背景和依據
近年來，各地積極探索排污許可制，取得初步成效。但總體看，排污許可制定位不明確，企事業單位治污責任不落實，環境保護部門依證監管不到位，使得管理制度效能難以充分發揮。2016年11月，為進一步推動環境治理基礎制度改革，改善環境質量，國務院根據《中華人民共和國環境保護法》和《生態文明體制改革總體方案》等，制定並發布了《控制污染物排放許可制實施方案》，作為中國實施排污許可制的綱領性檔案。
一、法律依據：
《水污染防治法》（2008年2月28日）：
第二十條國家實行排污許可制度。
直接或者間接向水體排放工業廢水和醫療污水以及其他按照規定應當取得排污許可證方可排放的廢水、污水的企業事業單位，應當取得排污許可證；城鎮污水集中處理設施的運營單位，也應當取得排污許可證。排污許可的具體辦法和實施步驟由國務院規定。
禁止企業事業單位無排污許可證或者違反排污許可證的規定向水體排放前款規定的廢水、污水。
《大氣污染防治法》（2015年8月29日）：
第十九條 排放工業廢氣或者本法第七十八條規定名錄中所列有毒有害大氣污染物的企業事業單位、集中供熱設施的燃煤熱源生產運營單位以及其他依法實行排污許可管理的單位，應當取得排污許可證。排污許可的具體辦法和實施步驟由國務院規定。
《環境保護法》（2014年4月24日）：
第四十五條國家依照法律規定實行排污許可管理制度。
實行排污許可管理的企業事業單位和其他生產經營者應當按照排污許可證的要求排放污染物；未取得排污許可證的，不得排放污染物。
二、中央全會檔案摘錄：
《中共中央關於全面深化改革若干重大問題的決定》（2013年11月12日十八屆三中全會通過）：
（54）改革生態環境保護管理體制。…完善污染物排放許可制，實行企事業單位污染物排放總量控制制度。
《中共中央國務院關於加快推進生態文明建設的意見》（2015年4月25日）：
（二十）完善生態環境監管制度。建立嚴格監管所有污染物排放的環境保護管理制度。完善污染物排放許可證制度，禁止無證排污和超標準、超總量排污。
《生態文明體制改革總體方案》（2015年9月11日中央政治局會議審議通過）：
（三十五）完善污染物排放許可制。儘快在全國範圍建立統一公平、覆蓋所有固定污染源的企業排放許可制，依法核發排污許可證，排污者必須持證排污，禁止無證排污或不按許可證規定排污。
《中共中央關於全面深化改革若干重大問題的決定》（2013年11月12日十八屆三中全會通過）：
（54）改革生態環境保護管理體制。…完善污染物排放許可制，實行企事業單位污染物排放總量控制制度。
《中共中央國務院關於加快推進生態文明建設的意見》（2015年4月25日）：
（二十）完善生態環境監管制度。建立嚴格監管所有污染物排放的環境保護管理制度。完善污染物排放許可證制度，禁止無證排污和超標準、超總量排污。
《生態文明體制改革總體方案》（2015年9月11日中央政治局會議審議通過）：
（三十五）完善污染物排放許可制。儘快在全國範圍建立統一公平、覆蓋所有固定污染源的企業排放許可制，依法核發排污許可證，排污者必須持證排污，禁止無證排污或不按許可證規定排污。
《中共中央關於全面深化改革若干重大問題的決定》（2013年11月12日十八屆三中全會通過）：
（54）改革生態環境保護管理體制。…完善污染物排放許可制，實行企事業單位污染物排放總量控制制度。
《中共中央國務院關於加快推進生態文明建設的意見》（2015年4月25日）：
（二十）完善生態環境監管制度。建立嚴格監管所有污染物排放的環境保護管理制度。完善污染物排放許可證制度，禁止無證排污和超標準、超總量排污。
《生態文明體制改革總體方案》（2015年9月11日中央政治局會議審議通過）：
