根據《關於廣州經濟技術開發區廣州保稅區廣州市蘿崗區國家稅務局規範機構設定明確職責分工方案的批覆》（穗國稅函[2005]229號），我局設辦公室、稅政管理處、徵收管理處、進出口稅收管理處、計畫統計處、辦稅服務廳、人事教育處、監察室、機關黨總支辦公室等內設機構；設定了第一、二、三、四、五、六稅務分局為派出機構。
一、內設機構及職責分工
廣州經濟技術開發區國家稅務局（廣州保稅區國家稅務局）與廣州市蘿崗區國家稅務局實行三塊牌子、一套人馬，合署辦公。其內設行政機構級別與廣州經濟技術開發區管理委員會所屬職能部門內設機構一致，為副處級，即：辦公室、政策法規處、稅政管理處、徵收管理處、進出口稅收管理處、計畫統計處、辦稅服務廳、人事教育處、監察室。
另設機關黨總支辦公室（副處級）和離退休幹部管理辦公室（正科級，掛靠人事教育處）。
制定局年度工作計畫及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關檔案和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑑定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；負責督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；協助領導對有關工作進行綜合協調。
（二）政策法規處進行有關政策法規的調查研究；負責貫徹、建立和推行規範稅收執法的規章、制度；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行監督檢查；負責日常管理性監督檢查；承辦重大稅收案件審理的日常工作；負責稅務行政複議、訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責處理納稅人對涉稅事項的覆核、申訴；負責規範性檔案的會簽把關、檔案清理、稅收檢查案件的複查複審以及協調有關處室配合審計、財政監督等部門的外部監督工作；負責稅收業務印章（有專門規定的除外）的管理和本單位對外簽訂契約的把關等工作；辦理人大代表建議和政協委員提案等事項。
（三）稅政管理處負責流轉稅、所得稅（含涉外企業所得稅）等稅種稅政業務的貫徹執行；擬訂有關流轉稅、所得稅（含涉外企業所得稅）徵收管理的具體辦法；負責增值稅專用發票有關政策的管理；負責金稅工程系統運行和增值稅防偽稅控系統的推廣套用及有關流轉稅業務的管理工作；負責稅務案件（重大稅務案件除外）的審理；牽頭負責納稅評估綜合性制度、辦法的制定和組織實施工作；負責涉外企業審核評稅、納稅評估、國際稅收協定執行、反避稅實施、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責現行涉外企業所得稅稅收政策管理並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查。
（四）進出口稅收管理處負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣套用和維護工作；配合有關部門組織實施反騙稅檢查。
（五）徵收管理處組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度並制定綜合性稅收征管制度和辦法；負責稅務登記等稅收資料的管理；牽頭對征管質量的綜合考核；指導個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責組織征管軟體和除涉及增值稅專用發票防偽稅控以外的稅控器具的推廣和套用工作；負責社會協稅護稅及協助司法機關打擊偽造、倒賣、盜竊普通發票等違法活動；負責納稅服務、日常稅源基礎管理及其綜合制度、辦法的制定；貫徹上級關於稅務代理方面的監督、管理、指導工作。
（六）收入核算處負責稅收計畫管理、稅收會計、統計和信息數據的分析匯總；承擔納稅人申報納稅信息的集中處理和會統核算工作，組織並檢查稅款入、退庫；負責稅源資料的調查和測算，進行稅收分析，監控重點稅源；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅款的核算和監督管理工作；負責對稅收票證的管理；負責本局經費、財務、基本建設、裝備和資產的資金管理工作；組織內部審計和指導政府採購工作；負責本局的財務管理和監督。
(七)辦稅服務廳負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款徵收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法宣傳、金稅發售、報稅稽核、諮詢輔導和受理減免申請及有關優惠政策申請等；承辦領導交辦的其它工作。
