山東大學儒學高等研究院成立於2010年4月21日,為山東省人民政府與山東大學合作共建。研究院旨在適應經濟全球化、文化多樣化的時代需要,發掘傳統文化的當代價值,建設中華民族共有的精神家園,承擔高等院校人才培養、科學研究、文化融合的歷史使命,發揮山東大學地處齊魯之邦、孔子故鄉、儒學發源地的區域優勢,推動儒學的研究、普及與傳播。
2012年元月,為把山東大學建設成為世界儒學中心,使儒學率先成為世界一流學科,進而帶動相關學科快速發展,山東大學研究決定,將原儒學高等研究院、儒學研究中心、文史哲研究院和《文史哲》編輯部進行整合,組建了新的儒學高等研究院。新的儒學高等研究院以開放辦院、平視儒釋道、引領古典學術潮流為今後的戰略選擇,提出了漢宋並重、文獻與思想並重、經學史與哲學史並重、傳世文獻與出土文獻並重、考據與義理並重、史與論並重、沉潛與高明並重、埋頭做大學問與形成大影響並重、歷史與現實並重、基礎研究與開發套用並重、尊重個人興趣與鼓勵團隊合作並重、國學與西學並重等12個並重的“兩條腿走路”平衡發展的科研思路,從學術項目、學術活動、學術出版等三個方面推動儒學研究的綜合、全面、深入開展。其中,“《十三經註疏》整理與研究工程”作為新的儒學高等研究院的破題之作,2012年啟動。