中山醫院
復旦大學附屬中山醫院經過70多年的發展，醫院本部目前占地面積73188M2，建築面積133687M2。核定床位1700張，年門急診量近201萬人次，住院病人5.2萬人次。中山醫院在松江天馬山境內和延安西路1474號設有分部，青浦區中心醫院因委託中山醫院管理而成為中山醫院青浦分院。院本部現有員工2679人，正副教授或者正副主任醫師330人，中國工程院院士2人，醫師859人，護士近1028人，醫技人員437人。
醫院本部設有除小兒科以外的所有科室、綜合實力雄厚。心臟、肝癌、腎臟和肺部疾病診治是醫院的重點和特色，診治水平始終處於國內領先地位。其中心血管病和肝腫瘤為上海市臨床醫學中心。上海市心血管病研究所、復旦大學肝癌研究所、上海市影像醫學研究所、上海市中西醫結合康復研究所、復旦大學呼吸病研究所、復旦大學血管外科研究所、復旦大學普通外科研究所、復旦大學核醫學研究所設在院內，成為醫院重要的研究機構。上海市院內感染質控中心和超聲質控中心也掛靠醫院。此外，腹部外科、骨科、介入放射、麻醉科、超聲診斷和中西醫結合等科室以及十餘個臨床醫療診治中心皆頗具特色，並且具有強大的醫療和科研實力。每年承擔國家、衛生部和上海市重大科研項目近百項。近年獲國家級、教育部、衛生部和上海市科技成果獎百項。院內設有博士點15個，碩士點21個。每年舉辦國家級繼續醫學教育學習班近30期，招收進修醫生300餘名，為國家培養了許多高級醫學人才。
醫院擁有先進的醫療設備，包括64排128層超速螺鏇CT、全數字平板式心血管造影機（DSA）4台、直線加速器、1.5T磁共振斷層掃瞄器、同位素單光子發射計算機斷層掃瞄器（ECT）、數位化X線成像系統（DR）、高能超聲聚焦治療機、震波碎石機、彩色都卜勒超聲診斷儀、電子胃鏡和介入放射造影儀（DCI）、重症監護系統和遠程醫療、遠程醫療教學系統等等。
醫院與香港保健協會合作建立的上海逸仙醫院為境內外人士服務，深受歡迎。
醫院始終秉承“一切為了病人”的中山精神，倡導“嚴謹、求實、團結、奉獻”的院訓，以嚴謹的醫療作風、精湛的醫療技術和嚴格的科學管理，努力為國內外病人提供更多更好的醫療服務。
華山醫院
復旦大學附屬華山醫院 醫院醫療技術力量雄厚，全院2000餘名職工之中，醫療專業技術人員占80％，其中副高職以上專家300多人，中國科學院和中國工程院院士各1名。在全國學術性機構任主任委員或副主任委員13人，在上海學術性機構任主任委員或副主任委員28人。許多專家教授在國內外享有較高知名度。
醫院為提高臨床診治水平，除購置一般的診療設備外，還引進不少屬國際先進的醫療儀器設備，如PET、伽瑪刀、磁共振（MRI）、CT、SPECT、DSA、電子束成像系統（EBIS）、彩色都卜勒超聲系統、氬氣刀、超聲刀、X－刀、震波碎石機、直線加速器等一大批高精尖儀器，使醫院醫療設備達國內領先，接近國際先進水平。
全院共設34個臨床醫技科室，是一個特色學科很多的醫院，尤以神經內外科、皮膚科、手外科、中西醫結合、傳染病科、脊柱和關節外科、腎臟病科、泌尿外科、腎移植、胰腺外科、乳房外科、內分泌科、職業病和風濕科、頜面外科、影像醫學和核醫學、運動醫學、康復醫學為特長，其中神經外科、手外科、中西醫結合科、泌尿外科、神經內科、傳染病學和抗生素、腎病科、心血管科、影像醫學和核醫學、普外科為國家級重點學科，臨床神經醫學、手外科為上海市領先學科，神經外科、手外科被命名為上海市臨床醫學中心。
醫院有核定床位1326張，年門急診就診病人150餘萬人次，住院病人2萬餘人次，其中有50％左右是由全國各地轉來的各種疑難雜症，尤其是神經內外科、手外科及皮膚科比例更高。腎透析中心、重症監護中心（ICU）都具有相當規模和水平。重危病人搶救成功率達90％以上。從1996年起還建立了“衛星遠程會診中心”，可為全國各地病人通過衛星進行遠程會診。
