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本學科的主要研究方向有：考古學及博物館學、專門史、中國古代史、中國近現代史、世界史和歷史文獻學。現有專職教師及研究人員51人，其中教授33人，具有博士學位者35人，國家有突出貢獻的中青年專家1人，教育部人文社會科學跨世紀人才2人，福建省優秀專家2人。博士生導師24人，碩士生導師43人，近三年授予博士學位50餘人，授予碩士學位70餘人。2004年底在校博士生83人、碩士生122人、留學研究生22人，不少畢業研究生已成為各大專院校或研究機構的學術骨幹，為中國的歷史學發展做出了顯著的成績。本學科的傳統優勢有考古學的東南考古、古外銷瓷研究，專門史的中國社會經濟史、中外關係史與華僑華人史、台灣史、東南亞民族史研究，中國古代史的魏晉南北朝隋唐史、明清史研究，中國近現代史的林則徐研究、中國近代海關史、中央革命根據地史研究，世界史的東南亞史研究等。中國社會經濟史研究堅持歷史學本位，注重民間文獻與區域研究，提倡經濟史與社會史研究相結合，其研究特色為中外同行所稱道；中外關係史與華僑華人史研究專注於中國與東南亞及歐洲各國關係史、海外華僑華人發展史、南海疆域沿革史及周邊國家民族關係史等問題，已成為國內該領域學術研究與對策研究的重鎮；台灣史研究著眼於閩台地區社會經濟史及其歷史文化淵源，論證海峽兩岸的內在歷史聯繫，深入批判台獨史觀，獲得了政府相關部門和社會的認可。近年在繼承傳統研究領域的基礎上，積極引進人才，跟蹤學術前沿，作了新的開拓，培育了一些新的學科增長點，如考古學的海洋考古，專門史的海洋社會經濟史、中國財政史、企業史、中外經濟發展與城市化比較研究、東南亞社會文化史、僑鄉研究、南海問題研究，中國古代史的秦漢史、魏晉思想文化史、東南地域史，中國近現代史的近現代社會文化史，世界史的歐美史、美國城市史、亞太地區國際關係史，歷史文獻學的古文字研究等，並整合學科力量，創設了海洋史學博士點，體現了僑、台、特、海的學術優勢和特色，在史學界產生了良好的反響。
