中心地處上海市金山區，緊鄰A4、A5高速公路亭衛公路出口處，占地33.3公頃，總建築面積9.0228萬平方米；是上海市人民政府投資建成的集臨床醫療、教學、科研及應對突發公共衛生事件於一體的重大工程，為2004年市府一號工程，是上海市加強公共衛生體系建設三年行動計畫的重要組成部分。中心於2004年11月16日落成啟用，具有90年歷史的原上海市傳染病醫院除市區門診部外整體搬遷至中心。
中心現有職工700餘名，匯集了復旦大學附屬中山醫院、華山醫院、復旦大學上海醫學院及原上海市傳染病醫院等各方面專家、教授。中心設定床位500張，主要收治病毒性肝炎、妊娠肝炎、重症肝炎、肝硬化、傷寒、乙型腦炎、流行性出血熱、流行性腦脊髓膜炎、化膿性及結核性腦膜炎、腸道傳染病、愛滋病、破傷風、狂犬病、性病、肺結核、傳染性非典型性肺炎等各種法定傳染病。在重症肝炎、妊娠肝炎、中樞神經系統感染和愛滋病治療等方面頗具特色，曾獲多項臨床成果獎和科研獎。中心現設有肝炎科、重症肝炎科、婦產科、特需病區、中醫科、中西醫結合科、感染科、呼吸科、外科、麻醉科、眼科、兒科及口腔科等臨床科室和影像科、檢驗科等醫技科室。
中心配置了先進的醫療儀器及科研設備，如菲利浦三維成像技術彩超、西門子16排螺鏇CT、1.5T磁共振（MRI）、全數字血管造影機（DSA）、多功能數字式X射線攝片機（DR）等一系列高精尖醫療儀器及上海首個數位化手術室、MARS人工肝為臨床診治提供了強有力的硬體支持。中心設定有ICU病區、壓差病房、數位化信息管理系統（HIS）、醫學圖像存儲與傳輸系統（PACS）、遠程醫療和醫療示教系統，通過圖像傳輸實現專家會診、學術交流、教學培訓、家屬網上探視等多種功能。中心與世界上主要的公共衛生科研機構有著廣泛的合作。