為方便廣大病員和適應不同層次醫療需求，醫院實行年中無休制度並開展了特需醫療服務，設有專家門診、疑難雜症診療中心及特需服務部。1989年醫院在滬首先開設涉外病房，收治了來自世界60多個國家的近萬名病人，深受海外病員的信任,1994年獲駐滬八個領事館贈送的榮譽金牌。醫院還相繼成立了中外合作的眼病中心、伽瑪醫院和高等病房。
在完成大量的醫療任務同時，醫院還承擔著繁重的科研與教學工作。近5年來醫院獲省部級以上成果45項，獲衛生部臨床重點項目4項，復旦大學“985”工程學科4項，有10個學科被國家教育部評為重點學科。醫院設有19個博士點，32個碩士點，每年承擔培養碩士生220餘名，博士生210餘名及博士後流動的教學任務，並且是復旦大學本科生的主要教學與實習基地。
華東醫院
復旦大學附屬華東醫院醫院老年醫學全國領先，醫、教、研、防全面發展的目標奮發工作。醫院占地面積達4萬平方米，擁有東、南、西、北四幢醫療主樓以及十多幢配套用房。醫院核定床位800張，學科齊全，現有41個臨床醫技科室，員工1700餘人，其中正、副教授（正、副主任醫師）180餘人；
醫療設備先進，擁有最新CT、ECT、MR、直線加速器、膠囊胃鏡等一大批高、精、尖診斷和治療設備。院內設有上海市老年醫學研究所、上海市康復醫學會、上海市臨床營養質控中心、WHO-社區老年保健合作中心和七個臨床醫學診療中心——膽胰疾病診治中心，疝與腹壁外科疾病診治中心，泌尿外科疾病診治中心，消化內鏡中心，聚焦超聲刀中心，骨質疏鬆防治研究中心、張國楨疑難CT讀片中心。
醫院醫風嚴謹，醫德淳厚，長期承擔著黨和政府官員、著名科技文藝界人士、企業家、各國駐滬外交官以及市民的醫療保健任務。半個多世紀以來，醫院注重疾病的基礎與臨床研究，取得了一系列令國內外矚目的重大科研成果；對心腦血管病、呼吸系統疾病、消化系統疾病、泌尿系統疾病、骨質疏鬆症、多臟器功能衰竭及腫瘤等疾病的診斷、治療和搶救積累了豐富的經驗；在膽胰外科、疝與腹壁外科、消化內鏡、齒科、營養等領域也取得了傑出的成就。
金山醫院
復旦大學附屬金山醫院 醫院占地面積100畝，建築面積5.1萬平方米，核定床位數605張。現有職工907人，醫技人員占95%。其中正、副教授70人，中、高級以上人數為265人，碩士以上學歷63人，碩士生導師19人，博士生導師1人。
醫院設有36個專業學科，19個病區、30個臨床科室、12個醫技科室，設有特需醫療部。另有職業病防治所、金山區眼病防治所。醫院有原上海醫科大學重點建設學科2個（職業病科及燒傷整形科）；金山區醫學領先專業重點學科3個（神經外科、心血管內科、耳鼻喉科）、金山區醫學領先專業特色學科3個（泌尿外科、放療科、職業病科（化學傷害救治））；醫院擁有直線加速器、核磁共振和數字減影血管造影機（DSA）西門子全身螺鏇CT、震波碎石機、彩色都卜勒超聲診斷儀、電子胃鏡、液相色譜儀、腹腔鏡、醫用高壓氧艙等百餘台先進的大型醫療設備。
兒科醫院
復旦大學附屬兒科醫院 醫院核定床位450張，開放床位600張，每年門急診服務量120萬左右，住院數逾1.8萬人次，住院手術6000餘人次，門診手術逾10000人次。現有職工1000餘人，博士生導師17名，碩士生導師28名，高級職稱專家101人。
醫院專業設定齊全，共有39個臨床醫技科室，新生兒、外科、心血管、傳染病等專業先後被列為衛生部臨床學科重點專業，新生兒科是上海市醫學重點學科，小兒外科是上海市小兒外科疑難重症臨床醫學中心，呼吸急救專業是上海市醫學領先專業。
多年來，醫院先後承擔了國家“七五”、“八五”、“九五”、“十五”攻關研究課題和“863”項目，以及國家自然科學基金，衛生部、上海市、學校及CMB等各級科研項目。
醫院高度重視對外學術交流，努力構建兒科醫學國際交流的橋樑。立足內涵質量建設，拓展交流合作機會，先後與18個國際上知名的醫學機構和國內十多個醫療單位建立了友好協作關係。
醫院始終堅持人性化管理，創建和諧的醫療環境，圍繞醫院中心工作，把培訓與教育、管理與監督融為一體，促進精神文明建設與醫院工作協調發展。
