目前，安慶市疾病預防控制中心設有急性傳染病防治、免疫預防、消毒殺蟲、公共衛生、結核病防治、慢病防治、健康教育、性病與皮膚病防治、職業病防治、藥品器械管理、信息管理、檢驗、質量管理、預防醫學門診等14個業務科室，以及人事教育、辦公室、計畫財務、離退休幹部管理、行政後勤5個行政科室。現有在職職工184人，其中，專業技術人員162人。
安慶市疾病預防控制中心設有衛生部生命統計監測點、省腹瀉病監測點、省流行性出血熱流調點等監測課題，承擔有“中國結核病控制——日本援助”、“中央財政補助——愛滋病防治”等重點項目任務，建立了自己的網站，開通了覆蓋到全市211個鄉鎮的疫情信息報告網路，急性傳染病防治、計畫免疫、職業病防治、衛生檢驗等工作處於全省領先水平，各項疾病預防控制工作全面發展，為保障全市人民身體健康取得了令人矚目的成績。
安慶市疾病預防控制中心儀器設備齊全，衛生防病技術力量雄厚。全中心現有固定資產550餘萬元，擁有液相色譜儀、氣相色譜儀、原子吸收儀、酶標儀、生物安全櫃、生化分析儀等大型精密儀器設備，設有百級、千級超淨實驗室和愛滋病初篩實驗室，配備有大型計算機、複印機、攝像機、投影儀、內部程控電話等先進裝備。2003年2月，安慶市疾病預防控制中心在全省衛生系統率先通過中國實驗室國家認可委評審認證，其質量管理體系達到ISO/IEC 17025:1999標準，初步實現了與國際接軌。中心成立以來，先後獲“全國消滅脊髓灰質炎先進集體”、“省抗擊非典先進集體”、“省防治非典先進基層黨組織”、“市級文明單位”、“人民滿意的基層站（所）”等多項榮譽、稱號；該中心主持開展的《安慶市腎綜合徵出血熱流行趨勢及控制對策研究》、《安慶地區絲蟲病監測與控制研究》兩項課題分別獲省科技進步三等獎和市科技進步二等獎。
隨著安慶市疾病預防控制中心即將喬遷新址和新辦公大樓投入使用，我中心必將在人才、技術、設備、管理和服務質量方面繼續爭創一流水平，努力以更加優秀的業績為安慶經濟建設和人民健康事業作出新貢獻。
