線路歷史
2006年04月22日起，廈門公交408路開通投入運營（新陽正新站←→杏林正新站）。線路走向：上行:杏林正新站始發經杏美路、廣興北路、新源路、杏林西路、馬鑾路、西濱路、新陽大橋、馬青路、霞光北路、霞光路、霞陽南路、新陽北路、翁角路、西園路、陽光西路、新順路至新陽正新站。下行:新陽正新站始發經新順路、陽光西路、西園路、翁角路、新陽北路、霞陽南路、霞光路、翁角路、馬青路、新陽大橋、西濱路、馬鑾路、杏林西路、新源路、廣興北路、杏美路至杏林正新站。沿途站點：上行:杏林正新站→柿尾站→萬佳達站→碑頭站→杏林消防站→馬鑾公寓站→馬鑾站→海滄萬科城站→霞陽南路路口站→霞陽站→長庚醫院站→許厝站→國控星鯊站→立鼎光電站→新垵站→柯達站→海燕正新站→新陽正新站。下行:新陽正新站→海燕正新站→柯達站→新垵站→立鼎光電站→星鯊藥業站→許厝站→長庚醫院站→霞陽站→霞陽南路路口站→海滄萬科城站→馬鑾站→馬鑾公寓站→杏林消防站→碑頭站→萬佳達站→柿尾站→杏林正新站。杏林正新首班06:20末班20:05，新陽正新首班06:18末班20:40。
2010年10月01日起，廈門公交線路編號調整，廈門公交集團集美公司與廈門市海滄交通服務有限公司408路更名為988路（杏林正新站←→新陽正新站）。
2011年09月01日起，“2011年常規公交票制改革”全程票價由2元調為1元，刷E通卡從9折調到8折。
2014年02月13日起，988路調整部分線路走向（杏林正新站←→新陽正新站）。線路走向：新陽正新始發行至翁角路新光路口，改左轉新光路，經新陽北路、霞陽南路接原線路往杏林正新。增停:東社站、新陽派出所站；減停:許厝站、星鯊藥業站（上行）。
運行路段
988路（杏林正新站←→新陽正新站）
線路走向：
上行：杏林正新站始發，經杏美路、廣興北路、新源路、杏林西路、馬鑾路、西濱路、新陽大橋、馬青路、霞光北路、霞光路、霞陽南路、新陽北路、新光路、翁角路、西園路、陽光西路、新順路至新陽正新廠站。
下行：新陽正新廠站始發，經新順路、陽光西路、西園路、翁角路、新光路、新陽北路、霞陽南路、霞光路、翁角路、馬青路、新陽大橋、西濱路、馬鑾路、杏林西路、新源路、廣興北路、杏美路至杏林正新站。
沿線車站
截至2018年11月，廈門公交988路往杏林正新站方向設站18座，往新陽正新廠站方向設站19座。
•上行車站
| 序號 | 公交站名 | 軌道交通站點 | 換乘線路 |
| 1 | 新陽正新廠站 | / | |
| 2 | 海燕正新站 | / | |
| 3 | 柯達站 | / | |
| 4 | 新垵站 | / | |
| 5 | 立鼎光電站 | / | |
| 6 | 新陽派出所站 | / | |
| 7 | 東社站 | / | |
| 8 | 長庚醫院站 | / | |
| 9 | 霞陽村站 | / | |
| 10 | 霞陽南路路口站 | / | |
| 11 | 海滄萬科城站 | / | |
| 12 | 馬鑾村站 | / | |
| 13 | 馬鑾公寓站 | / | |
| 14 | 榮坪新村站 | / | |
| 15 | 碑頭站 | / | |
| 16 | 宜興路口站 | / | |
| 17 | 柿尾站 | / | |
| 18 | 杏林正新站 | / |
•下行車站
| 序號 | 公交站名 | 軌道交通站點 | 換乘線路 |
| 1 | 杏林正新站 | / | |
| 2 | 柿尾站 | / | |
| 3 | 宜興路口站 | / | |
| 4 | 碑頭站 | / | |
| 5 | 榮坪新村站 | / | |
| 6 | 馬鑾公寓站 | / | |
| 7 | 馬鑾村站 | / | |
| 8 | 海滄萬科城站 | / | |
| 9 | 霞陽南路路口站 | / | |
| 10 | 霞陽村站 | / | |
| 11 | 長庚醫院站 | / | |
| 12 | 東社站 | / | |
| 13 | 新陽派出所站 | / | |
| 14 | 國控星鯊站 | / | |
| 15 | 立鼎光電站 | / | |
| 16 | 新垵站 | / | |
| 17 | 柯達站 | / | |
| 18 | 海燕正新站 | / | |
| 19 | 新陽正新廠站 | / | |
| 參考資料： | |||
運營情況
運行時間
截至2018年11月，廈門公交981路首末班時間如下所示。
| 起點站 | 首班時間 | 末班時間 | 終點站 | 首班時間 | 末班時間 |
| 杏林正新站 | 06:20 | 20:05 | 新陽正新廠站 | 07:00 | 20:40 |
票務指南
截至2018年11月，廈門公交988路採用無人售票，單程票價1元，可刷全國交通聯合卡；E通卡可享受8折優惠。
