生平經歷
繼承皇位
朱允炆出生於1377年（明洪武十年）12月5日，是明朝第二位皇帝，年號“建文”，明太祖朱元璋的孫子，懿文太子朱標第二個兒子，但朱標的長子朱雄英早故，朱標原配常氏死了以後，朱允炆的母親呂氏也得以扶正，所以明太祖朱元璋就視朱允炆嫡長孫。
朱允炆從小聰明好學，極其孝順。十四歲時，朱標生病，朱允炆小心侍候，晝夜不離開一步。這樣持續了兩年，洪武二十五年（1392年）朱標病死，朱允炆被立為皇太孫。朱允炆守孝時因過度哀傷而消瘦，朱元璋安慰說：“而誠純孝，顧不念我乎”。
朱允炆由於自幼熟讀儒家經書，所近之人多懷理想主義，性情因此與父同樣溫文爾雅，即長皆與寬大著稱。洪武二十九年，朱允炆曾向太祖請求修改《大明律》，他參考《禮經》及歷朝刑法，修改《大明律》中七十三條過分嚴苛的條文，深得人心。
1368年2月，朱元璋開始為王朝定下傳統，即立朱允炆的父親朱標為太子，因為朱標是他的長子。朱元璋的目標是為皇位的合法繼承樹立一個正式的原則，希望以此杜絕將來在皇位繼承問題上的紛爭。朱標在許多方面都不像他的父親：他性情溫和而有教養，但不很勇武。明太祖雖然對他的第四子朱棣的軍事才能有很深的印象，但為了王朝的利益，他仍把朱標看作最恰當的繼任人選。使皇帝震悼不已的是，朱標在他的盛年37歲時（即1392年5月17日）死去，諡號懿文太子。按照原則，嫡長子不在則應立嫡長子嫡長孫，但是朱標大兒子早夭，而朱元璋看到嫡長子次孫朱允炆表現的十分孝順而很是喜歡，後來立其為太孫。
朱元璋死前密命駙馬梅殷（寧國公主之夫）輔佐新君，遺詔命皇太孫朱允炆繼位。朱元璋駕崩幾天后，朱允炆於1398年6月30日在南京即位，時年21歲。他確定下一年為建文元年，並尊封他的母親二皇妃呂氏（1402年死）為皇太后。關於朱允炆的個性和他在位時的國內發展情況現已無可信材料，因為朱允炆時期的檔案文獻和起居注全遭毀滅，而私家記述又概遭禁止。
年輕的建文皇帝書生氣十足而又溫文爾雅，他繼承了他父親的溫和和好思考的脾性。他靦腆，且又毫無國政經驗；且不說和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父們，他也沒有那種自信心和堅強的性格，甚至也沒有那種能力。這位年輕皇帝的溫順性格和儒家教育，因此他衷心嚮往的是實行理想的仁政。他在政府的言論和行事上努力實行一些較大的變革，但這些變革卻招致了災難性的後果。
朱允炆把三位儒家師傅引為心腹，他們是黃子澄、齊泰和方孝孺。這幾位老者對朱允炆關於君之為君的概念起了強有力的作用。黃子澄（1402年死）是一個很受人尊敬的儒家學者，他在1385年舉進士第一名。他在明太祖時代擔任過很多官職，現在被朱允炆任命為翰林學士，並參與國家政事。齊泰（1402年死）也是1385年的進士，是一位對經書學有大成的學者，特別精於禮和兵法。他在洪武帝彌留之際受顧命，以護衛皇太孫和嗣君，被新皇帝任命為兵部尚書，參與國政。方孝孺（1357—1404年）早在四十來歲的初年就已經是聲名卓著的學者，以文章家和政治思想家聞名，未中過舉，在他很晚的歲月才開始進入仕宦生涯。朱允炆即位以後被召為翰林侍講。
這三位儒家學者以各種不同方式影響皇帝。黃子澄和齊泰變成了皇帝的心腹，用儒家的修齊治平理論教育他。他們負責研究一些新政策並付諸實施，目的在改組帝國的行政和加強皇帝的權威。方孝孺是《周禮》，一部關於烏托邦式政府的經典著作——專家，他發覺他所見到的是個人專制統治的缺點，因此他建議皇帝應該根據古代經典所提出的理想和形式來實行仁政。所有這三個人都勇敢、正直和滿懷著理想。但是，他們都是書呆子，缺乏實踐意識和從事公共事務的經驗，也沒有領導才能；他們對於問題的分析往往限於紙上談兵，不切實際。
燕王反叛
令人難以對付的燕王朱棣生於1360年5月2日，他的生母也許是洪武帝的一位貢妃，據說她或者是蒙古人，或者是朝鮮人。他不是像他自己後來所說的那樣為馬皇后所生；他的這種說法是想在他從他侄子手中奪取了帝位以後按照嫡長子繼承原則使他的即位合法化。他長得堅強有力，同時也精通武藝，而且據說在學習儒家經典和文學方面也是出色當行的。他的文學功底在正史中有所表述，因為這種成就符合一個儒家君主的公開的形象。 1370年5月，洪武帝把他封為燕王，定他的封地在北平（今北京），讓他坐鎮北方邊境，以保證國內的安全和抵禦蒙古人的入侵。
