主要職責
（一）貫徹執行黨和國家、自治區關於衛生工作的方針、政策、法律、法規，並監督實施。加強巨觀管理，研究擬定全市衛生工作的有關政策和措施，並組織實施。
（二）研究制定全市衛生事業發展總體規劃。組織指導對全市衛生工作的管理體制，醫療布局，衛生防疫，地方病防治，農牧區基層衛生組織的建設，縣以上醫院的分級管理與建設；並組織檢查、實施。
（三）制定組織實施全市醫學科學研究、學術交流、人才培養、教育。
（四）研究制定全市愛國衛生工作的規劃和措施，並協調有關部門組織實施。組織社會力量開展衛生科普知識的宣傳教育。
（五）在市委、市政府領導下，負責應急處理暴發性流行傳染病、大型食物中毒、突發性災害的醫療搶救和防範工作；防止和控制疫情、疾病的發生、蔓延。
（六）組織實施全市婦女、兒童保健工作。
（七）研究指導全市醫療機構改革，監督實施有關執行的標準、醫療質量標準和服務範圍。
（八）依法監督管理血站及其它采供血機構的採血及臨床用血質量。
（九）貫徹中蒙西醫並重的方針，推進中蒙西醫的繼承和創新，實現中蒙醫的現代化；指導全市中蒙醫醫療、科研機構建設、科研發展和人才培養等工作。
（十）制訂全市衛生人才發展規劃，嚴格執行衛生機構編制標準和衛生技術人員資格認定標準，並組織實施。
（十一）貫徹落實《巴彥淖爾市第三產業發展規劃綱要》及有關政策措施。
（十二）承擔市政府和自治區衛生廳交辦的其它事項。
內設機構
根據以上職責，市衛生局內設八個職能科（室）：
（一）辦公室
負責組織協調機關的各項工作。制定年度計畫，確定工作目標組織實施。綜合掌握系統領導工作，並及時向局領導反映。組織室內工作人員做好文秘、綜合、調研、信息、信訪、提案、會務安排等項工作。草擬修改以局名義上報下發的文稿，把好政策文字關，對來文提出擬辦意見，對局領導批示的事項進行催辦、查辦，組織室內有關人員搞好局內財務、統計、車輛、備品、衛生、生活福利、對外接待等行政事務工作，協助局機關黨支部抓好局內政治思想，業務建設和文體活動。
（二）人事教育科
做好機構編制、幹部、人事管理的業務工作，組織制定局機關及直屬事業單位有關幹部、人事管理制度、規定和實施辦法，全面掌握局機關幹部、人事情況，做好局機關和市直衛生（科級建制）單位幹部任免，考核獎懲、監察、工資福利、專業技術職務評聘管理工作。負責做好局黨組會議提案、記錄、議定事項落實、催辦、查辦等工作。草擬以局黨組名義上報下發的各種檔案、論證、技術鑑定，調查研究全市衛生科研工作中的情況和問題，提出解決問題的意見和辦法。做好衛生技術人員的在職教育、人才培養等項工作。
（三）醫政科
組織檢查全市醫療衛生單位貫徹執行醫療衛生工作方針，政策和有關條例、法規。加強醫院分級科學化管理。提高醫護質量水平，加強職業道德建設等項工作。檢查指導全市醫療單位的醫療安全工作，妥善處理醫療糾紛和事故，組織參與重大災害的醫療急救工作，調查研究全市醫療工作改革和基層衛生組織建設情況。不斷總結交流經驗。提出深化改革措施和意見。組織監督檢查全市中蒙醫院的管理工作，負責做好《醫療機構管理條例》的實施工作，依法監督管理血站等采供血機構的采供血臨床用血質量。
（四）基層衛生婦幼科
研究擬定全市農牧區衛生、社區衛生服務發展規劃，嚴格執行服務標準，指導初級衛生保健規劃的實施；指導基層衛生服務體系的改革，指導實施婦幼衛生和提高人口素質工作的政策措施；監督母嬰保健專項技術的實施；統籌協調健康教育工作。
（五）疾病控制科（掛市愛國衛生運動委員會辦公室牌子）
研究擬定市傳染病、地方病、慢性病非傳染病及與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施，配合上級業務部門，組織對重大傳染病、地方病、慢性非傳染疾病的綜合防治；組織調度全市技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處理；防止和控制疫情、疾病的發生和蔓延，承辦市愛國衛生運動委員會的日常工作。
（六）中蒙醫科
研究擬定全市中蒙醫、中蒙西醫結合事業發展規劃，嚴格執行服務標準以及中蒙醫務人員執業標準、服務規範；研究制定全市蒙醫科研開發規劃的組織實施；監督中蒙醫中蒙西醫結合醫療科研機構的服務質量；指導全市中蒙醫人才培養，繼續教育、機構改革與管理等工作。
（七）衛生法制與監督科
貫徹執行國家及自治區有關衛生方面的法律、法規、規章、技術、規範、標準，並監督執行；負責衛生法制建設、衛生執法監督和衛生行政複議工作；監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生；嚴格執行食品、化妝品質量規範。
（八）幹部保健科
承擔全市副處級以上領導幹部、副高級以上科技人員和享受國家特殊津貼的、有突出貢獻的中青年知識分子的健康保健任務，協調全市各醫院的技術和床位，保證危急重症幹部及時得到搶救，治療會診，協調內蒙醫院、內蒙附院、北京等外省有關國家級醫院的轉診工作，建立領導幹部、高級知識分子健康檔案，安排定期體檢工作。
