主要職責
（一）承擔全區水文管理政策、法規和全區水文事業發展規劃的起草工作，貫徹實施水文法規、政策和水文行業技術標準。
（二）組織並監督實施全區水文站網及相關設施的建設和管理。
（三）組織實施全區水文監測與水文情報預報工作，按規定許可權發布水文情報預報。
（四）負責全區水文監測資料的收集、匯總、審定、匯交保管，開展水文分析計算工作。
（五）承擔全區水資源監測、調查評價及信息報送工作。
（六）承擔和指導全區水環境監測以及水量水質的監測、評價等工作。
（七）負責全區水文信息系統、水文自動測報系統、水質監測系統和廣西國家水文數據中心繫統建設、運行和維護。
（八）承擔突發性公共水資源事件應急監測與信息服務工作。
（九）承辦自治區水利廳交辦的其他工作任務。
內設機構
自治區水文水資源局設6個內設機構，另設機關黨委和監察室。核定人員編制數80名。
（一）辦公室。協助局領導對全局工作進行綜合協調，負責文秘、機要、檔案、宣傳、保密、信訪、政務公開、後勤服務等工作；承擔安全生產、對外聯絡服務等工作。
（二）人事處（離退休人員工作處）。負責局機關和直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資、幹部教育與培訓、職稱改革工作；承擔水文科技成果管理等相關工作；負責局機關離退休人員管理和服務工作，指導直屬機關單位的離退休人員工作。
（三）計畫財務處。組織起草水文事業發展規劃；編制局機關和所屬單位年度部門預算、決算；組織實施全區水文系統政府採購工作；承擔全區水文系統水文建設資金的監督管理工作；負責財務、審計、綜合統計、固定資產、契約管理工作。
（四）站網監測處。組織實施水文監測技術規範，參與制定和修訂地方監測技術標準；對專用水文測站設立與撤銷提出審核意見；承擔全區水文基建項目招投標和竣工驗收工作；負責全區水文站網規劃和管理工作；承擔水文測驗儀器設備配備、管理和新技術、新設備的推廣套用；承擔水文測報、應急監測工作；組織實施水文監測計量器具檢定相關工作；承擔水文監測資料的整編、匯交、使用審查以及廣西水文資料庫的開發、套用、管理、維護等工作；承擔水文監測設施及監測環境的保護工作。
（五）水情處。承擔全區水文情報收集、處理、分析和預報工作，水庫水電水文監測信息、中小河流洪水易發區水文監測站網信息和山洪地質災害水文監測信息接入自治區防汛抗旱指揮部系統工作；負責全區水文水資源信息系統、水文自動測報系統等建設、運行和維護。
（六）水質監測處（水資源評價處）。負責水環境監測的資格審查、水質分析、資料整編管理及審查；承擔江河水庫和取水許可的水質監測與評價；承擔水質站網規劃、調整及水質設備、儀器的配備和管理；負責水質監測系統的建設、運行和維護。承擔全區水環境監測和水量水質的監測、評價和技術指導以及突發性公共水資源事件應急監測與信息服務工作；參與編制水資源公報，發布水質公報。
（七）機關黨委。負責局機關及在邕所屬單位的黨群工作，指導駐邕外所屬單位的黨群工作。
（八）監察室。負責檢查本系統貫徹執行國家政策、法律、法規和各項規章制度情況；負責查處違反國家政策、法律、法規以及系統的決議、決定、規章制度的行為，並作出處理建議或決定；受理違反政紀行為的檢舉、控告及信訪；負責政風行風糾風工作和內部審計工作。
直屬機構
廣西壯族自治區水文水資源局下轄南寧市、柳州市、桂林市、梧州市、玉林市、百色市、廣西沿海、河池市、貴港市、崇左市、來賓市、賀州市12個水文水資源局，為自治區水文水資源局管理的相當副處級全額撥款事業單位，增掛市水環境監測中心牌子。核定人員編制數719名。
建設情況
目前已建有541個水文（位）站、5個地下水自動監測站、12個墒情自動監測站、3118個自動測報雨量站、41個泥沙測驗站、300個水質監測站、4個水生態監測站和78個蒸發站。配備了全球定位系統（GPS）、聲學都卜勒流速剖面儀（ADCP）、全站儀、電感耦合電漿質譜儀（ICP-MS）、氣相色譜質譜儀等先進技術和儀器設備。建成了柳州洪水預警預報國家防汛抗旱指揮系統一期、西江中下游洪水預警預報等系統，正在建設中小河流水文監測系統等基礎設施和預警預報系統，基本實現了信息採集、處理及傳輸，預報分析、遠程會商及信息檢索等套用計算機網路化。水文預測預警預報服務能力不斷提高。
