清華大學工程物理系是根據國務院的指示，為培養理工結合的新型人才，開創和發展我國的原子能科學技術而於1955年籌辦，1956年正式建立的。近五十年來，為國家培養了本科生、碩士生、博士生共六千多人。他們中間有核科技和其他學科的著名專家，有國家政府的領導幹部，有國防科技戰線上的將軍，更有一大批在核工業和其他戰線上無私奉獻，成績卓越的無名英雄。
理工結合是該系辦學的特色，該系培養的學生不僅物理、數學、外語等基礎強，而且工程素質良好。近十年來加強了電子和計算機技術技能的培養，並拓寬了專業面，使畢業生面對迅速發展的科學技術和不斷變化的人才需求，有很強的適應和競爭能力。該系已從1993級學生開始實施本碩統籌培養，每年有60%－70%的學生被免試推薦為研究生，用六年時間取得學士和碩士學位；或用九年時間取得學士、碩士和博士學位，其餘學生四年本科畢業。
工程物理系設有核技術及套用、技術物理、核能科學與工程管理、安全科學與技術、醫學物理與工程、近代物理6個研究所。覆蓋核科學與技術、安全科學與工程、物理學3個一級學科，擁有7個二級學科、7個博士點、10個碩士點和1個博士後流動站；其中，核科學與技術一級學科是清華大學的傳統和優勢學科，連續三次在全國一級學科評估中排名第一。工程物理系堅持“理工結合、又紅又專”的人才培養理念，不斷改革創新，以培養輸送大批高素質、高質量、具有國際化視野的核領域卓越人才為目標，在校生總體保持在1400餘人的規模，其中，本科生600餘人，研究生800餘人。工程物理系在編教職工116人，其中，具有正高級職稱38人，副高級職稱64人，包括中國工程院院士1人， 教育部長江學者特聘教授3人，獲國家傑出青年科學基金資助8人、優秀青年科學基金資助3人，國家萬人計畫4人。工程物理系承擔和完成了國家重點研發計畫、科技支撐計畫、973、863、國家自然科學基金等一大批國家重大、重點科研項目，同時積極聯合企事業單位開展合作科學研究。自2004年以來，年度科研經費均超過億元。工程物理系積極探索產學研一體的技術創新體制機制，在安全檢測技術、公共安全應急技術方面成功實現了成果轉化。工程物理系取得了一系列重大科技獎勵，近十年榮獲科技獎勵46項，包括國家科學技術進步獎（創新團隊）（2013年）、國家技術發明獎一等獎（2010年）、國家科學技術進步獎一等獎兩項（2003年、2010年）。
經過近幾十年的發展，該系科研工作已經取得諸多矚目成就，形成發展態勢良好的科學研究格局，培養出一支以中青年教師為骨幹的勇於探索、不斷進取、凝聚力強的科學研究隊伍，科研經費及人均科技效益連續幾年在清華大學名列前茅。主要研究方向有核技術套用、核燃料循環與材料、核能科學與工程、輻射防護與環境保護、儀器科學與技術、醫學物理與工程、高能天體物理、公共安全技術等。近五年來，共獲授權專利47項，獲省部級以上獎勵16項，其中大型貨櫃檢查系統項目獲2003年國家科技進步一等獎及2003年中國專利金獎。
該系現有教職工120人，其中院士2人，正高級職務29人，副高級職務34人；另外還有博士後研究人員25人，校級兼職教授17人，其中10人為中科院或工程院院士。
當前該系正在深化改革，開拓創新，努力建設成為培養創新型、複合型核與安全科學優秀人才的培養基地，為把清華大學建成世界一流的社會主義大學做出自己的貢獻。
2006年金秋十月，清華大學工程物理系將迎來五十華誕。
清華大學工程物理系組織機構