為了關注社會特殊群體，關愛弱勢兒童，醫院建立多渠道社會合作夥伴關係，吸納社會各級人士參與慈善事業，以社會慈善活動為載體，開展形式多樣的社會公益活動。
五十六年來，兒科人以“團結、奮進、嚴謹、創新”的院訓時刻勉勵自己，以“勤奮創業、無私奉獻”的精神不斷努力著，始終貫穿“以人為本”的服務理念，構建和諧穩定的醫院文化，凝聚人心，營造規範有序的良好氛圍，在全國享有較高的聲譽。
醫院在黨和政府的關心和大力支持下，經過近3年的建設，一所坐落於閔行區萬源路，占地160畝、建築面積8萬多平方米、開放床位600多張嶄新的現代化醫院已經全面對外開放，這是兒科幾代人的夢想，是兒科醫院新的希望。在新醫院正式運轉的同時，兒科醫院楓林路原址繼續保留一定規模的普通內科門急診和內科專家門診，以方便周遍病人就近就診的需要。
腫瘤醫院
復旦大學附屬腫瘤醫院醫院現有職工1222人，其中專業技術人員861人，正、副教授128位，博士生導師22名，碩士生導師47名。醫院開放床位881張，2007年門診量42萬人次、住院人數16600人次。
醫院擁有眾多先進的診斷與治療設備，如：高、低能直線加速器、鈷60治療機、後裝治療機、大孔徑CT模擬定位機、三維立體治療計畫系統、PET/CT、SPECT、螺鏇CT、磁共振、全數字鉬銠雙靶乳腺攝片機、立體定位穿刺儀、ECT、各類電子內窺鏡、各類彩色超聲儀、自動生化分析儀等。
醫院以臨床基礎及臨床研究為主，尤其重視腫瘤的早期發現、早期診斷、早期治療，並以綜合治療為特色，對各部位及各病期的腫瘤均按國際規範，充分利用手術、放療、化療、中醫中藥、介入治療、核醫學治療及生物治療等手段，制訂綜合治療方案，特彆強調腫瘤初次治療的重要性。醫院在提高療效，改善患者生活質量，控制惡性腫瘤的復發與轉移方面均取得了良好成效，使各種腫瘤遠期療效處於國內領先地位，部分達到國際先進水平。
婦產科醫院
復旦大學附屬婦產科醫院 醫院集醫、教、研於一體，堅持科學管理，從嚴治院，醫療水平不斷提高，形成了一批優勢學科，設有婦科、產科、計畫生育、中西醫結合、新生兒科、乳腺外科、宮頸疾病診療科等十個病房，設有：圍產門診、新生兒門診、產後門診、內分泌遺傳、生殖免疫、婦科腫瘤、生殖內分泌及不孕、盆底功能、月經失調中西醫門診、圍絕經期門診、宮頸門診、性病門診、針灸門診、疑難雜症會診門診、乳腺疾病門診、婦科體檢部等普通和專科特色門診;一個研究所；有二個市級醫療中心:上海市中西醫結合月經病診療中心、上海市女性生殖內分泌疾病診療中心；1998年醫院與美國遺傳與實驗生物研究所合作建立中美合作上海集愛遺傳與不育診療中心。
教書育人，成績卓著。伴隨著一百二十餘年的歷史，復旦大學附屬婦產科醫院的發展也與時俱進。自上世紀五十年代起，醫院先後擁有許多全國婦產科學界著名專家，如，王淑貞(國家級一級教授)、王菊華、袁耀萼、鄭懷美、李涌弦、高秀惠、張惜陰、李超荊、朱關珍、俞瑾、張振均、陳如鈞、莊依亮、黃敏麗、曹斌融、潘明明等教授。1980年至2000年的二十年間，醫院著重發展臨床診治技能，尤其是疑難雜症的診斷與治療得到華東地區，乃至全國婦產科界和社會的認可。先後培養了許多優秀研究生，目前正在國內眾多三級甲等專科醫院擔任業務或行政骨幹。2000年兩校合併後，復旦大學將婦產科學系列入“985”工程重點建設學科，在人力與財力上，大力支持學科建設。婦產科學系全體同仁抓住這一契機，經過三年的奮發、圖強，學科建設得到了快速發展。2004年至2007年，共獲得“863”、“973(子課題)”、“十五”攻關計畫、“十一五”支撐計畫、衛生部臨床重點項目、上海市重大項目、美國NIH合作項目及美國CMB項目等重要項目。發表學術論文近500篇，其中SCI收錄論文37篇，影響因子(IF)值達99.2分，在國內婦產科界名列前茅。主編了衛生部規劃教材《婦產科學》8年制及7年制第一版教材，及大型專業參考書《實用婦產科學》。