歷史沿革
在1992年頒布的《中國生物多樣性行動計畫》中，崇明東灘被列為具有國際意義的A2級濕地生態系統類型抄。
1999年7月，崇明東灘被正式列入東亞——澳大利西亞涉禽保護區網路自。
2000年被《中國濕地保護行動計畫》列入中國重要濕地名錄。
2002年保護區被中國政府列為未來5到10年優先保護的17個生物多樣性關鍵地區之一互。
2005年7月，經國務院批准晉升為國家級自然保護區動。
2006年，東灘保護區被國家林業局確定為全國51個具有典型性、代表性的示範自然保護區之一，並在國家林業局編制的《全國林業系統自然保護區發展規劃》中被列為重點建設的自然保護區之一。
地理位置
上海崇明東灘鳥類國家級自然保護區位於上海市崇明島的最東端，南北瀕臨長江的入海口，向東伸向東海，並與南北大陸遙遙相對。崇明東灘保護區南起奚家港，北至北八滧港，西以1968年建成的圍堤為界限，東至吳凇標高零米線外側3000m水線為界，仿半圓形航道線內屬於崇明島的水域、陸地和灘涂。即位於東121°50’～122°05’，北緯31°25’～ 31°38’之間。
水文氣候
上海崇明東灘鳥類國家級自然保護區氣候溫和濕潤， 陽光充足，雨量充沛，擁有豐富的生物資源，四季分明，年均氣溫15.3℃，年降水量1022mm，無霜期達229天，既是鳥類良好的覓食、棲息場所，又是廣大公眾休閒、旅遊和觀鳥的好去處；同時也是生物學、地學、生態學、水產等學科教學實習場所對公眾及中小學生進行生態環境保護教育、野生動植物保護教育和生物多樣性保護教育的重要基地。
“保護區內景色”圖冊參考資料來源
生物資源
上海崇明東灘鳥類國家級自然保護區具有豐富的魚類、兩棲爬行類、無脊椎動物資源和以蘆葦、藨草群落為主的高生產量的植物資源。
植物資源
上海崇明東灘植物-藨草灘 截至2012年，在保護區可發現野生和人工栽培
的高等植物122種，分屬34個科，88屬。其中菊科植物最多，有22種，禾本科植物14種，豆科植物10種。在水域中還有浮游植物59種，分屬31屬4門。“植物”圖冊參考資料來源
浮游植物
截至2012年，在崇明東灘鳥類自然保護區水域，調查鑑定出浮游植物4門31屬59種。其中硅藻22屬49種，甲藻3屬4種，藍藻4屬4種，綠藻2屬2種。硅藻的數量最多，其種類數占總種數的83.5%，數量占總數量的99.57%；甲藻占總種數的6.78%，其數量占總數量的0.13%；藍藻占總種數的6.78%，其數量占總數量的0.01%；綠藻占總種數的3.39%，其數量占總數量的0.26%。
灘涂濕地植被
從灘涂的最低處，也是最外面開始，主要分布有鹽漬藻類，藨草群落和蘆葦群落。在高潮灘，主要生長有蘆葦、糙葉苔草、互花米草。低潮灘生長有藨草、海三棱藨草。光泥灘上生長有鹽漬藻類。
鹽鹼植被
在崇明東灘北部的1998大堤兩側，由於土地的鹽鹼度比較高，生長有鹼蓬和鹼菀群落，優勢種是黎科的鹼蓬，南方的鹼蓬、藜、小藜數量較少，不能形成明顯的群落。鹼菀群落是東灘堤內的優勢群落，有的與稀疏的蘆葦混生。
中生性草本植被
截至2012年，約有100多種草本植物，以禾本科、菊科植物為主。其中主要的有草木犀群落、酸模群落、春飛蓬群落、加拿大一枝黃花群落和蘆竹群落。
農業植被
截至2012年，已圍墾的土地主要用於農業，種植有穀類作物、豆類作物、瓜類作物、葉菜類等作物。主要有水稻、玉米、大豆、花生、棉花、捲心菜、花菜、大白菜、西瓜、冬瓜、花椰菜、大蔥等農作物。
水生植物
崇明東灘鳥類自然保護區內有大面積的河溝，水中生長有蘆葦、菰等常見挺水植物以及菹草、金魚藻、眼子菜水生植物。這些植被對水質的淨化有重要的作用。
果園和人工林
在保護區中還種植桃、梨、橘等果樹，主要樹木有水杉、柳杉、義大利楊、旱柳、夾竹桃、棕櫚、楝樹、刺槐、黃檀、朴樹、楊樹等樹種，此外還有杜仲、無患子等藥用植物。
動物資源
截至2012年，動物資源由如下幾類組成。
浮遊動物
據夏季（2000年6～7月）對崇明東灘鳥類自然保護區水域的調查，共鑑定出浮遊動物19種，其中以甲殼動物占絕對優勢。其主要種類以低鹽近岸生態類為主，其次為半鹹水河口生態類型，也有少量的廣溫廣鹽生態類型的種類。低鹽近岸生態類型，有蟲肢歪水蚤、真刺唇角水蚤、長額刺糠蝦和中華節糠蝦、腹針胸刺水蚤等；半鹹水河口生態類型，有華哲水蚤、火腿許水蚤和江湖獨眼鉤蝦；少量的廣溫廣鹽生態類型如精緻真刺水蚤、中華哲水蚤、微刺哲水蚤等。
