根據國務院《住房公積金管理條例》和《國務院關於進一步加強住房公積金管理的通知》精神,以及安徽省和巢湖市機構編制委員會關於住房公積金管理機構調整的相關規定,設定巢湖市住房公積金管理中心,為市人民政府直屬的獨立的副縣級事業單位。
巢湖市住房公積金管理中心於2003年6月26日掛牌運作,原縣管理機構上劃為市“中心”縣管理部,居巢區併入市本級管理。
截至2005年10月底,全市住房公積金歸集總額達7.78億元,歸集餘額為4.8億元。職工購房支取住房公積金2.98億元,發放住房公積金貸款3.06億元。
巢湖市住房公積金管理中心成立以來,在市政府、市住房公積金管理委員會的領導下,認真履行職責,切實加強管理,努力做好服務,為提高職工購房能力,滿足職工購房需求,推動巢湖市住宅業的發展,拉動地方經濟的增長,發揮了積極重要的作用。
2011年8月巢湖市撤市之後,原巢湖市住房公積金管理中心根據《關於原地級巢湖市住房公積金管理中心及所屬廬江管理部更名的批覆》,原巢湖市住房公積金管理中心正式更名為合肥市住房公積金管理中心巢湖分中心,隸屬於合肥市住房公積金管理中心管理,自主核算,副處級架構。