那時的燕王只有10歲，直到他成年以後才於1380年4月去北京就國。到了這時，他在宮廷已經接受了優秀學者和佛教和尚們的最好的通才教育。他在明王朝頭等將領們的輔導之下也已經開始表現出軍事領導才能；特別是徐達（1332—1385年）對他的教導更有效，因為1376年他在皇帝的意旨下娶了徐達的長女。 在往後的數十年中燕王守衛他的藩封時，他經常指揮對蒙古人的戰鬥，在老將們的輔弼之下很會打仗。他的功績贏得了他父親的好評，但也引起了後者的煩惱，因為他越來越變得心志不凡、目中無人和鬧獨立性。當1392年洪武帝冊封他長兄的兒子朱允炆而不是指派他為皇嗣的時候，燕王顯然是異常失望的。
1398年末，即朱允炆即位之初的幾個月中，皇帝開始考慮怎樣增強自己的權力而同時削弱諸封建王國的權力，並且利用或有或無的罪名對那些較小較弱的藩王採取激烈的行動。周王朱橚（1361—1425年）是第一個倒台的，接著另外四個王子也垮了下來：代王朱桂（1374—1446年）；湘王朱柏（1371—1399年）；齊王朱榑（1364—1428年）；以及岷王朱楩（1379—1400年）。一年之內在五個舉足輕重的藩封被廢之後，燕王便成了下一個目標。朝廷承認他是最棘手的敵人，因此在行動上很小心謹慎；可是，這樣一來反而給了燕王集結部隊和作準備的時間。
現在不能肯定，燕王何時才開始下定決心對抗朝廷。據有些材料說，他在道衍和尚（後名姚廣孝）的影響下很早就有和朝廷對著幹的意思；按，道衍是明太祖派到他的王府里來任事的，並博得了他的信任。道衍據說在朱允炆被封為儲君以後曾向燕王進言，說他注定會有九五之分；他並且鼓勵燕王謀划進一步實現他的雄心壯志。當建文朝廷開始清洗他的兄弟們的時候，燕王馬上覺察到他的地位危殆，因而他就商於道衍（這時道衍已是他的主要顧問和謀略家），應該採取什麼步驟來對付這一威脅。 燕王已經用招降蒙古士兵的辦法擴充了他的部隊，同時他又和那些對新皇帝已不再抱幻想的宦官內外勾結起來。可是他還無意立即行事，因為他的三個兒子正在南京作為人質，以保證他不亂說亂動。與此同時，雙方的間諜和代理人來回打報告。燕王在1398年和1399年搞了許許多多鬼把戲，又是裝病，又是裝瘋，請求遣反他的兒子們。直到1399年6月朱允炆才準許他的幾個兒子回到他們父親身邊——歷史學家們把這一決定稱為愚不可及；燕王這才決心用軍事行動抗命朝廷了。
敵對行動爆發於1399年7月末；那時有個忠於建文朝的軍官抓到了屬於燕王藩國的兩名下級官員，並把他們送往南京以煽惑罪處死。燕王抓到了把柄，利用這個機會在8月5日向鄰近幾個州縣發動軍事進攻，藉口要清除朝廷里的奸佞官員。這標誌著在朝廷和燕王之間開始了一場血腥的、持續三年的軍事對抗；後來這場戰爭被掩飾而說成是“靖難”之役。
為了給他的叛亂設詞辯解，燕王在後來幾個月內精心策劃了幾篇文告：它們包括在1399年8月和12月致朝廷的兩封信，以及後來給官民一體知照的宣言。這位藩王堅持說，他正在進行的是終止內亂的正義行動，而且無論衡之以儒家的孝道，還是衡之以規定諸藩王義務的《祖訓錄》中的條款，他的行為都是對的。 他指責皇帝，特別是指責他沒有把他父皇的病情告知他，沒有讓他奔臨喪葬；另外，還指責他毀壞先皇所居之宮室，從而背棄了洪武帝的祖訓。
他還指責皇帝受齊泰、黃子澄等宵小之臣的誘惑，對諸皇子進行了迫害，並且錯誤地指控他在做軍事準備來反對皇帝。他爭辯說，他所採取的行動是正當的自衛，同時他要求皇帝去掉左右的奸詐顧問們，恢復太祖皇帝的法律和制度。除此之外他還聲稱，他有義務來執行這次懲戒使命，因為他是馬皇后所生的最年長的健在兒子，就責無旁貸；他指天誓日地否認他對帝位感興趣，只是說他是本諸《祖訓錄》中的規定而開始清除朝廷中的小人官員的。
根據現代歷史學家所提供的材料，他的任何指責是否有充分的事實根據，或者他是否真正能夠在當時就把這些論點公諸於世，是值得懷疑的。可是，這些指責對燕王來說卻是關係成敗的問題；最終地它們要使他對抗朝廷的行動站得住腳，並且還可幫助他糾集能夠抗命的人馬。這就是為什麼這位藩王在篡奪皇位以後要竄改歷史記述，把那些和他的言論相矛盾的記載統統去掉，換上支持他的合法繼承權利的一些歷史說詞。
兵敗失位
1399年8月，燕王朱棣誓師抗命，下諭將士，打著“清君側”旗號起兵“靖難”。史稱“靖難之役”。朝廷和燕王之間開始了一場血腥的、持續三年的軍事對峙。在叛亂開始的時期，燕王尚不占兵力上的優勢。他的軍隊只有十萬人；除了他的封地北京之外他也沒有能夠控制任何其他領土。南京的建文朝廷有一支三倍於燕王軍隊的常備軍，擁有全國的經濟，並且已經廢除了幾個藩國。但燕王的領導能力、高素質的軍隊卻非朱允炆可比。隨著戰爭時間的延長，朝廷指揮不當、兵力孱弱、內部鬆懈的缺點嚴重影響了戰局。直至節節敗退，許多將領投降了燕王。
