分類與命名
微囊藻的學名 Microcystis來自拉丁文的 mikros（小）與 kystis（囊狀物）。微囊藻屬（Microcystis）是藍藻門（Cyanophyta）、色球藻綱（Chroococcophyceae）、色球藻目（Chroococcales）、色球藻科（Chrococcaceae）的一屬。又名多胞藻屬。該屬有25種，中國有18種，其中有不少種是世界性分布的種類。
特徵
如命名所顯示，微囊藻的特徵是小型的細胞且沒有鞘的包覆。細胞常聚集成大至肉眼可見的群落，本為圓形，但隨細胞數增多會逐漸出現孔洞並變不規則。其原生質體的顏色為淺藍綠色，但充滿氣體的囊泡常會呈暗色，這是在光學顯微鏡下用來鑑別微囊藻的特徵之一。
微囊藻細胞呈球形，由多數細胞包在膠質物中形成不規則群體。群體膠被均勻無色。膠被中的共生微生物對群體的形成起到了關鍵作用 。
圖1 滇池發生的嚴重的微囊藻水華危害
該屬很多種形成藍藻水華，其中一些種（如銅銹微囊藻）產一種多肽毒素——微囊藻藻毒（microcystin）。微囊藻毒素也具有很大危害性 。其中一種常見的微囊藻毒素MC-LR對小鼠的半致死劑量（LD）約為50~100 µg/kg；長期飲用則通過干擾脂肪代謝引起非酒精性脂肪肝，進一步可能引發肝癌 。動物實驗結果顯示，MC 對膽囊的影響很大，主要是使膽囊變硬、萎縮、顏色變成暗紅和深綠色 （圖2）。流行病學研究發現飲水中微量微囊藻毒素與人群中原發性肝癌的發病率有很大相關性，慢性MC染毒引起了巢湖漁民實質性的肝損傷 。1996年在巴西造成100多名急性肝功能障礙，7個月內至少50人死於藻毒素產生的急性效應，引起舉世矚目的關注。淡水水體中的藍藻毒素已成為全球性的環境問題，世界各地經常發生藍藻毒素中毒事件。
圖2 鰱膽囊：一直餵藍藻（A），先餵藍藻中途換投飼料（B）