底棲動物
截至2012年，東灘有底棲動物70多種。主要種類可分3類：軟體動物、甲殼動物和環節動物。軟體動物中的彩虹明櫻蛤（俗稱海瓜子），泥螺、溢蟶是三大美味海產品，有很高的經濟價值。這些海產品主要分布在崇明東灘的V區，已經形成較大產量。甲殼動物中方蟹科的蟹類數量巨大，為鳥類提供豐富的食物。
昆蟲
截至2012年，在保護區共收集到昆蟲103種，隸屬12目50科。其中直翅目：5總科17種；半翅目7科11種；蜻蜓目3科3種；鞘翅目10科25種；鱗翅目：14科29種；膜翅目4科4種；雙翅目6科8種；革翅目1科1種；同翅目2科2種；脈翅目1科1種；蜚蠊目1科1種；螳螂目1科1種。
魚類
截至2012年，在保護區水域已知分布有魚類94種，為長江口魚類（記載為117種）的80.34%。這些魚類隸屬14目34科，其中鯉科魚類最多有24種，占25.53%；銀魚科8種，占8.51%；鯷科6種，占6.38%；鰕虎魚科和鰕科均為5種，各占5.32%；鯡科、舌鰨科各4種，各占4.26%；其餘各科的種類比較少，僅1～2種。
鳥類
國家一級保護的鳥類-東方白鸛 崇明東灘記錄的鳥類有290種，其中鶴類、鷺類、 雁鴨類、鴴鷸類和鷗類是主要水鳥類群。已觀察到的國家重點保護的一、二級鳥類共39種，占崇明東灘鳥類群落組成的15.06%，其中列入國家一級保護的鳥類4種，分別為東方白鸛（Ciconia boyciana）、黑鸛（Ciconia nigra）、白尾海雕（Haliaeetus albicilla）和白頭鶴（Grus monacha）；列入國家二級保護的鳥類35種，如黑臉琵鷺（Platalea minor）、小青腳鷸（Tringa guttifer）、小天鵝（Cygnus columbianus）、鴛鴦（Aix galericulata）等。列入《中國瀕危動物紅皮書》的鳥類有20種。除此之外，保護區還記錄中日候鳥及其棲息地保護協定的物種156種，中澳候鳥保護協定的物種54種。這些物種資源屬於瀕危鳥類就占鳥類總數的15%，有的則極其稀有（如黑臉琵鷺，種群數量極少，全球僅1500餘只），大部分為洲際遷徙候鳥。
“鳥類”圖冊參考資料來源
保護區管理
1999年，上海建立編辦批准建立崇明東灘鳥類自然保護區管理處，截至2010年，管理處由最初的4個人，逐步發展為下設辦公室、執法、科研、社區事務管理和環境教育中心及五個管護站的機構體系，全面對保護區科研、執法、宣教、社區工作的推進實施，崇明東灘保護區逐步發展進入有序管理和科學保護的軌道。
並於2010年12月20日，上海市人民政府令第52號公布的《上海市人民政府關於修改〈上海市農機事故處理暫行規定〉等148件市政府規章的決定》修正並重新發布了由2003年4月3日上海市人民政府令第2號發布的《上海市崇明東灘鳥類自然保護區管理辦法》，旨在加強崇明東灘鳥類自然保護區的建設和管理，保護鳥類及其賴以生存的自然環境。
保護區功能
上海崇明東灘鳥類國家級自然保護區的自然環境為各種生物提供了良好的生境條件。它位於東亞——澳大利亞候鳥遷徙路線的中間，是候鳥遷徙的重要驛站。每年的春秋季遷徙期，在此停歇的鴴鷸類數量達數十萬隻，同時有8種鴴鷸類在候鳥的保護上具有重要的國際意義。而每年冬天，數以萬計的雁鴨類在此越冬。同時，崇明東灘也是珍稀瀕危鳥類的重要棲息地，截至2010年，記錄到的國家一級重點保護野生鳥類有4種，國家二級重點保護野生鳥類35種，有20種鳥類列入中國瀕危動物紅皮書。
不僅如此，崇明東灘及附近水域也是水生生物的產卵場所和洄游通道。中華絨螯蟹(俗稱大閘蟹)在該區域產卵；日本鰻鱺的幼魚則經過該水域進入長江開始溯河洄游；在長江中上游水域繁殖的中華鱘幼魚在每年夏季進入崇明東灘附近水域肥育。因此，該區域對於水生生物完成其完整的生活史過程具有不可或缺的作用。
崇明東灘作為上海市最大的灘涂濕地，在調節氣候、淨化水質、抵禦風暴潮等自然災害方面發揮著不可低估的作用。其快速淤長的環境特徵也為研究河口濕地生態系統的形成、發展、演替等過程提供了理想條件。