建文朝廷曾從朝鮮輸入許多戰馬，想以此增強它的戰鬥力，因為朝鮮國王李芳遠公開表示支持朱允炆打燕王。但是這些辦法未能影響一敗塗地的戰爭結局。
建文四年六月，燕軍渡江直逼南京城下，谷王朱橞與曹國公李景隆開金川門迎降，京師遂破。燕兵進京，在燕王軍隊抵達後的一場混戰中，南京城內的皇宮大院起了火。當火勢撲滅後在灰燼中發現了幾具燒焦了的殘骸，已經不能辨認，據太監說它們是皇帝、皇后和他的長子朱文奎的屍體。朱棣登位後，將忠於建文的諸臣剝皮的剝皮，下油鍋的下油鍋，把他們的女眷罰到教坊司當官妓，實行殘酷的“轉營”，即輪流送到軍營中去，一個女子每一日一夜要受二十餘男子的凌辱，情況還要經常報告朱棣，有被摧殘至死的，朱棣就下聖諭將屍體餵狗吃了。
但朱允炆的下落終成為一件懸案。誰也不能肯定他是否真的被燒死了；後來對他的帝業抱同情心的歷史學家們都說他喬裝成和尚逃離南京。當時官方的記載當然只能說皇帝及其長子已死於難中；否則，燕王就不可能名正言順地稱帝了。朱允炆最後的真正命運仍然是一個謎。
為政舉措
政治
•改革法制
朱允炆改進了明太祖所實行的嚴厲的法律制度。洪武帝曾經頒行了一整套法典，使之成為全帝國的法律準則。他有時用“誥”的形式來給法典做補充，有時又用“榜文”的形式來發布典型的案例。榜文第一次出現在《大誥》中；這種《大誥》在1385年和1387年之間曾經編纂、修訂和擴充。它們出現在1397年版的《大明律》中；《大明律》把這些誥和榜文都收在它的附錄中。朱允炆認為他祖父的律令法典的某些部分過於苛嚴，特別是那些在誥和榜文中所定下的懲罰條款更是如此。據說，他在他祖父生前即已敦促洪武帝從他的法典中取消73條這樣的條款。在他即位以後，他禁止以誥文為根據來進行審理和判案，同時停止張貼榜文，這就使他用正式遵守律令的手法，巧妙地掩蓋了他事實上對他祖父的指令的否定。這些變革後來被永樂帝一掃而光；他恢復了太祖的所有嚴厲的誥文和榜文中的法律效力。
•實行削藩
朱允炆對諸藩王封地里的行政也進行了一些改革：設定了賓輔和伴讀，並讓翰林學士以儒家的為政傳統教育和輔導諸幼年王子。王子們還進一步不準參與文、武政事；這個命令顯然與《祖訓錄》中的規定大相逕庭。這些加強了皇帝對藩王控制的新條令是意在取消半自治性質的封國的總戰略的一部分。
削奪世襲封藩的政策的產生是由於擔心幾個有野心的皇叔可能要發難，特別是擔心燕王朱棣。1370年以後，明太祖陸續分封了他年長的九個兒子（其中包括朱棣），把他們封在西北邊境和長江中部，王位世襲；這些藩王都是用來作為抗擊蒙古侵略和鎮壓叛亂的支柱。王子們都享有巨額年俸和廣泛的特權；雖然他們在法律上對境內平民百姓不享有直接的行政權力，但他們每人都節制三支輔助部隊，其人數在3000到15000之間。
為了確保他對分封諸王的控制，開國皇帝在他的《祖訓錄》中曾定下了一系列條令規章來管束諸藩王的行為；《祖訓錄》首次發布於1381年，後來又在1395年做了修改。其中有一條規定：在新皇帝登基以後的三年時間內藩王們不許來朝廷，只能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷當道，諸王得準備他們的兵力，聽候新皇帝召他們來“撥亂反正”，而在完成了他們的任務和驅逐了奸佞以後，他們仍應返回封地。
對於合法的繼承原則定下了一條重要的規矩；它既適用於藩封王子的繼承，也適用皇位的繼承。其中主要的一條原則是繼承人應該是長子，並為嫡妻所生。如果這一點已不可能，嫡妻所生的第二個兒子將成為合法繼承人。為了使這些家法垂諸久遠，明太祖對後嗣下了嚴厲的警告，禁止他們對他的訓示有一絲一毫的改動；而且他告誡諸王，對任何違犯者，甚至皇帝本人，他們可以群起而攻之。這位開國皇帝的想法是很不現實的；制度上的調整總是不可避免的。新皇帝現在企圖削奪諸王的權力，這就使他與他的叔父們——特別是燕王朱棣——發生了公開的衝突。然而可以理解的是，在這些藩王看來，他想削奪分封諸王一向享有的權利和特權的行動嚴重地違反了《祖訓錄》。人們向來認為削藩的政策是黃子澄和齊泰所出的主意，但是，它也可以說是出自皇帝的聖裁。黃子澄是這一政策最積極的擁護者，據說他使皇帝對採取這項政策的重要性獲得了很深的印象，因為他向皇帝講述了公元前154年漢代的七國之亂反對漢景帝（公元前157年—141年在位）的故事，而且也一般地提示了這些強大而又擁有半自治權力的藩封所特有的潛在危險性。他們曾經考慮了兩種行動路線：一是徹底廢除藩封諸王；一是減少他們的政治和軍事大權。主要的目標是燕王；在這個時候，洪武帝的二子和三子均先已故去，只剩下燕王是現在健在的最年長而又權勢最大的藩王，同時他也是皇家禮儀上的尊長。幾經斟酌之後，朱允炆決定走完全廢藩的道路。這樣便激起燕王舉兵反對皇帝，他表面上是要恢復王朝原來的制度，實際上卻是要保持他自己的權力和影響。
