惠州市農業科學研究所始建於1952年，是市農業局下屬公益型科研事業單位，被列為“國家農作物品種區域試驗站”、 “廣東省（惠州）區域性農業試驗中心”、 “廣東省（惠州）農作物品種區域試驗站”、 “廣東省非營利性科研機構”、 “廣東省省級農作物良種良法示範基地”。
本所現有土地面積560多畝，其中120畝為規範化標準試驗基地，建立了化驗室、生物技術實驗室及自動控制玻璃溫室等科研場所；配備有農作物病蟲害遠程監控系統、自動蟲情觀測燈、智慧型人工氣候培養箱、數碼顯微鏡、全自動立式電熱壓力蒸汽滅菌器、電熱恆溫培養箱、單人單面垂直淨化工作檯等多套儀器設備，擁有科技圖書和科技論文、試驗總結25萬冊（份），具備了較完善的農業科學研究、病蟲害預測預報及示範推廣條件。
本所現有在職人員56人，其中研究員1名，高級農藝師7名。科研人員中本科以上學歷17人，其中碩士研究生5人。
內設辦公室、水稻研究室、園藝研究室、育種研究室、生物技術研究室、特色作物研究室、示範推廣股、科技股等8個部門。
主要工作職責是開展農作物新品種選育等基礎性研究，承擔完成國家、省、市農業科技攻關和區域試驗項目，從事水稻、蔬菜、甜玉米、花生、花卉及果樹等農作物高效栽培技術及生物技術研究，開展農作物新品種新技術的引進、表證、示範和推廣，開展農業科技開發及成果轉化等工作。
近年來，本所科技成果推陳出新，取得突破。先後培育出水稻、甜玉米、蔬菜等農作物新品種30個，其中通過省農作物品種審定的有水稻、甜玉米、蔬菜等10個，水稻野秈占8號自2005年到2008年連續4年被省農業廳列為廣東省農業主導品種之一，是我市唯一列入的自主選育品種。自主創新和引進試驗示範推廣成果先後獲得省、市科學技術獎及農業技術推廣獎42項。本所自主創新科研成果和引進示範新品種新技術在全市累積套用面積1084.9萬畝，新增社會經濟效益13.7億元。
