1949年畢業於哥倫比亞大學,獲學士學位,1950年獲碩士學位。當年進入國際商業機器公司工作。1952年,他領導一個小組為國際商業機器公司的初期計算機701設計了快速編碼系統,1953年又為704計算機設計出FORTRAN(公式翻譯程式)語言。60年代,巴克斯轉到公司的沃森研究中心,參加了ALGOL(算法語言)語言的設計工作,並且提出了描述ALGOL-60語言語法的表示法,稱為巴克斯範式,後為許多其他語言所採用。巴克斯於1977年獲圖靈獎。
1994年美國工程院授予他Charles Stark Draper獎。2007年3月17日在美國俄勒岡州的家中去世,享年82歲。