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基爾大學創辦於1665年，歷史悠久，學科門類齊全，是德國富有傳統的大學之一。一批享有聲望的科學家曾在此任教，如馬克斯·普蘭克（MaxPlanck），海因里希·赫茨（HeinrichHertz），以及於1950年獲諾貝爾獎的化學家奧托·迪爾斯（OttoDiels），他是在基爾任教過的總共6名諾貝爾獎獲得者中的最後一名。
第二次世界大戰期間，基爾大學除校屬醫院之外，幾乎所有的大學建築物都毀於空襲。1945年後，基爾大學在基爾市西北郊一塊約80公頃的土地上進行了重建和擴建。只有校屬醫院還留在市中心附近的原大學舊址上。現在除了少數幾個部門外，大學的所有院、系、診所均被安排在嶄新的配有現代化設施的大樓里。
基爾大學包括9個學院：
神學院（Theologie）
法學院（Rechtswissenschaften）
經濟—社會科學學院（Wirtschafts－undSozialwissenschaften）
醫學院（Medizin）
人文學院（Philosophie）
數學—自然科學學院（MathematikNaturwissenschaft）
農業學院（Agrarwissenschaften）
技術學院（Technik）
教育學院 （Erziehungswissenschaften）
基爾大學可容納16500名學生，但目前在大學9個學院註冊就讀的學生已達23000名，其中包括來自世界85個國家的1300名外國學生。大學的165個院系、醫院及其它機構分別分布在250多幢大樓內。此外大學還擁有3個實驗農場，占可耕農田約500公頃。
基爾大學擁有800多名教職員工，是基爾最大的就業場所，為基爾市和周邊地區帶來了不可估量的經濟效益。基爾大學擁有400名教授和教學人員，有1700多名科學工作者和醫生從事教學、科研和醫療保健工作，有近6000名員工從事技術員、技工或管理工作。
基爾大學的9個學院共開設了80個專業。基爾大學海洋研究已經歷了100多年的歷史。基爾大學的經濟學研究享有世界聲譽，特別是在金融領域的研究。在醫學研究領域，基爾大學醫院對骨盆腔檢查的器械和外科手術的發展，以及對世界範圍內的最少感染外科手術的發展具有決定性的影響。