經濟
在財政方面，建文朝廷也制定了一些新措施，以減輕前朝某些過重的稅收。其中最重要的是減少了江南的過度的土地稅，尤其是減少了富庶的蘇州和松江這兩個府的土地重稅。這些減稅措施是繼續了洪武朝即已開始的減免政策，但是它們大大超過了以前的辦法。富庶而人口稠密的江南地區自王朝開國以來就被課以重稅，從而使這裡提供了主要的財源。原來的稅款意在實行懲戒。1380年4月洪武帝曾下令減稅20%，但是即令如此，這裡的土地稅仍然過於沉重。例如在1393年，僅蘇州一地就得全年交納281萬石糧米，這就是帝國2940萬石全部土地賦稅的9.5%。這樣是太不平等了：蘇州僅占帝國登記在冊的耕地的1/88。由於這樣過重的苛索，當地人民往往不能交足規定的稅額，特別在凶荒年代更是如此；他們拋荒了土地，變成了遊民，從而更加加重了納稅居民的負擔，同時也減少了每年的稅收。
1400年初，朱允炆因有人申訴直隸地區（直接隸屬於京師南京的地區為直隸，範圍大致包括今天江蘇安徽上海兩省一市）和浙江等地區賦稅不公而採取了行動。他下令按每畝地收一石糧的統一標準在這些府里收土地稅。洪武帝曾經禁止蘇州或松江人氏被任命為戶部尚書，藉此防範出身於這些富庶州府的人們把持財政，偏私家鄉，從而犧牲了國庫的利益，現在朱允炆也解除了這種禁令。很可疑的是，這些新措施是否得到了貫徹；到了1400年，建文朝廷已經深深地捲入了和燕王對陣的軍事行動之中。
另外一項財政改革是限制佛、道二教寺觀所能擁有的免稅土地的數量。這項政策是特別針對佛、道僧侶們在江南富庶州府的情況而發的，因為在洪武帝的庇護下僧道們都攫奪了大量的肥田沃土，從而變成了有權有勢的地主。他們的財富激起了人們的不滿，因為宗教界的僧侶職事們不僅享有免除土地賦稅和徭役的權利，甚至還把不法負擔強加給當地居民，即占用他們的土地，強迫他們給自己服勞役。朝中的官員上了兩份奏疏，請求限制佛教和道教的土地占有數量，朱允炆在1401年8月發出的一道詔旨中批准了他們的建議。這一新命令只準每一名僧道擁有不超過五畝免除賦稅的土地；多餘土地應分給需要土地的人民。這個政策又使得燕王找到了另一口實，說他的侄子如何違犯了《祖訓錄》；它進一步為他提供了對皇帝進行“懲戒行動”的理由。
這些命令未必都曾經付諸實施，因為建文朝廷此後不久就夭折了。但是，由於它們攻擊了佛教和道教僧侶們的既得利益，這些政策無疑地疏遠了宗教界，特別是得罪了佛教徒。因此，許多佛教僧人都為燕王叛軍效勞是不足為奇的：他們的領袖是這位僭主的顧問，即和尚道衍，此人自1382年以來即已為燕王服務（他後來名姚廣孝，1335年—1418年）。
歷史評價
史書評價
贊曰：惠帝天資仁厚。踐阼之初，親賢好學，召用方孝孺等。典章制度，銳意復古。嘗因病晏朝，尹昌隆進諫，即深自引咎，宣其疏於中外。又除軍衛單丁，減蘇、松重賦，皆惠民之大者。乃革命而後，紀年復稱洪武，嗣是子孫臣庶以紀載為嫌，草野傳疑，不無訛謬。更越聖朝，得經論定，尊名壹惠，君德用彰，懿哉。
其它評價
永樂時期的官方歷史掩蓋了建文的年號而人為地把明太祖的統治時期延長了4年，即從洪武32年延長到洪武35年（1399年—1402年）：這個時期曾經被歷史學家稱之為”革除”時期。建文的年號遲至1595年10月才被萬曆皇帝恢復，那是作為編纂明王朝歷史的流產的計畫的一部分提出來的。可是，要到242年以後的1644年7月，南明君主福王朱由崧（1646年死）才定朱允炆的廟號為”惠宗”，諡號為”讓皇帝”。這後一個尊號之所以被選用是為了適應民間傳說，即朱允炆並未死於宮中大火，而是為了解除內戰的普遍苦難而自願遜位給他的叔父的。
