成立背景
1861年9月，清朝與普魯士王國簽訂《中德通商條約》，允許普魯士軍艦進入中國水域。隨著遠東經濟發展和政治重要性提高，1881年一支機動艦隊成立並派駐到該地區。然而由於非洲殖民地存在巨大的價值，非洲巡洋艦艦隊於1885年建立，很快東亞地區的軍艦被減至僅剩兩艘小炮艇。1893年，非洲巡洋艦艦隊回到基爾並解散。
艦隊在中國
隨著1894年第一次中日戰爭爆發，德國重新對中國產生興趣。在德皇威廉二世的支持下，德國海軍部成立遠東巡洋艦艦隊，由海軍少將保羅·霍夫曼指揮，包括一艘現代的伊雷妮號防護巡洋艦和三艘老舊的小艦艇。在霍夫曼的請求下，海軍部用皇帝號裝甲護衛艦、威廉王子號輕巡洋艦和科爾莫朗號巡洋艦替換了三艘老舊艦艇。由於沒有基地，霍夫曼只得在香港依靠英國人、在上海依靠中國人、在長崎依靠日本人為艦隊進行技術和後勤保障。威廉二世、總理、外長和海軍部長都認為有必要在遠東建立基地。德國駐中國大使說：“……我們的艦隊不能永遠在這裡像無家可歸的孤兒一樣航行”。
1896年6月，海軍少將阿爾弗雷德·馮·鐵畢子接任霍夫曼，受命在中國尋找建立基地的地點。雖然鐵畢子對膠州灣很感興趣，但德國政府卻終情於其他地點。隨著被威廉二世召回柏林，鐵畢子不再過問東亞事務。
海軍少將奧托·馮·狄特立克斯接任鐵畢子。雖然基地地址仍然沒有確定，但狄特立克斯聲稱：“膠州灣是我努力的唯一目標”。
青島基地
雖然德國購買膠州灣基地的要求被拒絕，但1897年兩名德國傳教士被殺的事件為1897年11月14日狄特立克斯率領軍隊登入提供了藉口。最初海軍對膠州灣的占領非常薄弱，但隨著奧古斯塔皇后號防護巡洋艦的到來得以加強。1898年1月，海軍軍建設立，成為青島的防衛部隊。
1898年3月6日，德國與清政府簽訂《膠澳租界條約》，租借膠州灣99年。德意志帝國海軍東亞基地及相關保障和附屬設施（包括青島啤酒廠）隨後建立。
1899年，狄特立克斯被召回柏林擔任海軍參謀長，其繼任者為海軍少將普魯士亨利親王。
義和團運動
1900年2月至1902年，費利克斯·馮·裴德滿擔任東亞艦隊司令。當義和團運動興起時，裴德滿發現艦隊並沒有做好準備，只得向俄羅斯人和英國人借取地圖，以便在黃海進行行動。然而，他強烈推動占領大沽口炮台的計畫，艦隊在其指揮下在大沽口戰役中發揮了重要作用。1900年6月8日，裴德滿率領漢薩號防護巡洋艦、赫塔號防護巡洋艦、耶菲翁號巡洋艦和伊雷妮號防護巡洋艦（與其他國家軍艦一起）來到大沽口炮台，並派遣部隊登入天津保護德國人。
一戰榮光
艦隊編制
1914年，海軍中將馬克西米利安·馮·施佩指揮下的東亞艦隊有六艘主要戰艦：
•沙恩霍斯特級裝甲巡洋艦
•沙恩霍斯特號裝甲巡洋艦
•格奈澤瑙號裝甲巡洋艦
•德勒斯登級輕巡洋艦
•德勒斯登號輕巡洋艦
•埃姆登號輕巡洋艦
•不萊梅級輕巡洋艦
•萊比錫號輕巡洋艦
•柯尼斯堡級輕巡洋艦
•紐倫堡號輕巡洋艦
1914年8月第一次世界大戰爆發，馮·施佩發現本地區的協約國海軍數量和火力都遠超過自己，對大日本帝國海軍和皇家澳大利亞海軍尤為警惕。
在取得最初的勝利後，馮·施佩同意卡爾·馮·米勒率領埃姆登號輕巡洋艦單獨前往印度洋襲擊商船。艦隊其餘艦艇則駛往太平洋東部和南美洲沿岸，那裡有眾多中立國和德國支持者（尤其是智利），可以獲得支持和援助。
埃姆登號襲擊
埃姆登號在印度洋共截獲29艘船隻並擊沉中其中的英國及其協約國的船隻。在檳城戰役中，埃姆登號擊沉了俄羅斯珍珠號防護巡洋艦和一艘法國驅逐艦。在金奈，埃姆登號摧毀了一處儲油設施。1914年11月9日，埃姆登號在科科斯戰役中與悉尼號輕巡洋艦進行了一場長時間的爭鬥，最終擱淺在科科斯群島上。
轉戰太平洋
一戰爆發時，幾乎所有的東亞艦隊軍艦都散布在各群島殖民地執行常規任務，其中沙恩霍斯特號裝甲巡洋艦和格奈澤瑙號裝甲巡洋艦正停泊在加羅林群島的波納佩島。隨後，艦隊在北馬里亞納群島的帕甘島進行集結，計畫開始返回德國的長途航行。由於穿越英國控制區域的德國海底電纜被切斷，因此紐倫堡號輕巡洋艦被派往美國領地夏威夷的檀香山去收集情報。馮·施佩率領艦隊前往德屬薩摩亞，然後繼續向東在法屬玻里尼西亞炮擊帕皮提。東亞艦隊在復活節島進行了燃料補給。未能及時直到帕甘島的禿鷹號巡洋艦正試圖與艦隊匯會，但由於需要修理且燃料短缺，只得前往檀香山，1914年10月17日在當地被扣留。由於意識到協約國在太平洋的力量越來越強大，馮·施佩決定向南繞過合恩角前往大西洋。1914年11月1日，艦隊主力與英國西印度群島艦隊遭遇，科羅內爾戰役爆發，英國好望角號裝甲巡洋艦和蒙茅斯號裝甲巡洋艦被擊沉。1914年12月8日，艦隊在返回德國的途中再次遭遇英國大批戰列巡洋艦和巡洋艦，大部分艦艇被擊毀。德勒斯登號和少數輔助船逃回太平洋，隨後輔助船在智利港口被扣留，德勒斯登號在馬薩鐵拉戰役中沉沒。
1914年11月青島戰役爆發前，東亞艦隊四艘小炮艇和一艘魚雷艇被船員鑿沉，以免落入日軍手中。