（三十五）完善污染物排放許可制。儘快在全國範圍建立統一公平、覆蓋所有固定污染源的企業排放許可制，依法核發排污許可證，排污者必須持證排污，禁止無證排污或不按許可證規定排污。
三、《“十三五”生態環境保護規劃》摘錄：
第八章 加快制度創新，積極推進治理體系和治理能力現代化
第四節 加強企業監督
建立覆蓋所有固定污染源的企業排放許可制度。全面推進排污許可，以改善環境質量、防範環境風險為目標，將污染物排放種類、濃度、總量、排放去向等納入許可證管理範圍，企業按排污許可證規定生產、排污。完善污染治理責任體系，環境保護部門對照排污許可證要求對企業排污行為實施監管執法。2017年底前，完成重點行業及產能過剩行業企業許可證核發，建成全國排污許可管理信息平台。到2020年，全國基本完成排污許可管理名錄規定行業企業的許可證核發。
實施範圍
排污許可制是覆蓋所有固定污染源的環境管理基礎制度，排污許可證是排污單位生產運營期排放行為的唯一行政許可。
下列排污單位應當實行排污許可管理：
（一）排放工業廢氣或者排放國家依法公布的有毒有害大氣污染物的企業事業單位；
（二）集中供熱設施的燃煤熱源生產運營單位；
（三）直接或間接向水體排放工業廢水和醫療污水的企業事業單位和其他生產經營者；
（四）城鎮污水集中處理設施的運營單位；
（五）設有污水排放口的規模化畜禽養殖場；
（六）依法實行排污許可管理的其他排污單位。
分類管理
2017年8月，環境保護部公布了《固定污染源排污許可分類管理名錄（2017年版）》,分批分步驟推進排污許可證管理。排污單位應當在“名錄”規定的時限內持證排污，禁止無證排污或不按證排污。按照“名錄”，2020年底之前，我國將完成覆蓋名錄中所有固定污染源的許可證發證工作。2017年6月，全國火電、造紙行業排污許可證已經按期完成核發。
環境保護部根據污染物產生量、排放量和環境危害程度的不同，在排污許可分類管理名錄中規定對不同行業或同一行業的不同類型排污單位實行排污許可差異化管理。對污染物產生量和排放量較小、環境危害程度較低的排污單位實行排污許可簡化管理，簡化管的內容包括申請材料、信息公開、自行監測、台賬記錄、執行報告的具體要求。
綜合許可
對排污單位排放水污染物、大氣污染物的各類排污行為實行綜合許可管理。排污單位申請並領取一個排污許可證，同一法人單位或其他組織所有，位於不同地點的排污單位，應當分別申請和領取排污許可證；不同法人單位或其他組織所有的排污單位，應當分別申請和領取排污許可證。
機構設定
2017年4月，環保部成立控制污染物排放許可制實施工作專項小組及辦公室，並在規劃財務司設立專門機構，負責排污許可制度改革的具體工作。各地也成立了相應的改革領導小組及組織機構，共同推進排污許可制度改革。
法律法規
2016年12月，環保部發布《排污許可證管理暫行規定》（環水體【2016】186號），對排污許可證等基礎概念做出界定，並對排污許可證申請、審核、發放、管理等程式做出規範性要求。
2017年7月，為貫徹落實黨中央、國務院決策部署，推進排污許可制度建設，規範排污許可管理程式，指導全國排污許可證申請、核發和實施監管等工作，根據《中華人民共和國環境保護法》《中華人民共和國水污染防治法》《中華人民共和國大氣污染防治法》《中華人民共和國行政許可法》和《國務院辦公廳關於印發控制污染物排放許可制實施方案的通知》（國辦發﹝2016﹞81號）等，環保部發布了《排污許可管理辦法（徵求意見稿）》，公開徵求意見。
同時，環保部已經啟動了排污許可條例的編制工作。
截至2017年9月底，環保部發布了火電、造紙、鋼鐵、水泥、石化、製藥、氮肥、農藥、焦化、印染、電鍍、平板玻璃、製革、製糖、有色金屬冶煉（銅、鉛鋅、鋁）等15個重點行業的排污許可證申請 與核發技術規範，相關行業的自行監測指南等配套技術規範性檔案也在陸續編制和發布。