到了1736年9月，清朝乾隆帝（1736年—1796年在位）封朱允炆為”恭愍惠帝”時，他的皇帝地位才完全恢復。由於這種種情況，他在明王朝的正史（《明史》，1736年）中被稱為”恭愍惠帝”，但在由王鴻緒（1645年—1723年）在1723年完成的更早一些的《明史稿》中還是直截了當地被稱為”朱允炆”。
建文皇帝和他的顧問們致力於提倡文官統治，他們放棄了明太祖的政策，並且與燕王發生了衝突。燕王的權力是建立在北方邊境上，而且依靠的是軍官們的支持；朱允炆及其左右與此不同，他們是以南京為基地，他們依靠的是長江下游的階層。他們認為搞像洪武帝時期的統治，會大大地危及王朝，因此他們相信只有提高儒家價值觀和文官的權威，去掉半自治的諸藩封王子，才能使之得到糾正。他們沒有成功，因為他們沒有多少實際經驗，在戰場上缺乏果斷的領導、周密的計畫和首尾一貫的戰略方針。
這次內戰對於明王朝所產生的結果已經超出了爭奪帝位的鬩牆之爭。洪武帝封建半自治的藩王已經對王朝的穩定造成了嚴重的威脅，而且當永樂帝死後，他們再一次提倡儒家關於文官政府的原則，並在洪熙和宣德兩朝取得了具體結果。
在通俗性的歷史著作中，建文之治通過關於這位命途多舛的皇帝的大量傳奇故事而受到人們的懷念——這些傳奇之所以產生是由於人們同情他的苦難遭遇，以及被他的有神秘色彩的命運所吸引。這一傳統最初之所以形成，是因為人們天真地相信，在南京陷落時皇帝並沒有死於宮中之火，而是喬裝成和尚設法逃離了京師；後來情節變得越來越複雜了。1440年末的一個稀奇古怪的事件表明了這個傳說有多少人信以為真。有一個90歲的老和尚利用這個傳說來到了正統皇帝的朝廷，自稱他是從前的皇帝。這個騙子後來被揭露並處死了，但這個事件卻助長了人們的幻想，也激發了其他相關傳說的產生。
在16世紀以後關於這個題材的小說演義中，朱允炆和他的殉難的隨從人士都逐漸變成了悲劇式的英雄人物。這些作品都把這位皇帝描寫成為一位勤於政事的和仁慈的君主，對他的叔父慷慨大度，並自動地提出把皇位讓給了後者。它們還渲染一個故事，說在京師失守之日他逃脫了叛變者的耳目，當了一位高壽的和尚，死後仍然留有後代。它們也同情地描述建文的殉節者，如齊泰、黃子澄和方孝孺，說他們是忠臣義士，聲稱他們的身後也仍有許多後嗣，儘管他們受到迫害。這些無奇不有的傳奇故事不僅反映了人們對朱允炆及其所信奉的理想的同情。
說朱允炆自動地讓位給燕王，這種故事越來越受到人們的歡迎；此說甚至被鄭曉（1499年—1566年）認為有可信的歷史真實性，並把它收於他的《建文遜國記》（約1566年）中。它因此助長了人們給朱允炆重新樹立形象的心理，並導致在1595年正式恢復了他的年號的行動。關於建文朝代的幻想故事和傳聞軼事在下一個世紀仍然不斷地出現。這些傳說變成了人們發泄壓抑情緒的通風口，是它們在極權統治下對要求仁慈和正義的呼籲。它們不僅戲劇化了這位皇帝的事跡，使他成了悲劇式的人物；由於它們進而想糾正不公正，它們譴責永樂皇帝及其支持者們是一夥叛賊和惡棍。人民民眾對這位先前的皇帝的同情是如此普遍，致使它被明末清初的許多叛亂領袖所利用，他們都偽稱自己是他的合法後代。在學者精英階層中，從明代中葉和末葉起，也一直增長著這種譴責永樂皇帝的傾向（雖然只是用掩蓋的詞句來寫的）。清朝乾隆皇帝在1736年決定恢復朱允炆的合法地位，其大部分原因便是士大夫精英懷有這樣的情緒。
軼事典故
據說，朱允炆逃離京城後，顛沛流離，千方百計逃避追殺，後隱居於湄江的觀音崖（也有稱是陝西城固觀音崖）一帶。誠心向佛，終了一生，著名的藏君洞也因此而得名。
朱允炆在當皇太孫時，太祖朱元璋曾出聯“風吹馬尾千條線“，要他和燕王朱棣以對。朱允炆對曰：“雨打羊毛一片膻。“朱棣則對曰：“日照龍鱗萬點金。“朱棣之對太祖較為滿意。從中也看出了朱允炆的懦弱、平庸和朱棣的雄心。太祖駕崩後，皇室想了一些方法來鞏固朱允炆的皇位。但後來江山終究被朱棣所得。而上面的對聯卻成為二人命運的讖語。
話說朱允炆在湄江隱姓埋名，自稱應文和尚，留下了許多對聯詩話。其中對觀音崖風光的描寫聯“峰如巢風彩，崖似臥龍文。“
在長期的流亡過程中，朱允炆一直以晉公子重耳的故事鞭策自己。希望有東山再起的一天。但後來他慢慢地發現，朱 棣管理國家的能力比自己實在要強得多，也就慢慢地打消了這個念頭。有聯為證：“有夢難圓，塵世著魔迷木性；無風易醒，洞泉悟道靜凡心。“輕風吹拂著平靜的心，沉醉於大自然之中，哪還管什麼皇權富貴，都是過眼雲煙。
多年以後，朱允炆觸景傷情，詠聯一副：“家從京畿而來，回首五嶽峨眉，此等山川甲天下；帝似堯舜以後，伉懷秦皇漢武，如我王孫曠古今。“這既是對湄江美麗風光的衷心讚美，也是對自己一生坎坷命運的高度概括，更是對無奈現實的宣洩、壯志難酬的遺憾的真實寫照。
