1618年，普魯士公爵艾爾伯特·腓特烈經歷長期的精神病折磨後去世。他的女婿，也是他的同宗——同出於霍亨索倫家族的布蘭登堡選侯約翰·西吉斯蒙德繼承了這個公國，布蘭登堡和普魯士組成了君主的個人聯盟（Personal Union），也稱共主邦聯。布蘭登堡-普魯士的名字由此而來，需要指出的是，普魯士公國不屬於神聖羅馬帝國，此時的它是波蘭的封國。當然，布蘭登堡不僅繼承了普魯士公國，還在四年前繼承了萊茵河的克勒夫-馬克。
布蘭登堡-普魯士合併沒到兩年，選侯約翰·西吉斯蒙德去世，1620年1月其子格奧爾格·威廉即位。但格奧爾格·威廉即位沒到一年，便因一次嚴重的摔傷最終導致下肢癱瘓，只能靠輪椅行走。身體的孱弱削弱了他的統治力。適逢三十年戰爭，布蘭登堡-普魯士作為主戰場之一，遭到嚴重的破壞，幾乎到了崩潰的邊緣。
大選侯（圖片來源：維基百科）就政治體制而言，布蘭登堡-普魯士是霍亨索倫君主的個人聯盟。即布蘭登堡、普魯士和克勒夫-馬克共同尊奉同一個人為君主，但各邦各有自己的一套政治系統，邦與邦之間互相視對方為外國，各邦的議會——即等級會議（the Estates)對邦國政治有巨大的影響力。普魯士各邦的發展是不平衡的，布蘭登堡、普魯士兩個邦以容克地主莊園經濟為主，萊茵河的克勒夫-馬克以市民階層的商品經濟為主。所以前者在等級會議中占優勢的是容克地主，後者在等級會議中占優勢的是城市寡頭。
選侯腓特烈三世（圖片來源：維基百科）1640年即位的選侯腓特烈·威廉（又譯：弗里德里希·威廉），又稱大選侯，是布蘭登堡-普魯士歷史上非常重要的君主。腓特烈·威廉早年在荷蘭度過，他目睹了荷蘭的富庶先進，有志於改造他的邦國。他是將布蘭登堡-普魯士由一個中世紀封建邦國轉型為絕對君主制國家的關鍵人物。他在外交與內政的表現上都可圈可點。他在邦國內確立了對等級會議的絕對優勢，改革了樞密委員會，建立了內閣，並且改革了公室直轄領地上的管理機構——公務官房，將直轄領地上的財務狀況從破產的邊緣拉了回來，面對臣民，他還建立了早期官僚機構——戰爭總軍需部（Generalkriegskommissar），建立了一支2萬人左右的常備軍，並且仿照荷蘭開徵新稅。 經過一系列改革，布蘭登堡-普魯士從德意志邦國中脫穎而出。外交方面，大選侯也表現出靈活性。大選侯一個較大的成就就是從瑞典和波蘭手中獲得普魯士公國的主權，這個成就也為普魯士未來升格為王國掃清障礙。另一個較大的成就就是在費爾貝林戰役中獨力擊敗歐洲軍事強國瑞典陸軍。和之前的霍亨索倫君主一樣，腓特烈·威廉致力於擴張領地。在他統治時期，布蘭登堡-普魯士又獲得波美拉尼亞和馬格德堡兩個德意志邦國。
1688年大選侯去世，其子腓特烈一世即位。在許多著作中，都將其稱為愛慕虛榮的君主，他在位期間致力於獲得國王頭銜。尤其在鄰居薩克森選侯1697年當選為波蘭國王后，他的這個需求更加迫切。在和皇帝談判後，他答應借出8000名士兵供皇帝驅使，皇帝則允許他成為國王，因為皇帝本人也是德意志國王，皇帝不允許在德意志境內再出現一個德意志人王國。於是腓特烈一世決定將王國建立在德意志境外的普魯士。1701年腓特烈一世“在普魯士的王國”建立起來。
因為腓特烈一世的王國只是東普魯士地區的王國，布蘭登堡、克勒夫-馬克等地依然屬於神聖羅馬帝國的領土，所以嚴格意義上，霍亨索倫的君主國還應該用布蘭登堡-普魯士來指稱。
1716年腓特烈一世國王去世。其子腓特烈·威廉一世即位，即著名的士兵國王（又譯作軍曹王）。士兵國王對外交不甚重視，主要精力在於內政方面，他尤其重視普魯士軍隊的發展 ，他在位期間，不斷擴大軍隊的規模，使得軍隊常年保持在8萬人左右的規模，此時的布蘭登堡-普魯士也如同一個巨大的兵營，國王本人親自上陣操練士兵，士兵國王的稱呼由此得來。士兵國王積極發展軍隊，但很少將軍隊帶上戰場。
1740年腓特烈·威廉一世去世，他那個興趣廣泛，喜歡吹橫笛的兒子即位了，就是著名的腓特烈大帝（腓特烈二世）。腓特烈大帝是個性格複雜的人。他早期是個典型的巴洛克風格的王子，愛好文學藝術，推崇啟蒙思想，喜歡優雅地用法語與法國的思想家們書信往來。這些在父親的眼裡都是紈絝子弟的浮誇作風，一直讓腓特烈·威廉一世頭疼不已。人們也很懷疑腓特烈二世能否將普魯士帶向強大，而即位後的腓特烈二世表現出了現實主義的執政風格，將普魯士的國家利益放在第一位，在內政外交方面比士兵國王走得遠。雖然腓特烈本人非常反對馬基雅維利式的君主，甚至專門寫文章來駁斥馬基雅維利的理論，但他本人卻恰恰像一個馬基雅維利式的君主，在外交方面表現出獅子的勇猛和狐狸的狡詐，腓特烈二世在位期間獲得了西里西亞和東波美拉尼亞地區。
布蘭登堡-普魯士1789年法國大革命爆發，軍人拿破崙藉助革命攫取法國政權，建立起法蘭西帝國。拿破崙於1806年摧毀了神聖羅馬帝國。維也納會議後，原神聖羅馬帝國境內倖存的邦國都成了主權國家，霍亨索倫君主對布蘭登堡-普魯士實行行省制改革，將整個布蘭登堡-普魯士劃分為十個省，用普魯士王國的國名來指稱所有霍亨索倫家族的領地。這使得布蘭登堡-普魯士由一個共主聯邦變成了單一制的王國，布蘭登堡-普魯士成為真正意義上的普魯士王國。
