1903年11月3日美軍在巴拿馬登入，策動巴脫離哥倫比亞獨立，成立巴拿馬共和國。同年11月18日美取得修建和經營運河的永久壟斷權和運河區的永久使用、占領和控制權。並在巴拿馬中部的蜂腰地區開鑿一條運河，於是，運河區在巴拿馬地區成為“國中之國”。
二次大戰中，美在巴強租134處軍事基地，1947年後陸續歸還一部分。1977年9月，巴美簽署《新運河條約》（又稱托里霍斯－卡特條約）。1989年5月大選，執政黨和在野黨均宣稱獲勝，因而選舉結果無效。經美洲國家組織斡鏇，8月31日羅德里格斯出任臨時總統。
12月15日反對美國占領的諾列加被任命為政府首腦，20日美軍入侵巴拿馬，21日受美國庇護的原反對派總統候選人恩達拉在美軍基地宣誓就任總統。1990年1月，諾列加向美軍投降，隨後被押往美國受審。1994年10月4日，巴議會通過憲法修改草案，規定取消軍隊，建立一支警察部隊。1999年12月31日，巴拿馬收回運河主權。
