主要職責
（二）依據國家和水利部部頒標準，負責全區水文行業技術規範、標準的組織實施。
（三）組織擬定和監督實施自治區水文站建設和管理；組織水文測報和水環境設施的建設。
（四）組織全區水文測驗，負責水文情報預報和發布水情公報工作，為防災減災決策、水資源開發利用提供技術支持。
（五）負責組織江河湖庫及地下水水量和水質及入河排污口的監測、分析、評價；協同組織水資源調查評價工作，參與組織編制水環境狀況公報和水質通報工作。
（六）負責全區水文水資源信息系統、水文自動測報系統、水質監測系統和廣西國家水文數據中心繫統等建設和運行維護。
（七）負責全區水文資料的收集、匯總、審定等工作，組織編制洪水影響和重要水域水環境評價報告。
（八）負責開展全區水文水資源調查評價、全區建設項目水資源論證、水文分析計算工作，參與編制全區水資源公報。
（九）負責全區水文系統科技開發、技術推廣與交流工作。
（十）承辦自治區水利廳交辦的其他工作任務。
內設機構
根據上述主要職責，自治區水文水資源局內設五個職能處。
（一）綜合處（增掛人事教育處牌子）
協助局領導組織、協調日常工作和各處工作；負責文秘、保密、信訪接待、機要、宣傳、會務、收發工作；起草本局工作計畫、總結和有關文稿；負責後勤服務和管理工作。
負責全區水文水資源系統機構編制、幹部人事、勞動工資、安全生產、專業技術人員職稱評聘、工人技術等級考評、職工教育培訓和人才開發與管理、勞動保護及離退休人員的管理；負責黨務、黨建、紀檢監察和人事檔案管理。
（二）計畫財務處
負責編制全區水文系統基建計畫，負責立項申報和內部審批手續；實施可行性報告年度資金使用計畫；負責財務、審計、統計、固定資產、基建工程檔案、醫療保險管理工作。
（三）站網監測處（增掛水資源評價處牌子）
組織編審全區水文水水資源中長期發展規劃，制定相關措施和貫徹有關技術規範；負責全區水文科研和技術推廣；負責全區水文站網規劃、設計調整、遷站、建設及管理工作；負責測驗設施設備的引進、推廣、新建、改造、維修技術方案的實施；負責站隊結合、水文巡測方案編制及技術管理工作；負責水文測繪管理工作；負責水文儀器檢修工作。
負責水文資料整編的技術指導，年度水文資料審查認定、複審和管理；負責廣西水文資料庫的開發、套用、管理及維護工作。開展全區水資源調查評價工作，參與編制水資源公報。
（四）水情處
負責全區水文預報的資格審查；負責水文實時信息收集、處理及分析與預報；負責雨、水情自動測報系統網路建設與研究；負責廣西水文信息化工作；負責有關通訊設備的運行、維護和管理；負責維護水文網站及報汛站網的規劃、調整及報汛手段的現代化。
（五）水質監測處
負責從事水環境監測工作的資格審查和水質分析及資料整編管理及審查；承擔水環境監測、評價、發布水質公報服務性工作；負責區內江河水庫和取水許可的水質監測與評價；協助水行政主管部門對水資源保護實施監督管理；負責水質站網規劃、調整及水質設備、儀器的配備和管理。
三、直屬機構
自治區水文水資源局下轄8個水文水資源分局，分別為：自治區水文水資源南寧分局（南寧水環境監測中心）、自治區水文水資源柳州分局（柳州水環境監測中心）、自治區水文水資源桂林分局（桂林水環境監測中心）、自治區水文水資源梧州分局（梧州水環境監測中心）、自治區水文水資源玉林分局（玉林水環境監測中心）、自治區水文水資源百色分局（百色水環境監測中心）、自治區水文水資源欽州分局（廣西沿海水環境監測中心）、自治區水文水資源河池分局（河池水環境監測中心）。