個人作品
《遜國後賦詩》
《金竺長官司羅永庵題壁》
家族成員
祖輩
祖父： 明太祖朱元璋（1328—1398），明朝開國皇帝。
祖母： 孝慈高皇后馬氏（1332－1382），民間傳說中諱秀英，朱元璋的結髮妻子，也是一生中唯一的妻子。
外祖父：呂本（？－1382年），鳳陽府壽州人。仕元為元帥府都事，後投靠朱元璋。丙午年（1366年），為中書掾史。丁未年（1367年），授湖廣行省照磨。洪武三年，升中書省右司郎中。四年改左司郎中，五年升刑部侍郎，尋進吏部尚書。六年，任太常寺卿。七年，以事左遷北平按察司僉事，尋召還授禮部尚書，未幾齣為兩浙都轉運鹽使。洪武十二年，復授太常寺卿。洪武十四病逝。賜葬鐘山之陰。
父輩
父親：朱標（1355－1392），朱元璋長子，朱元璋為吳王時封為王世子，稱帝後封為皇太子，諡號 懿文太子，建文元年尊上廟號 興宗，諡號 孝康皇帝，改太子陵為皇陵（陵號不可考），永樂元年取消廟號、諡號、陵號，復稱懿文太子，南明弘光元年追復皇帝尊號，清朝乾隆年間升懿文太子陵為明東陵。
嫡母：常氏（1355－1378），開平忠武王常遇春長女，洪武四年冊為太子妃，早逝，諡號 敬懿皇太子妃，建文元年追尊為 孝康皇后，永樂元年復稱敬懿皇太子妃，南明弘光元年追復皇后名號。
生母：呂氏（？—1403年之後），大臣呂本之女，初為朱標妾室，常氏去世後成為太子的繼室，被封為太子妃（具體時間不詳），建文元年被尊為皇太后，史稱 呂皇后，永樂元年被取消太后位號，改稱 皇嫂懿文太子妃，與幼子朱允住在懿文太子陵，去世時間已不可考。
兄弟姐妹
兄弟： 虞懷王朱雄英（1374－1382），朱標嫡長子，朱允炆異母兄，太子妃常氏所生，夭折，太祖為其輟朝，追封 虞王，諡號 懷。
吳悼王（或 哀王）朱允熥（1378－1417或1415），朱標嫡三子，朱允炆異母弟，太子妃常氏所生，建文元年被封為吳王，未及就藩，建文四年被成祖降封為 廣澤王，同年又和其弟朱允熞一起被召進京城，以不能匡正建文帝和心懷怨懟為由被廢為庶人，囚禁鳳陽，暴卒。南明弘光元年追復為 吳王，諡號 悼或 哀。有一遺腹子朱文坤，不知所終。《明實錄》記載，明英宗奪門之變復辟後，提到安置“吳庶人”、“建庶人”的問題，這裡的“吳庶人”很可能是朱允熥的後人。
魯悼王（或 衡愍王，或 衡悼王）朱允熞（1385－1417年或之前），朱標第四子，朱允炆同母弟，太子妃呂氏所生，建文元年封為衡王，未及就藩，建文四年被成祖降封為 懷恩王，同年又和其兄朱允熥一起被召進京城，以不能匡正建文帝和心懷怨懟為由被廢為庶人，囚禁鳳陽，卒。南明弘光帝追復其為 魯王，諡號 悼，一說追復為 衡王，諡號 悼，隆武帝追復為 衡王，諡號 愍。
甌寧哀簡王， 徐悼王（或 簡王、 愍王）朱允（1391－1407），朱標第五子，朱允炆同母弟，太子妃呂氏所生，建文元年封為徐王，未及就藩，建文四年被成祖降封為 敷惠王，永樂二年改封 甌寧王，奉懿文太子祀，與母親一起住在父親的陵園內。1407年，因住所失火被燒死，諡號 哀簡。南明弘光帝追復其為 徐王，諡號 悼，一說諡號 簡，隆武帝追上諡號 愍。
姐妹： 江都公主，生卒年不詳，生母不詳，本為 江都郡主，洪武二十七年嫁給長興侯耿炳文之子前軍都督僉事耿璿，建文元年封為公主，永樂初年耿璿因連坐得罪而死，公主被降為 郡主，鬱鬱而終。
宜倫郡主，生卒年不詳，生母不詳，沒有被封為公主的記錄，永樂十五年下嫁。
第三女，生卒年不詳，生母不詳，早夭，無名無封。
南平郡主（？—1412）生母不詳，生前沒有受封和嫁人的記錄，死後被成祖追封為 南平郡主。
皇后
孝愍讓皇后馬氏（約1370－1402），光祿少卿馬全之女，洪武二十八年冊為太孫妃，建文元年冊為皇后，靖難之役中死於宮中大火，無諡號。南明弘光帝追謚其為 孝愍溫貞哲睿肅烈襄天弼聖讓皇后。
兒子
和簡（或 恭愍） 太子朱文奎（1396－1402），朱允炆長子，馬皇后所生，建文元年被立為太子，靖難之役中與父親一起失蹤，有說死於宮中大火。南明弘光帝追復其為 恭愍太子，隆武帝追復其為 和簡太子。
