藏語稱“薩隆靜房”。初建於清乾隆三十六年（1771）。寺主嘉儀，其第一世即本寺創建者，《安多政教史》作加定本洛·官卻雅佩。
扎隆寺，藏語稱“扎隆尕尕扎西切”，意為“扎隆吉祥旋寺”。也稱“白石吉祥洲”，屬藏傳佛教格魯派(黃教)寺院之一，距互助縣80公里，坐落於美麗的互助北山國家森林公園扎隆溝景區內，寺院坐北朝南，依山而建，占地約300多畝。寺前地勢寬敞，潔白的白石灘上，流淌著清澈的扎龍溝河，該河源頭匯集了108眼藥水泉，自上而下流經寺前，如同一條白色的哈達飄拂在寺前。寺院靠山形同一座天然形成的兩層結構的藏經閣，猶如無數的經卷整齊地擺放在那裡。寺東面的山峰，形如一隻大象臥在那裡，寺西側的山峰形如一頭雄獅，威嚴地守護著寺院。寺前的照山形同一隻碩大的金翅大鵬，雙爪托著一條哈達，伴守在寺院的正前方。寺院坐落在北山國家森林公園的腹地，周圍山形似八瓣蓮花，聳立在碧綠茵茵的草甸上，蘭天呈寶傘狀，寺院就像一顆晶瑩的寶石鑲在中央……
清順治十年(1653年)，一世嘉儀活佛應當地信教民眾的多次請求，在扎龍溝白石灘上修建了該寺，初建囊欠、經堂各一座及部分僧舍等建築。清乾嘉年間(1775—1821年)，二、三世嘉儀活佛繼續擴建大小經堂、活佛府邸及僧舍、佛塔等，形成了完整的寺院建築群。寺院殿堂樓閣聳立，蔚為壯觀。清道光十年(1830年)，道光皇帝敕封嘉儀為呼圖克圖，同年建成觀音菩薩殿。
光緒十三年(1887年)，修建彌勒殿。
歷代嘉儀活佛均天資聰慧，勤奮好學，經法高超，畢生致力於弘法利眾的事業，並注重戒律修持和自身修養，精研佛學經典，繼承發揚佛教文化；刻苦鑽研藏醫藥學，開辦藏醫院為民眾解除疾病，救死扶傷，贏得了人民民眾的好評；重視收集收藏文經卷，高僧、大德的著作等資料。造福民眾，關心百姓疾苦，民國年間，嘉儀活佛利用與馬麒、馬步芳的特殊關係，在減免北山地區的兵役、賦稅、保護北山森林、制止馬步芳部下毀林開荒方面，做了卓有成效的工作。他還在培養少數民族人才，興辦教育方面出力、出錢，花了很多心血。嘉儀活佛在化解草原糾紛、寺院矛盾上做了大量工作，在促進民族團結、地方安定等方面做出較大貢獻，功不可沒。
在歷輩嘉儀活佛的主持下不斷擴建，漸成規模，建成大、小經堂和觀音千佛殿、彌勒殿、嘛呢康等殿堂以及佛塔、活佛府邸、僧舍等，形成了頗具規模的建築群。寺內設有法相、時輪、醫明學院及總領全寺的大經堂。寺僧學習顯宗、密宗、修辭、醫藥等學科知識，在北山地區有一定影響。
扎隆寺建寺以來幾百年間，經歷代活佛、大德、高僧的弘法、祈福、息災、修供等宗教活動，遂形成了本寺傳統的佛事活動和宗教節日。主要法會、佛事活動有：正月祈願大法會、二月祈願吉祥平安法會、三月春季法會、四月吉祥天母禮供法會、五月獻淨水法會、六月舉行坐夏法事、七月觀經大法會、九月觀音齋戒法會、十月紀念宗喀巴大師法會、十一月冬至以後，全體僧眾念白傘蓋佛母經，歷時三個九天、十二月念護法經。此外，每年舉行兩次紀念寺主的法會，全體僧眾參加，為寺主念誦祈願讚詞。
1958年，宗教改革中寺院關閉，喇嘛還俗回家，部分建築被毀。
1966年，寺院的大小經堂、佛殿、佛像、佛經及眾多的文物古籍均遭厄運，蕩然無存。嘉儀活佛囊欠院，因當時被駐守在北山的部隊徵用，其中佛堂是三轉五結構的建築，未遭拆除，幸免於難，使這個建於清乾隆年間的古建築得以保存。但佛堂里的佛像、佛經和佛塔等三皈依皆不復存在。現在的扎龍寺的遺存建於乾隆年間，嘉義大師中囊謙里原有的佛堂，雕樑畫棟，滾檁畫鋟，雕刻精細玲瓏，栩栩如生。建築樣式為二層結構的三轉五房，中間供奉釋迦牟尼佛、左三尊嘉義佛、右三尊壽佛，兩側供奉密宗三怙主、文殊、彌勒佛，左側綠度母、千手觀音，右側五大護法，吉祥天母供奉在右側上層。扎隆寺在傳播藏傳佛教文化、弘揚佛法等方面發揮了重要作用。
1985年7月15日，經上級有關部門批准，扎隆寺重新開放，恢復了宗教活動。1985—1999年，經過全寺僧眾的共同努力，部分建築恢復了原貌。1988年，被縣人民政府確立並公布為縣級文物保護單位。2008年4月10日，被省人民政府確立並公布為省級文物保護單位。
扎隆寺鼎盛時期有僧人300餘人，屬政教合一寺院，下設千戶1人，兼嘉儀昂贊，有活佛2人，即嘉儀和菩薩活佛。歷史上寺院有土地260畝，馬、騾、牛、羊等牲畜達1000多頭(只)，有帳篷、房屋、油坊、水磨、山林等固定資產，寺院經濟實力雄厚。 扎龍寺在近400年的歷史中，誕生了近百位佛學中的大成先哲，大成就師，如歷代清朝皇帝大國師、大學者、大班智達、大喇嘛等高僧大德。在華銳、甘、青乃至整個雪域聖地，誕生和造就了雪域聖地燦若星晨般的大活佛，是大德高僧的搖籃。扎隆寺的建築形式具有深厚的藏式風格，現成為北山國家森林公園重要旅遊景點之一。
