為使酶切濃度大小分布均勻,一般採用兩個限制性內切酶,一個酶為多切點,另一個酶切點數較少,因而 AFLP 分析產生的主要是由兩個酶共同酶切的片段。AFLP 結合了 RFLP 和 RAPD兩種技術的優點,具有解析度高、穩定性好、效率高的優點。但它的技術費用昂貴。
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