常乃惪主要著作
《社會學要旨》 上海 中華書局 1925年
中國思想小史《中國史鳥瞰》 北京文化書社代售本 1925
《中國文化小史》 中華書局 1928
《中國思想小史》 上海 中華書局 1928
《中國財政制度史》 世界書局 1930
《法蘭西大革命史》 中華書局 1930
《生物史觀與社會》 上海 大路書局 1933
《西洋文化簡史》 中華書局 1934
《文藝復興小史》 中華書局 1934
《德國發達簡史》 中華書局 1934
《歷史哲學論叢》 重慶商務 1943；商務 1947
《蠻人之出現》 上海 中華書局 1937
學術思想
1923年前後，燕京大學準備聘請王桐齡來教中國史，但王桐齡卻推薦了常乃惪。當時，洪業有點看不起年輕的常乃惪，對他的邋遢和不拘小節很是不滿，“教了一年，他大概也覺得沒受到賞識，就辭職了。我也沒費力氣留他，心想走了也就算了。結果，這是我一生中最大的遺憾之一。這個人後來成為青年黨的台柱，是憲法運動中很重要的人物，又建立了新的歷史學派，他是個很了不起的人，而我卻錯過了他。”
常乃惪成名很早，1916年到1917年，不滿20歲的常乃惪便與陳獨秀發生過一場爭論。在1916年署名“北京高等師範預科生晉後學常乃惪”的信中，常乃惪不同意陳獨秀對孔子的強烈批判，他認為儒家“一坏於李斯，再坏於叔孫通，三坏於劉歆，四坏於韓愈”，所以孔子不等於儒家。次年他再駁陳氏，認為孔子不是宗教，不是專制，對於孔子思想言論中不合於現實的內容，“不能以後世眼光論之”，並且，“一人為暴，不過專制；重任為暴，乃成亂制”，即思想應放置於歷史變化中，社會整合需要秩序。在第三封信中，他倡導陳獨秀應多建設，不倡破壞，他不同意“不經破壞，不能建設”的說法，並堅持認為孔子本來就是積極的建設派。常乃惪對孔子的立場一直沒有變，到1943年他寫《孔子與原始的儒家》仍然指出“封建社會是過去了，封建階級的分野是不存在了，封建社會的禮制早已不適合於後代了，但是孔子所主張的做人的道理，卻歷久常新。……所主張的‘孝’和‘仁’，卻成為中國二千餘年來家庭組織和個人修養的中心，同時間接維護了整個社會的凝固、綿延，這是孔子所不及料的，而孔子之所以偉大，也就在這些地方。”
雖然對孔子抱有同情，常乃惪在思想上卻絕非保守派，他對於中國傳統中的缺陷和當時文化界的反動，特別的不能接受外來文化的保守，始終激烈批判。1922年5月22日，胡適在日記里評署名“燕生”的《反動中的思想界》“真是有卓識的文章，遠勝於我的前作”，從不認識“燕生”到把常乃惪稱為“我的一個朋友”，可見新文化運動的主將還是把他引為同道的。然而，常乃惪始終很清楚地在激進和保守之間選擇了一個他自己稱之為“理性”的立場，因此立場，他常常被看作兩大陣營的中間派。
政治主張
常乃惪對於學術頗有創建，也很有才氣，但他似乎更熱心實際政治，作為青年黨創黨的重要人物，他主辦過《醒獅周報》和《國論》，參加過國民參政會訪問過延安，抗戰以後又擔任過行政院政務委員、國府委員。對於中國社會、歷史與政治，他認為最關鍵的是中國是否能成為世界各國中可以站在前列的“國家”。他認為思想與文化的更新需要一個新的民族國家作為基礎，以所謂“生物史觀”來看，中國的根本問題，就在於“仍然滯留在民族社會階段，絲毫不曾進步，而來征服我們的，卻都是些已經完成近代國家機構的國族社會的先進者”，所謂“國族社會”，即“在心理方面成立了國族意識，在生理方面也成立了近代國家的機構”。
外敵壓境，風雨飄搖的時局使人們普遍有一種焦慮，這種焦慮使人們相信，需要有一個可以得到安全感的基礎和依託，這在常乃惪看來，就是強大的國家。1935年7月，他在《國論》的《發刊辭》中說：“我們應該明白事實是不可以口舌爭的，口號標語的運動是經不住事實的一試的。沒有內容的空話，說了等於不說，甚至比不說還壞。自己本身還沒有自主能力的國民，不配喊打倒帝國主義，領土不能保全的國家，不配講世界和平，要有抵抗的實力擺在面前，才配說抵抗，要有外交的後盾擱在後面，才配說外交，否則，便一切都是空話。”
