慧慈醫院與北京積水潭醫院密切合作，常年聘請積水潭醫院骨科專家來院工作，在各種骨科疾病治療方面，具有很強的醫療技術力量和高科技的醫療設備，被譽為京東的積水潭。
醫院現有開設科室：男性專科、前列腺專科、婦產科、肝病專科、耳鼻喉科、胃腸專科、心腦血管專科、神經失眠科、肛腸腑臭專科、無痛人流、乳腺專科、無痛引產、小兒包皮包莖科、結石專科、皮膚專科、頸肩腰腿疼痛專科等科室，能開展多科常見病、多發病、疑難雜症的診治以及危急重症的搶救治療。其中婦產科能開展平產接生、剖腹產、子宮肌瘤切除術及卵巢囊腫摘除術等大中型手術；普外科能開展闌尾摘除術、疝氣修補術、膽囊切除術、胃部分切除術、膽囊摘除術、肝葉部分切除術，骨外科已開展四肢長骨骨折內外固定術、椎間盤手術。
齊全的科室，完善的設備，合理的人才梯隊，組成了北京市慧慈醫院強大的醫療服務陣容，為平谷區的人民身體健康，為平谷區文化、經濟的繁榮、提供了堅實的醫療衛生保障。
