學堂辦法規定：考各國學制，必先有國小而後升入中學，由中學而後升入大學，此通例也。大學堂內區分三等，一備齋，習淺近各學，略如各州縣之國小堂；二正齋，習普通學，略如各府廳直隸州之中學堂；三專齋，習專門學。三齋之外，另設蒙養學堂，自7歲起至14歲止，8年內專令講讀經史，並授以簡易天文、地輿、算術，畢業後選入備齋，再令講求淺近政治，加習各科初級藝學，俟入正齋，又加深焉。現當創辦伊始，所有中學、國小以及蒙學，均尚在議而未設之列，只可先用經義、史論考選學生，挑入備齋肄業，暫以三百人為定額。設總辦、監督、教習各員。各種圖書、儀器，先擇套用者酌量購置，以供肄業。
學堂條規規定：課士之道，禮法為先，而宗聖尊王尤為要義。堂內應恭祀至聖先師孔子暨本省諸先賢先儒，每月朔望由教習率領諸生行禮，並宣講聖諭廣訓，以束身心。若恭逢萬壽聖節暨聖先師孔子誕日，均須齊班行禮，以志虔恭。
學堂課程規定：備齋以兩年為畢業之限，溫習中國經史掌故，並授以外國語言文字、史志、地輿、算術等各種淺近之學。正齋以四年為畢業之限，授普通學，分政、藝兩門。政學分為中國經學、中外史學、中外治法學三科，藝學分為算學、天文學、地質學、測量學、格物學、化學、生物學、譯學八科。專齋則以兩年至四年為畢業之限，共開設中國經學、中外史學、中外政治學、方言學、商學、工學、礦學、農學、測繪學、醫學十門課程。
學堂經費規定：就現在辦法而論，學堂常年額支之款暫需六萬兩，其一切活支數目尚難預計，日後漸次推廣，經費亦須隨時加增。
《山東大學堂章程》在當時發生了重大的實際影響，成為各省書院改學堂所效法的榜樣。光緒皇帝八月初二日（1901年9月14日）的上諭，只是下達了一道命令，要求各地將書院改為學堂，至於應該怎樣改，改了以後又應該如何辦理，並沒有可以操作的具體方法。而《山東大學堂章程》恰恰在這種情況之下，提供了一個應該如何改和怎樣辦理學堂的具體而又可以操作的模式，在當時中國書院改學堂的大潮中開風氣之先，使書院改學堂運動有了切實可行的辦法和依據。
光緒二十七年十月十五日上諭：“前經諭令各直省設立學堂。責成該督撫學政切實統籌舉辦，惟通省學堂。同時並舉財力或有不逮，若必待各府廳州縣中國小堂籌定，始行開辦。轉至觀望遲延，查袁世凱所奏山東學堂事宜及試辦章程，擬先於省城建立學堂一區，分齋督課，先從備齋正齋入手，俾初學易於造就，漸有師資，再行次第推廣，其教規課程，參酌中西，而淳淳于明倫理，循禮法尤得成。德達材本末兼賅之道，著政務處即將該署督原奏並單開章程通行各省，立即仿照舉辦，毋許宕延，其如何……”隨即學部大臣張百熙將山東大學堂辦學章程轉飭各省，要求各省參照辦理。