醫院每年要完成400餘名醫學生婦產科學講學、示教、實習，接受來自全國各地進修醫生的培養任務，每年舉辦多期全國性短期學術進修班，普及推廣婦產科學新知識、新技術。近日，在教育部公布的國家重點學科名單中，我院領銜的復旦大學婦產科學被批准為國家重點學科，實現了國家級重點學科“零”的突破，直接反映我們學科在全國的學術地位、科研水平及培養學生的質量，標誌著醫院向國內一流水平婦產科醫院的目標又邁進了實質性的一步，也為醫院下一步的發展和參與全國的競爭打下了堅實的基礎。學科的主要研究方向（1）婦科腫瘤（2）產前診斷與妊娠高血壓疾病（3）生殖免疫（4）產科肝病。
醫院是全國高等醫學院校統一教材五年制、七年制、八年制《婦產科學》的主編單位，許多高年資教授在全國性、地方性雜誌任顧問、主編、編委、委員等。
醫學科研，碩果纍纍。醫院有一支由專職科研人員和廣大臨床醫生組成的科研隊伍。研究所研究設備精良、齊全。近年來全院共獲得各級科研成果獎20多項.1995年醫院成功地誕生了華東地區第一例試管嬰兒，該項成果獲1995年上海市臨床醫學二等獎；中美合作上海集愛遺傳與不育診療中心，在單精子穿刺、冷凍胚胎、睪丸穿刺取精術技術上突破難關,使助孕成功率達42%以上。
醫院注重與國外開展科技合作與人才學術交流，不僅請國外專家學者前來講學、授技、合作科研，還專門設立王淑貞基金會，選送優秀人才出國考察、訪問講學、參加學術會議。學者們學成歸來，極大地促進了各學科專業和臨床技術的進步和發展。先後由德、英、美、保加利亞等國派學者來院學習婦科中西醫結合理論與技術。
醫院歷史悠久，學術基礎雄厚。老院長王淑貞教授是中國婦產科學奠基人之一，素有南王（淑貞）北林（巧稚）之稱，其學術成就享譽海內外。在她的培養下，醫院人才輩出，成為鼎足婦產科界的著名專家。由於他們具有良好的醫德、高超的醫療水平，懸壺濟世，救死扶傷，醫院聲譽日益提高，深受老百姓愛戴和信賴，被親切地稱為“紅房子醫院”，流傳至今。
隨著我國經濟形勢的不斷發展和醫療衛生改革的不斷深化，為醫院發展提供了良好契機，全院職工正在為建設現代化的婦產科醫院而奮鬥。今日的婦產科醫院，猶如百年老樹吐新芽，煥發出無限生機。
眼耳鼻喉醫院
復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院 隨著醫院的不斷發展，2002年和2003年醫院開設了以汾陽路總院為核心的寶慶路分部和浦東分院，並建立了眼視光學學科、聽覺言語康復部、多導睡眠監測檢查室和高壓氧倉治療室等。為滿足不同層次的病人需要，設定了普通門診、專家門診、特約門診和特需門診全方位多元化的機制，並實行365天門診，開通了網上預約和電話預約服務。醫院年門急診量過百萬，年住院病人約2萬餘人次，年手術量超過3.1萬。2006年門急診量達到了142萬餘人次。醫院全體職工遵循“精誠、團結、求實、創新”的院訓，以滿腔的工作熱情、嚴謹的工作作風、精湛的醫療技術，為廣大病員提供優質、便捷、溫馨的服務。
復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院將努力創建國內領先、亞洲一流的專科醫院，成為中國乃至亞洲的眼耳鼻喉科的學術中心和人才培養基地。
公共衛生臨床中心
復旦大學附屬公共衛生臨床中心 中心地處上海市金山區，緊鄰A4、A5高速公路亭衛公路出口處，占地33.3公頃，總建築面積9.0228萬平方米；是上海市人民政府投資建成的集臨床醫療、教學、科研及應對突發公共衛生事件於一體的重大工程，為2004年市府一號工程，是上海市加強公共衛生體系建設三年行動計畫的重要組成部分。中心於2004年11月16日落成啟用，具有90年歷史的原上海市傳染病醫院除市區門診部外整體搬遷至中心。
