2009年3月2日凌晨,時任總統的貝爾納多·維埃拉在其住所遇襲身亡。維埃拉身亡後,國民議會議長雷蒙多·佩雷拉宣誓就任幾比臨時總統。根據幾比憲法,總統選舉應在此後兩個月內舉行。但由於選舉資金問題,總統選舉延期至6月28日舉行。
6月28日,幾內亞比索舉行第一輪總統選舉,參選的11位候選人均未獲得半數以上選票。按照幾比選舉法規定,得票最多的兩名候選人薩尼亞與昆巴·雅拉進入第二輪角逐。
7月26日,幾內亞比索舉行第二輪總統選舉。7月29日,幾內亞比索全國選舉委員會宣布,執政的幾內亞和維德角非洲獨立黨候選人巴卡伊·薩尼亞在第二輪總統選舉中獲勝。據統計,薩尼亞在第二輪總統選舉中獲得63.52%的有效選票,戰勝了社會革新黨候選人昆巴·雅拉,贏得大選。
9月8日,幾內亞比索當選總統巴卡伊·薩尼亞在首都比紹宣誓就任該國第4任總統。薩尼亞在就職儀式上表示,他將與政府共同致力於國家的和平與穩定,整改軍隊和重振經濟,以結束幾比長期動亂的局面,讓人民過上安定的生活。
2012年1月9日,薩尼亞在法國巴黎一家醫院去世,享年64歲。