潤懷王（或 原懷王）朱文圭（1401年－1457年），朱允炆次子，馬皇后所生，靖難之役後被囚禁在鳳陽，年僅兩歲，稱“ 建庶人”。明英宗奪門之變復辟後，對同樣被幽禁的“吳庶人”（可能是朱允熥的後代）、“建庶人”產生憐憫之心，為其修建房屋，娶妻生子，並將其釋放。朱文圭此時已被囚禁五十餘年，重獲自由後已是不辨牛馬，不久後去世。明英宗年間還曾經提到過建庶人、吳庶人兩家的生活問題，這裡所指應該是他們的後代。南明弘光帝追復其為 潤王（一說 原 王），諡號“ 懷”
結局爭議
史書記載
“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝後屍於火中“。
（在燕兵攻陷京師後，朱允炆）“遂闔宮自已焚燃。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！“
朱棣登位後在給朝鮮國王的詔書上亦曰：“不期建文為權奸逼脅，闔宮自己焚燃。“（《明實錄·太宗實錄》）
“棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。“
“上入宮，忽火發，皇后馬氏暴崩，程濟奉上變僧服遁去。燕王遂入宮。因指燼中後骨以為上！“
“出家為僧”說
（一）湖南新田大觀堡造假說
湖南永州新田縣發現明代遺址大觀堡，該古城堡工程規模宏大，建築面積7000平方米，石頭壘成的堡壘周長346米，城牆殘高4米左右，疑為建文帝避難行宮。後經部分文物和史學專家多方求證，認為建文帝極有可能避難新田，在全國多處出現的建文帝‘下落說’中，有的是傳說，有的只有族譜，而只有新田縣有相關碑刻，經考證涉嫌造假.
該說主要的證據有（不完全統計）：
1、龍池寺遺址碑刻記載“夫山曰安曇寺曰龍池”、“自大明皇朝先師鐵峯悟真流亡”、“剃本靖為僧‘燕師’”等；梅木塘碑刻記載“聖帝之壽誕，為同人之嘉節，首士齊集虔誠致祭……誓詞惟皇上御極之年歲次月日等謹以……二帝神位前曰，惟二帝職司陰鑒”等。
2、大觀堡遺址
3、其他文物：象牙朝笏；道教神仙人物長卷畫；
4、《史氏族譜》記載
新田寧遠兩縣文物研究人員在大觀堡考察碑刻，發現碑刻中關於“二帝”的內容，懷疑“二帝”就是建文帝，但寧遠本地歷史研究人員歐陽元益認為“二帝”是指南明二帝，碑刻可能是反清復明餘黨留下的。經調查鯉溪鎮和大觀堡周邊民眾從來沒有聽說過有建文帝這個傳說，石文莊之孫石午榮於明永樂年間從大觀堡遷居石家洞也從來沒有聽說過建文帝，經調查明初被明朝政府派遣到新田縣屯田（軍屯）建大觀堡的那支後人就是石家洞石氏，著名明史協會專家商傳教授回復了大冠堡根本沒有建文帝，商傳教授曾說：“我認為大觀堡肯定不會是建文帝建的，說建文帝來過大觀堡也沒有任何依據，可能是一些曾經忠實於建文帝的人留下了一些痕跡”。
根據清嘉慶十六年《寧遠縣誌》記載：“石玉生東鄉石溪人，明初其父以都司守邑東堡，玉生弱冠襲職....."。正史上證實大觀堡堡主是石文莊、石玉生父子”。另外清康熙二十三年（1684）的寧遠《石氏宗譜》也有記載石文莊和石玉生鎮守大觀堡的事實，距今已有330多年的歷史，是目前寧遠縣發現最早的軍事古堡記載。經專家考證，大觀堡是明代建築，是石文莊始建於大明洪武三年（1370）。明史協會專家商傳教授曾實地考察過大觀堡，最後得出了“大觀堡根本沒有建文帝”的結論。
（二）東明寺說
萬曆《錢塘縣誌·紀制》記載：“東明寺在安溪大遮山前，建文君為僧至此，有遺像“。（《杭縣誌稿》卷八）“相傳朱允炆遁跡至此，時旭日始旦，題曰東明。自歸國後，方知為帝。今范其遺像。有手植牡丹，色白如銀“。明代嘉靖年間《留青日札摘抄》、清代康熙年間《湖堧雜記》中也都有記載。
據2010年12月7日，餘杭縣史志辦張炳林先生從上海圖書館發現《東明寺志》，翻開第一頁，上面寫著“東明寺志敘“五個大字。《東明寺志》（三卷）清釋湛潛篡，清康熙十二年（1674年）版本。寺志中是如此記載：“迨壬午金川變作，啟篋得楊應能度牒及披剃具，佛知運數巳定，乃僧服出遜，由吳興至錢塘遁棲東明山，親灸旵祖座下，凡六載，跡漸彰乃辭去。“由此可見，朱允炆到東明寺出家為僧不是空穴來風，是確有其人其事。當年眾僧們皆尊稱朱允炆為“應能問道老佛“，寺志中還特地將“應能問道老佛“排列在祖師堂的第二位置，僅次於東明禪寺的開法祖師慧旵，明白無疑確定了東明禪寺與朱允炆之間的密切。其中還披露了二個重要信息：所謂“靜室“一是當年東明寺開法禪師慧旵禪師的閉關之處，二是朱允炆在東明禪寺出家為僧的居所，這是初聞。
東明寺大雄寶殿內右側有朱允炆塑像，殿柱上刻有如下對聯：僧為帝，帝亦為僧，一再傳，衣缽相授，留偈而化；叔負侄，侄不負叔，三百載，江山依舊，到老皆空。