中心現有職工700餘名，匯集了復旦大學附屬中山醫院、華山醫院、復旦大學上海醫學院及原上海市傳染病醫院等各方面專家、教授。中心設定床位500張，主要收治病毒性肝炎、妊娠肝炎、重症肝炎、肝硬化、傷寒、乙型腦炎、流行性出血熱、流行性腦脊髓膜炎、化膿性及結核性腦膜炎、腸道傳染病、愛滋病、破傷風、狂犬病、性病、肺結核、傳染性非典型性肺炎等各種法定傳染病。在重症肝炎、妊娠肝炎、中樞神經系統感染和愛滋病治療等方面頗具特色，曾獲多項臨床成果獎和科研獎。中心現設有肝炎科、重症肝炎科、婦產科、特需病區、中醫科、中西醫結合科、感染科、呼吸科、外科、麻醉科、眼科、兒科及口腔科等臨床科室和影像科、檢驗科等醫技科室。
中心配置了先進的醫療儀器及科研設備，如菲利浦三維成像技術彩超、西門子16排螺鏇CT、1.5T磁共振（MRI）、全數字血管造影機（DSA）、多功能數字式X射線攝片機（DR）等一系列高精尖醫療儀器及上海首個數位化手術室、MARS人工肝為臨床診治提供了強有力的硬體支持。中心設定有ICU病區、壓差病房、數位化信息管理系統（HIS）、醫學圖像存儲與傳輸系統（PACS）、遠程醫療和醫療示教系統，通過圖像傳輸實現專家會診、學術交流、教學培訓、家屬網上探視等多種功能。中心與世界上主要的公共衛生科研機構有著廣泛的合作。
第五人民醫院
復旦大學附屬上海市第五人民醫院醫院目前占地5.81公頃（約90畝），建築面積6萬平方米。醫院核定床位584張，開放床位800張，年門急診量超過70萬人次，年住院病人超過1.4萬人次，住院病人手術超過6,000例次；現有職工1,000餘人，專業技術人員900餘人，其中高級職稱百人，碩博士46人。醫院現擁有上海市百人計畫1名，上海市曙光學者1名，上海市醫苑新星1名，上海市區縣百人計畫4名，閔行區衛生系統學科帶頭人14名；有6人享受國務院特殊津貼；4位專家列入上海領軍人才“後備隊”（閔行領軍人才）培養計畫。
作為復旦大學附屬醫院和蚌埠醫學院、皖南醫學院教學醫院，醫院每年承擔五所院校臨床、公衛等七個專業200餘人的教學任務，擁有授課教授和兼職教授60餘人。醫院每年發表學術論文約200篇，約1/3在國核心心和權威期刊上發表，部分在國外期刊中發表，也有一些有IF、SEI、SCI指數的文章。
醫院現有萬元以上設備600餘件，擁有重症監護（ICU、CCU），全國一流的高壓氧艙、MRI、16層CT、ECT、DSA、800MA的大型X光機、數字胃腸機、C臂介入X光機、全身及腦部彩色超聲診斷儀、血液透析、腹腔鏡、關節鏡、電子內鏡系統、碎石機、全自動生化分析儀、超聲乳化儀、玻璃體切割器、眼科電腦視野儀、多種雷射治療儀等大型醫療儀器設備，直線加速器也正在配置中。醫院資產總值達3.5億元，其中設備總值8000餘萬元。醫院現能開展全膀胱切除-原位新膀胱術、腹腔鏡膽囊切除、腎囊腫切除術及腹腔鏡手術治療宮外孕、人工心臟起搏器安裝、心臟間隔缺損封堵術、射頻消融術、冠脈造影及安置支架、人工晶體植入、喉再造等難度高、技術新的手術。良好的醫療環境，優質的醫療服務使民眾對醫院滿意率達到94%，醫院連續六次被評為上海市文明單位。
醫院從建院之初的8個臨床科室，150張床位的條件下，努力發展學科建設，陸續開設了絕大部分二級和三級學科，迄今已基本齊全。設有內科（分設呼吸、心血管、消化、腎臟、神經、內分泌、血液、感染與風濕病等分科）、普外科、胸外科、神經外科、泌尿外科、婦產科、兒科、骨科、中醫科、老年科、腫瘤科、傳染科、急診科、麻醉科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚科、保健科、職業病科、高壓氧科、理療科、檢驗科、核醫學科、放射科（含放射介入和放射治療科）、藥劑科、超聲醫學科、病理科、營養科等37個專業科室。其中泌尿外科和中醫支氣管炎專科是上海市醫學特色專科；血液科、眼科、耳鼻喉科、病理科、兒科新生兒專業、心內科、呼吸科和骨科是閔行區醫學特色專科；高壓氧艙治療為國家級和上海市繼續教育項目。各科室積極開展新技術、新項目，有較好的搶救重危病人水平。
