元朝至元六年(1264年),南鳳州改名徽州。至元七年(1270年),省河池、永寧二縣八州,徽州當時,只領兩當二縣,仍隸屬鞏昌路。武宗至大四年(1311年)正月,朝廷罷行尚書省,以行省分治天下,徽州當時隸屬陝西行省鞏昌路。
明朝承襲元制,今徽縣地仍置州,領兩當縣,隸屬陝西承宣布政使司鞏昌府。
清朝仍承襲明制,今徽縣地仍置州,領兩當縣,隸屬陝西布政使司鞏昌府。康熙三年(公元1664年),陝西布政使司鞏昌府。康熙六年(1667年),朝廷改陝西右布政使司為鞏昌布政使司,康熙七年(公元1688年)雙改名甘肅布政使司(徒治蘭州),徽州隸元。雍正七年(1729年),徽州降州為縣,與兩當同隸甘肅布政使司鞏昌府秦州。