此問題，根本沒有資金搞政府採購預算，即使有了預算制度而且嚴格執行編制項目，也無法實現預算資金的及時劃撥，實行政府採購專款專用制度便無從談起。
(2)監管工作缺乏創新力度。針對客觀存在的付款困難的實際情況，監管部門要及時調整工作思路，創新工作機制，發現問題，解決問題，不能有任何畏難情緒與保守思想。然而，少數監管機構的行政不作為確實變相縱容了或者說擾亂了政府採購秩序，付款問題不能及時解決就是一個活生生的例證，不是不能為而是不作為，在這種環境下政府採購誠信制度就面臨著挑戰。
(3)採購機構不能進行採購資金的審核結算，卻承擔了供應商不能及時付款的責任壓力。現在有一種傾向，凡是涉及資金審核的就得由財政部門說了算，但由於採購中心是採購項目的組織者，一旦供應商不能及時取得工程款，往往都歸罪於採購中心，採購中心其實是替監管機構“背黑鍋”。從具體的政府採購業務角度而言，付款審核應該是採購中心份內的事情，各地的積極探索也證明這種機制是有效的。但全國範圍內還有不少採購監管部門繼續把持資金的審核結算關，甚至出現一些極端的行為。採購中心負責契約資金的審核給付，要與政府採購的專款專用制度緊密聯繫在一起，要確保政府採購資金到位，否則將失去依託的基礎。採購中心負責政府採購，履行契約付款的職責，可以有效解決採購資金出口問題。只有充分擔當起應有的政府採購職能，才能分清執行與監管的職責，理順工作關係。
(4)對採購人延期或故意拖延付契約款行為缺乏有效的處罰手段。政府採購監管要體現在相關制度的制定與嚴格執行方面，針對實際問題要及時研究具體、可行的方案，對違法行為進行預防性的全面監控，解決政府採購操作工程中面臨的迫切需要解決的問題。對採購人的權力控制是《政府採購法》凌忽或者說過於概念化而缺乏操作性的薄弱環節。針對不付款的處罰措施只是責令改正。財政部門為了處罰其不能及時付款而停止一切財政撥款，致使其正常的行政職能因為缺乏資金而無法開展，這樣的處罰措施實行起來難度很大。
(二)解決政府採購付款困難的方案
(1)制定針對採購人行為進行控制的規章制度，全面約束採購人的不規範行為，維護政府採購的權威與秩序。根據《政府採購法》的框架性規定，在取得當地政府支持的前提下，以政府發文的形式對採購人的不規範行為進行制度約束，通過政府採購的形式對政府的政績工程進行制度約束，以法代言，特別是對採購人不規範的付款行為要作出明確而具體的規定。合理安排資金調度，保持政府採購的計畫與政府項目實施的統一性，減少無原則的亂攤派安排，同時考慮到不可預見性因素，要留足一定量的後備資金，以便統籌安排一些項目，保證公共支出資金能夠滿足國家政策的需要。
(2)結合國庫支付改革，建立政府採購專款專用制度，探討制度可行性的方式和方法，吸取各地成功的經驗與教訓，並在實際工作中嚴格執行這項規章制度。專款專用制度雖然在執行時有一定的難度，但不要有任何畏難情緒，制度的規範是靠做出來的，而不是想出來的，可以說困難只是暫時的現象，一旦嚴格執行形成定式後，推廣起來就沒有任何困難了。設立政府採購專款專用制度，規定所有採購項目在提出採購申請時，必須把項目預算款交付到指定的賬戶上，憑藉收款憑證，監管部門才能下達政府採購計畫，由採購中心分步驟實施。
(3)調整付款審核制度。政府採購付款作為業務工作的組成部分，本來應該由採購中心負責辦理，這樣一來才能從體制上理順專款專用制度的實施基礎。但目前只有很少的採購中心承擔了這方面的義務，體制問題是政府採購要面對的重要課題，體制不順就會浪費有限的採購資源。從監管部門不得干涉政府採購具體業務的角度來說，應該由採購中心負責契約的審核與支付，未按此體制運行的要及時改正，返歸正途，監管部門負責監督付款過程，設定監管平台，保證權力控制，保證供應商的權利不被剝奪。
