2001年2月，在復旦大學與上海醫科大學合併的框架下，原復旦大學社會科學基礎部和原上海醫科大學人文社科部融合，組成新的復旦大學社會科學基礎部（簡稱社科部）。 2014年6月16日，學校決定，復旦大學社會科學基礎部更名為復旦大學馬克思主義學院。
社會科學基礎部是負責全校思想政治理論課的教學行政單位。教職工47人，其中教授10人；副教授18人；高級講師2人；講師13人。根據學科建設的需要，組建了馬克思主義原理教研室、馬克思主義中國化教研室、道德與法律教研室、中國近現代史與黨史教研室等四個教研室。
在學校黨委的領導下，社會科學基礎部配合以復旦學院為組織載體的本科教學改革，從管理體制和教學體制入手，積極推進思想政治理論課改革，力求使思想政治理論課教學更具時代性和實效性。針對學生的不同需求，圍繞思想政治理論核心課程，開設一系列具有拓展性的配套選修課程，提供了近20種選修課的“選單式選課服務”，包括“生命倫理學”、“生命教育”、“套用倫理學”、“中共黨史人物述評”、“中國共產黨與中國現代化”、“中國農村公共政策研究”、“當代世界政治經濟與國際關係”、“科學哲學導論”、“國外馬克思主義思潮”、“當代西方政治哲學”、“科學與宗教”、“中國社會文化概論”、“人生哲學”、“社會主義改革與資本市場”、“社會主義市場經濟學基礎”、“心理健康導論”、“現代職場引論”等。儘可能適應和滿足完全學分制背景下的學生對於理論素養和社會素養的個性化需求。此外，社會科學基礎部還承擔了上海市高校思想政治理論課青年教師的培訓任務。
社會科學基礎部在從事思想政治理論課教學的同時，根據學科的具體情況，設立了專業研究項目和教學研究項目，支持教師從事專業研究和教學研究，以科研促教學，為加強和改進思想政治理論教育教學提供堅實的學科基礎。近年來，多門課程被評定為復旦大學名牌課程、重點課程、精品課程，出版多部學術專著和教材，發表論文數百篇，承擔國家、教育部、上海市、市教委的多項科研課題，更有多項學術成果獲獎。
2005年1月，經國務院學位辦批准，在政治學一級學科博士學位授權點下設立中共黨史（含黨建）專業博士點。2006年2月，社會科學基礎部成為國內第一批獲得馬克思主義理論一級學科博士學位授權點的單位。該一級學科下設馬克思主義基本原理、馬克思主義發展史、馬克思主義中國化、國外馬克思主義、思想政治教育5個二級學科。
2006年7月1日，復旦大學馬克思主義研究院正式成立，日常協調工作放在原社會科學基礎部。馬克思主義研究院發揮研究平台的作用，整合校內外資源，開展馬克思主義理論體系研究。通過研究院的組織平台，社科部進一步加強馬克思主義理論一級學科的建設，以此推動學校思想政治理論課教學。
2007年，我校馬克思主義基本原理專業被評為國家重點(培育)學科，曾承擔教育部重大攻關課題《改革開放以來馬克思主義在中國的發展》。教育部全國高校輔導員培訓與研修基地辦公室掛靠馬克思主義學院，承擔全國高校輔導員專業博士學位的培養任務和思想政治理論課教師攻讀博士學位的任務。