朱允炆親手植之桂花，經過日寇焚燒，僅剩樹幹。但大難不死，第二年又綻新枝，現枝高葉茂，秋季花開，香溢四野，且金銀雙色各半，傳為奇談佳話。
孟將殿，原有座小廟現已毀，不知是否屬實？民間稱之“罵將殿“。 相傳明成祖派一位朱允炆當朝時的武狀元出身將軍追殺朱允炆。追至東明山，朱允炆痛斥其助紂為虐。他進退兩難：遜帝有恩，今上難違。回京又無顏復命，終而自殺。因該將軍姓孟，後人建孟將軍廟以資紀念。
“自焚而死”說
據永樂年間《實錄》和《明史稿》的記載，朱允炆繼位後，即用兵部尚書齊泰和大常卿黃子澄謀，定策削藩。領兵在外、身為燕王的朱棣立即打著清君側的旗號，起兵南下，發起“靖難之役“。不到四年，燕王即揮師渡過長江，兵臨南京城下，朱允炆求和不允，只好死守，但是他的主帥李景隆卻打開金川門迎燕王大軍入城，滿朝文武紛紛投降。朱允炆眼看大勢已去，下令焚宮，頓時火光熊熊，朱允炆攜皇后馬氏，跳入火中自焚，妃嬪侍從等，大都亦隨其蹈火而死。燕王朱棣入宮後，清宮三日，搜查朱允炆下落。宮內侍人都說朱允炆已自焚，並從火堆里扒出一具燒焦的屍體證明之。燕王見到屍體，分不清男女，慘不忍睹。其繼位稱帝後，只得以天子“禮葬建文皇帝“。《明史·成祖本紀》及《明史·方孝儒傳》均持此說。
“遁入道門”說
據有學者考證，朱允炆晚年化名詹碧雲，隱蹤在江西上饒玉山三清山任三清宮住持道士，在三清福地借修建道教宮觀為掩護，巧妙修築了“明治山詹碧雲藏竹之所“的陵墓和其他相關石雕、楹聯、三清山石刻260餘處，留下了“風流建水翁承贊，樽酒論文千載同 “、“方豪上“、“都俞脫生“、“壺市安井“等一系列可供考研的石刻隱逸文化密碼。
此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》里記載：明成祖朱棣當了皇帝後，對朱允炆自焚而死，也產生過懷疑，也有人告訴他那具燒焦的屍體是馬皇后的，朱允炆削髮為僧外逃了。他就把朱允炆的主錄僧溥洽抓了起來關進監獄長達十餘年，逼他供出朱允炆下落。並派鄭和下西洋“欲尋蹤跡“，派戶科都給事中胡濙遍行郡、鄉、邑長達16年，搜尋朱允炆下落，一直到朱棣死前一年的一個晚上，他已睡下了，但聽說胡濙回來了，急忙穿上衣服，在臥室單獨召見。胡濙訪得朱允炆離開紫禁宮後，削髮為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南週遊避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江蘇吳縣普洛寺內，此後一心為僧，無復國之意。近年徐作生也通過查閱大量文獻和實地考察後，指出：永樂二十一年（1423年），朱允炆死於江蘇吳縣穹窿山，終年46歲，葬於皇駕庵後的小山坡上。
也有人指出，朱允炆自焚身亡是歷史真實，因為當時燕軍兵臨城下，把紫禁宮團團圍住，朱允炆想逃也來不及了，更何況經考查也無鬼門、御溝逃路。朱允炆也深知他的四叔是個貪權無厭、殘暴無情的武夫，落在他手裡決無好下場，不如以死了之為上策。燕王朱棣也絕不會讓朱允炆活下去，否則，他就不能當皇帝。朱棣為了不留下“殺侄奪位“之臭名，苦心尋找朱允炆下落，留下了歷史疑案。
綜上，朱棣在即位後，下令搜尋朱允炆，這是歷史事實。朱允炆的真正下落，至今仍是一個未揭開的歷史之謎。
有的學者認為，朱允炆並沒有死，而是走了後門，到了山中去做了和尚，紅崖天書就是他寫下的。
史書記載
《明史》
參見：《明史*卷四 本紀第四》
藝術形象
影視形象| 年份 | 電視劇 | 演員 |
| 1987 | 大明群英 | (不詳) |
| 1993 | 朱元璋 | 黃河 |
| 1997 | 永樂大帝 | 黃海 |
| 1998 | 帝王之旅 | 邱心志、陳磊（童年） |
| 2001 | 皇朝太醫 | 楊凡 |
| 2001 | 三少爺的劍 | 岳耀利 |
| 2002 | 穿越時空的愛戀 | 徐崢 |
| 2003 | 永樂英雄兒女 | 唐國強 |
| 2004 | 朱元璋 | 周俊豪 |
| 2004 | 名揚花鼓 | 毛樂 |
| 2005 | 大明天子 | 高虎 |
| 2006 | 覆雨翻雲 | 李天翔 |
| 2006 | 傳奇皇帝朱元璋 | 姜泰郎 |
| 2008 | 大明奇才 | 孫庭 |
| 2009 | 鄭和下西洋 | 藺達諾 |
| 2011 | 洪武三十二 | 陳山聰 |