（八）人事教育處研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、獎懲、考核、錄用、調配、交流、辭退、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責計畫生育管理工作；負責對下一級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔工作；負責本局思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理及其實施工作。
離退休幹部辦公室負責本局離退休幹部的管理和服務工作。
負責本局各級工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和黨風廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報的受理、核查工作；負責本級管理的幹部違法違紀案件的查處；按照管理許可權負責領導幹部的離任審計工作。
另設機關黨總支辦公室，負責本局的黨務、工會、共青團、婦聯等工作。
二、事業單位及職責分工
廣州經濟技術開發區國家稅務局（廣州保稅區國家稅務局）、廣州市蘿崗區國家稅務局設定3個事業單位，級別為副處級，即：信息中心、票證中心、機關服務中心。
（一）信息中心組織本級信息系統建設；執行信息系統管理制度和技術標準；負責管理和維護計算機網路、設備、套用系統和資料庫；參與上級組織的套用軟體開發；負責稅控器具在推廣中的套用及技術培訓工作，為稅收業務提供技術支持；負責計算機信息安全的技術工作。
（二）票證中心負責發票的計畫、領取、發放、保管以及折讓證明單的領發；負責發票的鑑定；負責廢舊“兩卡”的收繳；負責對納稅人申請訂購發票的管理；負責組織發票專項檢查；負責填報各種發票報表；承辦領導交辦的其它工作。
（三）機關服務中心擬定本局後勤服務和行政事務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責本局後勤服務的組織管理工作；負責本局綜合治理工作；負責本局辦公物品的採購、保管、分配和維修工作；負責本局房產管理、安全保衛、醫療保健、裝備管理和物業管理等工作。
三、派出機構及職責分工
廣州經濟技術開發區國家稅務局（廣州保稅區國家稅務局）、廣州市蘿崗區國家稅務局按照精簡高效的原則，按照經濟區域劃分，下設6個稅務分局。稅務分局為非全職能機構，是廣州經濟技術開發區國家稅務局（廣州保稅區國家稅務局）、廣州市蘿崗區國家稅務局的派出機構。
（一）稅務分局1.廣州經濟技術開發區國家稅務局、廣州保稅區國家稅務局、廣州市蘿崗區國家稅務局第一稅務分局；
2.廣州經濟技術開發區國家稅務局、廣州保稅區國家稅務局、廣州市蘿崗區國家稅務局第二稅務分局；
3.廣州經濟技術開發區國家稅務局、廣州保稅區國家稅務局、廣州市蘿崗區國家稅務局第三稅務分局。
4.廣州經濟技術開發區國家稅務局、廣州保稅區國家稅務局、廣州市蘿崗區國家稅務局第四稅務分局。
5.廣州經濟技術開發區國家稅務局、廣州保稅區國家稅務局、廣州市蘿崗區國家稅務局第五稅務分局。
6.廣州經濟技術開發區國家稅務局、廣州保稅區國家稅務局、廣州市蘿崗區國家稅務局第六稅務分局。
1.第一至第五稅務分局，主要負責對所轄稅源的監控管理工作，對轄區內納稅人實行分類管理和有效服務。具體負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅收預測和分析、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據採集分析、組織實施納稅評估、處理一般性違規違章行為和稅款徵收等，承辦上級局交辦的其他工作。
2.第六稅務分局主要負責小規模納稅人涉稅案件的查處工作，上級部門交辦、其他部門轉辦的一般納稅人的專案稽查，上級部門交辦的專案協查工作；負責受理本區涉稅案件舉報，並查處檢查分工範圍內的案件；協助對口稽查局整頓、規範稅收秩序和開展稽查工作；在日常征管過程中協助清理漏征漏管戶、協助清理長期欠稅(經征管局採取各項措施多次催繳無效的欠稅釘子戶)、協助追蹤失蹤戶等；負責本區國家稅務局與對口稽查局的溝通、聯繫和銜接工作；對本區內征管過程中發現的納稅人偷騙稅行為和線索向對口稽查局反映，並視情況作案源線索移送處理；對區域稽查局反饋的征管情況和執法情況及時向所在征管局反映；負責在辦案過程中與當地公安、檢察、法院等部門的協調工作。
